Biological Response to Environmental Stress: Epigenome/Proteome Analysis

• Project Area: Preventive medicine through inflammation cellular sociology
• Project/Area Number: 17H06396
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 大迫 誠一郎 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (00274837)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 藤渕 航 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60273512) ; 市原 学 東京理科大学, 薬学部薬学科, 教授 (90252238)
• Project Period (FY): 2017-06-30 – 2022-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2021)
• Budget Amount: ¥91,520,000 (Direct Cost: ¥70,400,000、Indirect Cost: ¥21,120,000); Fiscal Year 2021: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000); Fiscal Year 2020: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000); Fiscal Year 2019: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000); Fiscal Year 2018: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000); Fiscal Year 2017: ¥21,320,000 (Direct Cost: ¥16,400,000、Indirect Cost: ¥4,920,000)
• Keywords: 環境応答 / エピゲノム / プロテオーム / 慢性炎症 / 認知障害 / Ahr / Nrf2 / 化学物質 / ミクログリア / インフラマソーム

Outline of Annual Research Achievements

慢性炎症は化学物質等の環境因子の持続的曝露によって引き起こされる病態である。社会医学的には、環境汚染物質・産業化学物質による中枢神経系の影響が特に危惧されている。この研究班では、中枢神経系を主な対象として、各種オミクスデータを取得、「未病状態」の分子機構を解明することを目的としている。本年度はスタートアップとして以下の予備試験と報告を完了し、今後の全体計画に向けた準備を開始した。
1）親電子性物質のアクリルアミド（ACR）は神経毒性を持つ親電子性物質であるが、加熱処理した食品中に非意図的に発生することが今世紀になって発見され、食品安全上、近年再注目されている。マウスESTを用い、ACRの神経発達影響を解析したところ、濃度依存的にチロシンハイドロキシラーゼ（TH）陽性細胞の発生率を抑制するという新たな事実が解った。2）低コストメチローム解析（MSD-AFLP法）を用い、ビスフェノールA（BPA）の胎仔期曝露による大脳海馬のDNAメチル化への影響を解析し、約50000個のCpGを対象に変動するCpGの検出を試み論文化した。3）親電子性物質の標的分子としてNrf2およびAhrを介した慢性炎症の分子メカニズムを解明するため、各々の遺伝子破壊マウスの準備を開始した。平成30年度初頭には大規模毒性実験に十分な個体数を確保できる見込みである。4）統括班の包括的単一細胞トランスクリプトーム解析（Nx1-seq）、エピゲノム解析（メチローム、ChIP-seq）、プロテオーム解析に向けた、対象組織・組織処理法の検討を開始した。5）オミクスデータの統合解析に向けた高性能クラスター計算機システムを維持するため、ノードとなるサーバーを京都大学で購入、システム運用作業契約をスピンアウト会社と締結した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1）アクリルアミド（ACR）は神経毒性を持つ親電子性物質であるが、加熱処理した食品中に非意図的に発生することが今世紀になって発見され、食品安全上、再注目されている。子供への影響が危惧されることから、発達過程の脆弱な神経系影響評価モデルとして、マウスES細胞の分化培養系を用い、ACRの神経発達影響を解析した。ACRは濃度依存的にドパミン神経の基盤となるチロシンハイドロキシラーゼ（TH）陽性細胞の発生率を抑制し、この機構にオーファン核内受容体Nr4A2シグナルが関与していることが示唆された。
2）化学物質のエピゲノム影響を独自の低コストメチローム解析であるMSD-AFLP法で解析する予備試験として、代表的「環境ホルモン」であるビスフェノールA（BPA）の胎仔期曝露による大脳海馬のDNAメチル化への影響を解析した。約50000個のCpGを対象にメチル化レベルを測定したが、今回使用したBPAの用量（200マイクログラム／母体重／日）では、対照群と比べて統計学的に有意な変動を示すものは全くないという結論となった。本研究は今年論文として公表される。
3）親電子性物質の標的分子としてNrf2およびAhrを介した慢性炎症の分子メカニズムを解明するため、各々遺伝子破壊マウスの準備を開始した。凍結胚からの復元は成功し、平成30年度初頭には毒性実験に十分な個体数を確保できる見込みである。
4)　統括班の包括的単一細胞トランスクリプトーム解析（Nx1-seq）、エピゲノム解析（メチローム、ChIP-seq）、プロテオーム解析に向けた、対象組織・組織処理法の検討を開始した。
5)オミクスデータの統合解析に向けた高性能クラスター計算機システムを維持するため、ノードとなるサーバーを京都大学で購入、システム運用作業契約をスピンアウト会社と締結した。

Strategy for Future Research Activity

1）神経炎症分子メカニズム
Nrf2KOマウスにACRを低用量から高用量まで、連続経口投与する。まず、病理組織学的解析により新生ニューロン、DBH抗体染色によるノルアドレナリン細胞数を測定する。脳脊髄液、血液を採取後、前頭皮質、海馬、扁桃体、小脳、脳脊髄液を凍結保存する。脳各部位からRNAおよびタンパク質を抽出し、インフラマソーム構成タンパクであるNLRP3遺伝子やカスパーゼ1およびIL1β等の発現を測定、インフラマソームの形成、その活性化を介した酸化ストレス、炎症反応の変化を解析する。２次元ディファレンスゲル電気泳動解析システムを実施後、タンパク質の発現量の解析を行う。また、炎症反応の見られた組織のDNAサンプルからNrf2とその下流（GSTs）、NLRP3とインフラマソーム関連タンパクの変動を解析する。

2）オミクス解析の実施と数理統計解析の基盤形成
中枢神経系のエピゲノム解析の精緻化に先立ち、基礎となる単一細胞レベルでのトランスクリプトームを統括班との連携で実施する。解析数には限りがあり、非投与群の野生型、AhrKOおよびNrf2KOマウスの海馬あるいは精巣を採取し、構成する細胞を分散させた後、包括的単一細胞トランスクリプトーム解析（Nx1-seq）に供する。このデータから各モデルマウスの基底レベルにおける細胞内トランスクリプトームネットワークを明らかにする。次に低コストメチローム解析（MSD-AFLP法）から取得したDNAメチル化プロファイルデータとを統合させる。これにより、古典的環境応答遺伝子（AhrおよびNrf2）欠損が脳内でもたらすエピ・トランスクリプトームネットワークの変化を統合的に記述して、次年度の化学物質による同一解析の対照群とする。

Research Products

• [Journal Article] Expression of xenobiotic biomarkers CYP1 family in preputial tissue of patients with hypospadias and phimosis and its association with DNA methylation level of SRD5A2 minimal promoter. (2018)
  • Author(s): Ohsako S, Aiba T, Miyado M, Fukami M, Ogata T, Hayashi Y, Mizuno K and Kojima Y.
  • Journal Title: Arch Environ Contam Toxicol. Volume: 74 Issue: 2 Pages: 240-247
  • DOI: 10.1007/s00244-017-0466-x
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Detection of dioxin-induced demethylation of mouse Cyp1a1 gene promoter by a new labeling method for short DNA fragments possessing 5'-methylcytosine at the end (2018)
  • Author(s): Kurita Hisaka、Aiba Toshiki、Saito Toshiyuki、Ohsako Seiichiroh
  • Journal Title: Genes and Environment Volume: 40 Issue: 1 Pages: 1-1
  • DOI: 10.1186/s41021-017-0089-5
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Exposure of Mice to 1,2-Dichloropropane Induces CYP450-Dependent Proliferation and Apoptosis of Cholangiocytes. (2018)
  • Author(s): Zong C, Zhang X, Huang C, Chang J, Garner E, Sakurai T, Kato M, Ichihara S, Ichihara G.
  • Journal Title: Toxicol Sci Volume: 162 Issue: 2 Pages: 559-69
  • DOI: 10.1093/toxsci/kfx272
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Proteomics analysis identified peroxiredoxin 2 involved in early-phase left ventricular impairment in hamsters with cardiomyopathy. (2018)
  • Author(s): Kuzuya K, Ichihara S, Suzuki Y, Inoue C, Ichihara G, Kurimoto S, Oikawa S.
  • Journal Title: PLoS One. Volume: 13 Issue: 2 Pages: e0192624-e0192624
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0192624
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] The DNA methylation profile of liver tumors in C3H mice and identification of differentially methylated regions involved in the regulation of tumorigenic genes. (2018)
  • Author(s): Matsushita J, Okamura K, Nakabayashi K, Suzuki T, Horibe Y, Kawai T, Sakurai T, Yamashita S, Higami Y, Ichihara G, Hata K, Nohara K
  • Journal Title: BMC Cancer Volume: 18 Issue: 1 Pages: 317-317
  • DOI: 10.1186/s12885-018-4221-0
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A Standard Nomenclature for Referencing and Authentication of Pluripotent Stem Cells (2018)
  • Author(s): Kurtz Andreas、Seltmann Stefanie、Bairoch Amos、Bittner Marie-Sophie、Bruce Kevin、Capes-Davis Amanda、Clarke Laura、Crook Jeremy M.、Daheron Laurence、Dewender Johannes、Faulconbridge Adam、Fujibuchi Wataru、Gutteridge Alexander、Hei Derek J.、Kim Yong-Ou、et al.
  • Journal Title: Stem Cell Reports Volume: 10 Issue: 1 Pages: 1-6
  • DOI: 10.1016/j.stemcr.2017.12.002
  • NAID: 120006460080
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Methylated site display (MSD)-AFLP, a sensitive and affordable method for analysis of CpG methylation profiles (2017)
  • Author(s): Aiba Toshiki、Saito Toshiyuki、Hayashi Akiko、Sato Shinji、Yunokawa Harunobu、Maruyama Toru、Fujibuchi Wataru、Kurita Hisaka、Tohyama Chiharu、Ohsako Seiichiroh
  • Journal Title: BMC Molecular Biology Volume: 18 Issue: 1 Pages: 7-7
  • DOI: 10.1186/s12867-017-0083-2
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Occupational exposure limits for ethylene glycol monobutyl ether, isoprene, isopropyl acetate and propyleneimine, and classifications on carcinogenicity, occupational sensitizer and reproductive toxicant (2017)
  • Author(s): Azuma Kenichi、Kamijima Michihiro、Karita Kanae、Katoh Takahiko、Kawai Toshio、Kawamoto Toshihiro、Kishi Reiko、Kumagai Shinji、Kusaka Yukinori、Matsumoto Akiko、Miyagawa Muneyuki、Miyauchi Hiroyuki、Morimoto Yasuo、Nagano Kasuke、Naito Hisao、Nakajima Tamie、Nomiyama Tetsuo、Okuda Hirokazu、Omae Kazuyuki、Yano Eiji
  • Journal Title: Journal of Occupational Health Volume: 59 Issue: 4 Pages: 364-366
  • DOI: 10.1539/joh.17-0148-OP
  • NAID: 130005865537
  • ISSN: 1341-9145, 1348-9585
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Report of the International Stem Cell Banking Initiative Workshop Activity: Current Hurdles and Progress in Seed-Stock Banking of Human Pluripotent Stem Cells (2017)
  • Author(s): Kim Jung-Hyun、Kurtz Andreas、Yuan Bao-Zhu、Zeng Fanyi、Lomax Geoff、Loring Jeanne F.、Crook Jeremy、Ju Ji Hyeon、Clarke Laura、Inamdar Maneesha S.、Pera Martin、Firpo Meri T.、Sheldon Michael、Rahman Nafees、O'Shea Orla、Pranke Patricia、Zhou Qi、Isasi Rosario、et al.
  • Journal Title: STEM CELLS Translational Medicine Volume: 6 Issue: 11 Pages: 1956-1962
  • DOI: 10.1002/sctm.17-0144
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Long non-coding RNA HOTAIR promotes cell migration by upregulating insulin growth factor?binding protein 2 in renal cell carcinoma (2017)
  • Author(s): Katayama Hiromichi、Tamai Keiichi、Shibuya Rie、Nakamura Mao、Mochizuki Mai、Yamaguchi Kazunori、Kawamura Sadafumi、Tochigi Tatsuo、Sato Ikuro、Okanishi Takamasa、Sakurai Kunie、Fujibuchi Wataru、Arai Yoichi、Satoh Kennichi
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 7 Issue: 1 Pages: 12016-12016
  • DOI: 10.1038/s41598-017-12191-z
  • NAID: 120006364089
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 生殖器異常を呈した新生男児ヒューマンサンプルを用いた曝露推定とエピゲノム解析 (2018)
  • Author(s): 大迫誠一郎
  • Organizer: 第88 回日本衛生学会学術総会
• [Presentation] Exposure to 1,2-Dichloropropane increases expression of activation-induced cytidine deaminase in human cholangiocytes co-cultured with macrophages (2018)
  • Author(s): 宗才、 木村優介、 木下和生、 高巣成惟、 張驍、櫻井敏博、 園藤吟史、 市原佐保子、市原学
  • Organizer: 第17回分子予防環境医学研究会
• [Presentation] 1,2-ジクロロプロパン曝露マウスのP450依存的な肝臓タンパク発現のプロテオミクス (2018)
  • Author(s): 森川浩太、 張驍、 森有利絵、 宗才、 市原佐保子、 及川伸二、 市原学
  • Organizer: 第17回分子予防環境医学研究会
• [Presentation] ソフトな親電子性物質アクリルアミドの中枢神経毒性におけるミクログリアの役割 (2018)
  • Author(s): 長谷川莉慧霞、 宗才、 漆谷真、 大迫誠一郎、 櫻井敏博、 市原学
  • Organizer: 第17回分子予防環境医学研究会
• [Presentation] Role of Microglia Activation and Neuroinflammation in Neurotoxicity of Acrylamide, an Environmental Soft Electrophile (2018)
  • Author(s): R. Hasegawa, C. Zong, M. Urushitani, T. Sakurai, S. Ohsako, G. Ichihara
  • Organizer: Society of Toxicology 57th Annual Meeting (SOT2018)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exposure to 1,2-Dichloropropane Increases Expression of Activation-induced Cytidine Deaminase (AID) in Human Cholangiocytes Co-cultured with Macrophages (2018)
  • Author(s): Y. Kimura, C. Zong, K. Kinoshita, S. Takasu, X. Zhang, T. Sakurai, S. Chihara, G. Endo, G. Ichihara
  • Organizer: Society of Toxicology 57th Annual Meeting (SOT2018)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Heat Shock Proteins Are Key Regulators of Cigarette Smoke-Induced Cardiac Hypertrophy (2018)
  • Author(s): G. Ichihara, S. Ichihara, Y. Kitamura, Y. Suzuki, T. Ohhashi, S. Oikawa.
  • Organizer: Society of Toxicology 57th Annual Meeting (SOT2018)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of Smoking-Induced Changes in DNA Methylation in an Epigenome-Wide Scan. (2018)
  • Author(s): S. Ichihara, M. Nakatochi, T. Matsubara, M. Yokota, K. Yamamoto
  • Organizer: Society of Toxicology 57th Annual Meeting (SOT2018)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ジクロロプロパンはマクロファージ共存下胆管細胞の遺伝子改変酵素mRNA 発現を誘導する (2018)
  • Author(s): 木村優介、宗才、木下和生、高巣成惟、市原佐保子、櫻井敏博、圓藤吟次、市原学
  • Organizer: 第88 回日本衛生学会学術総会
• [Presentation] 1,2-ジクロロプロパン曝露マウスにおける肝臓タンパクのプロテオミクス解析 (2018)
  • Author(s): 森川浩太、張驍、森有利絵、宗才、市原佐保子、及川伸二、市原学
  • Organizer: 第88 回日本衛生学会学術総会
• [Presentation] ソフトな親電子性物質アクリルアミドの中枢神経毒性におけるミクログリアの役割 (2018)
  • Author(s): 長谷川莉慧霞、宗才、漆谷真、大迫誠一郎、櫻井敏博、市原学
  • Organizer: 第88 回日本衛生学会学術総会
• [Presentation] マクロファージと共培養したヒト胆管細胞において1,2-ジクロロプロパン曝露はAID の発現を増加させる (2018)
  • Author(s): 宗才, 木村優介, 木下和生, 高巣成惟, 張驍, 櫻井敏博, 市原佐保子, 市原学
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 1，2-ジクロロプロパン曝露マウスのP450 依存的な肝臓タンパク発現の網羅的解析 (2018)
  • Author(s): 森川浩太, 張驍, 森有利絵, 宗才, 市原佐保子, 及川伸二, 市原学
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] アクリルアミドの中枢神経毒性における神経炎症の役割 (2018)
  • Author(s): 長谷川莉慧霞, 宗才, 漆谷真, 大迫誠一郎, 櫻井敏博, 市原学
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 単一細胞レベルでのヒト正常細胞データベースと細胞情報解析の実際 (2018)
  • Author(s): 藤渕航
  • Organizer: 公開シンポジウム：予防を科学する炎症細胞社会学
  • Invited
• [Presentation] ヒト細胞の明確な分類および細胞認定法の確立 (2018)
  • Author(s): 湯地みどり, 森智弥, 山根順子, 谷山暢子, 山根木康嗣, 藤渕航
  • Organizer: 第17回日本再生医療学会総会
• [Presentation] マウスES細胞を用いた胎児期神経分化モデルにおけるアクリルアミド曝露の影響 (2017)
  • Author(s): 若山優里奈, 市原学, 櫻井敏博, 大迫誠一郎
  • Organizer: 第44回日本毒性学会学術年会
• [Presentation] 有機錫曝露労働者の尿中・血液中トリメチル錫のバイオマーカーとしての有効性の検討 (2017)
  • Author(s): 市原学、飯田麻祐、藤江智也、鍛冶利幸、渡邊英里、キムヤンホウ
  • Organizer: 第90回日本産業衛生学会
• [Presentation] Occupational toxicology for understanding environment-induced disorders in humans (2017)
  • Author(s): Gaku Ichihara
  • Organizer: 5th Internatonal Postgraduate Conference on Pharmaceutical Sciences 2017
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Surface modifications of silica nanoparticles affect their uptake by the cells and subsequent pulmonary toxicity (2017)
  • Author(s): Sandra Vranic, Eri Watanabe, Yurika Osada, Sahoko Ichihara, Wenting Wu, Toshihiro Sakurai, Toshihiro Suzuki, Ryo Abe, Sonia Boland, Lang Tran, Gaku Ichihara
  • Organizer: 8th International Symposium on Nanotechnology, Occupational and Environmental Health
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] アクリルアミド単回曝露による小脳ニューロンのオートファジー誘導 (2017)
  • Author(s): 山村征寛, 森田喬, 松添朋之, 張霊逸, 宋才, 長嶋大地, 櫻井敏博, 市原佐保子, 市原学
  • Organizer: 第44回日本毒性学会学術年会
• [Presentation] シリカナノ粒子の表面修飾とRAW264.7細胞応答との関係 (2017)
  • Author(s): 長田百合果, 渡邊英里, Sandra VRANIC, 市原佐保子, 櫻井敏博, 鈴木利宙, Sonja BOLAND, Lang TRAN, 安部良, 市原学
  • Organizer: 第44回日本毒性学会学術年会
• [Presentation] Occupational and Environmental Health for Nanotechnology (2017)
  • Author(s): Gaku Ichihara
  • Organizer: 2017 Asia Nano Forum summit
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] アクリルアミド単回曝露による小脳ニューロンのオートファジー誘導 (2017)
  • Author(s): 山村征寛，森田喬，松添朋之，張霊逸，宗才，長嶋大地，櫻井敏博，市原佐保子，市原学
  • Organizer: フォーラム2017－衛生薬学・環境トキシコロジー
• [Presentation] Exposure assessment in a factory of barium sulfate particles (2017)
  • Author(s): Gaku Ichihara
  • Organizer: Inhaled Particles XII
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Urinary trimethyltin reflects blood trimethyltin in workers (2017)
  • Author(s): Gaku Ichihara, M. Iida, T. Fujie, T. Kaji, Y. Kim
  • Organizer: 10th International Symposium on Biological Monitoring in Occupational and Environmental Health
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Autophagy in the cerebellar Purkinje cell induced by exposure to acrylamide (2017)
  • Author(s): M. Yamamura, K. Morita, T. Matsuzoe, L. Zhang, K. Morita, C. Zhong, D. Nagashima, T. Sakurai, S. Ichihara, G. Ichihara
  • Organizer: 10th International Symposium on Biological Monitoring in Occupational and Environmental Health
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of smoking induced changes in DNA methylation in an epigenome wide scan (2017)
  • Author(s): Sahoko Ichihara, M. Nakatochi, T. Matsubara, G. Ichihara, M. Yokota , K. Yamamoto
  • Organizer: 10th International Symposium on Biological Monitoring in Occupational and Environmental Health
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] アクリルアミド中枢神経毒性における神経炎症の役割に関する実験的研究 (2017)
  • Author(s): 長谷川莉慧霞、宗才、櫻井敏博、大迫誠一郎、市原 学
  • Organizer: 日本産業衛生学会 第45回産業中毒・生物学的モニタリング研究会
• [Presentation] 酸化チタンナノ粒子の物理化学的特性による影響 (2017)
  • Author(s): 林田有紗, 市原学, 渡辺英里, 鈴木悠加, 古谷知己, 出岡淑, 市原佐保子
  • Organizer: 第 12 回ナノ・バイオメディカル学会
• [Presentation] "SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond (2017)
  • Author(s): Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Transforming Research through Single Cell Technologies (2017)
  • Author(s): Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Identifying subtypes of tissue stem cells with single-cell analysis (2017)
  • Author(s): Hiroki Takahashi and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Clear classification of human cells and establishment of cell identification system (2017)
  • Author(s): Midori Yuji, Kunie Sakurai, Tomoya Mori, Junko Yamane, Nobuko Taniyama, Kenta Kobayashi, Koji Yamanegi and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Profiing of endogenous retrovirus-derived long non-coding RNAs in brain tissue (2017)
  • Author(s): Yuji Kozakura and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Development of ab initio 3D Reconstruction Algorithm for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Kernel Self-organizing Map (2017)
  • Author(s): Tomoya Mori and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Development of new enhanced single-cell RRBS protocol toward in-silico 3D tissue reconstruction (2017)
  • Author(s): Junko Yamane, Tomoya Mori, Nobuko Taniyama, Kenta Kobayashi, and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム
• [Presentation] Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq (2017)
  • Author(s): Anna Elizabeth Sappington and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: AMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017
• [Presentation] Comparison of clustering methods for single-cell transcriptome analysis (2017)
  • Author(s): 小櫻裕司, 森智弥, 藤渕航
  • Organizer: 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
• [Presentation] Multiple kernel support vector machine can generate weights of feature matrices for toxicity prediction (2017)
  • Author(s): 髙橋弘樹, 山根順子, 藤渕航
  • Organizer: 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
• [Presentation] 1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース「SHOGoiN」 (2017)
  • Author(s): 山根順子, 湯地みどり, 森智弥, 谷山暢子, 山根木康嗣, 藤渕航
  • Organizer: トーゴーの日シンポジウム2017
• [Presentation] Ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo using machine learning (2017)
  • Author(s): Tomoya Mori and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: CiRA 2017 International Symposium
• [Presentation] Comparison of cell type classification methods by single-cell transcriptome toward the establishment of an evaluation method for cell quality (2017)
  • Author(s): Yuji Kozakura, Tomoya Mori and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: CiRA 2017 International Symposium
• [Presentation] Machine learning prediction for toxicities of compounds using human embryonic stem cells (2017)
  • Author(s): Hiroki Takahashi, Junko Yamane and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: CiRA 2017 International Symposium
• [Presentation] Classification design of human cell types in compliance with MIACARM (Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine) quality guidelines (2017)
  • Author(s): Midori Yuji, Tomoya Mori, Junko Yamane, Nobuko Taniyama, Koji Yamanegi and Wataru Fujibuchi
  • Organizer: CiRA 2017 International Symposium
• [Presentation] SHOGoiN database (2017)
  • Author(s): 藤渕航
  • Organizer: HCA ASIA MEETING OKINAWA JAPAN
• [Book] 理工系の基礎 薬学 (2018)
  • Author(s): 鍜冶利幸、花輪剛久、嶋田修治、東達也、真野泰成、羽田紀康、髙澤涼子、礒濱洋一郎、根岸健一、伊集院一成、後藤了、横山英志、西川元也、月本光俊、稲見圭子、秋本和憲、原田陽介、早川洋一、市原学、吉澤一巳、佐藤嗣道、山下親正、鈴木立紀、河野弥生、上村直樹、鹿村恵明
  • Total Pages: 320
  • Publisher: 丸善出版
  • ISBN: 9784621302835
• [Book] 産業保健マニュアル (2017)
  • Author(s): 森 晃爾
  • Total Pages: 431
  • Publisher: 南山堂
  • ISBN: 9784525184575
• [Book] 医学のあゆみ (2017)
  • Author(s): 髙橋弘樹、藤渕航
  • Total Pages: 70
  • Publisher: 医歯薬出版