Development of Informatics technologies for identification and analysis of singularity cells

• Project Area: Singularity biology
• Project/Area Number: 18H05412
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 大浪 修一 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (50348843)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2022)
• Budget Amount: ¥98,020,000 (Direct Cost: ¥75,400,000、Indirect Cost: ¥22,620,000); Fiscal Year 2022: ¥16,770,000 (Direct Cost: ¥12,900,000、Indirect Cost: ¥3,870,000); Fiscal Year 2021: ¥17,680,000 (Direct Cost: ¥13,600,000、Indirect Cost: ¥4,080,000); Fiscal Year 2020: ¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000); Fiscal Year 2019: ¥19,630,000 (Direct Cost: ¥15,100,000、Indirect Cost: ¥4,530,000); Fiscal Year 2018: ¥26,650,000 (Direct Cost: ¥20,500,000、Indirect Cost: ¥6,150,000)
• Keywords: バイオイメージ・インフォマティクス / データプラットフォーム / 深層学習 / ビッグデータ / データ統合 / 画像認識 / ライブイメージング

Outline of Annual Research Achievements

1.シンギュラリティ細胞を同定するインフォマティクス技術の開発
[1-1. オブジェクト認識依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発] では、前年度に引き続き、A03-02堀川班の粘菌、およびA03-4岡崎班のT細胞と抗原提示細胞の相互作用データについて開発を進めた。さらに、公募班の佐藤有紀代表のウズラ胚のAMATERAS撮影データについての細胞追跡法の検討をおこなった。[1-2. オブジェクト認識非依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発] では、マウス胚の発生過程における胚全体の収縮の解析を行なった。
2.シンギュラリティ生物学のためのデータプラットフォームの開発
[2-1. データ保管プラットフォームの開発] では、領域全体のデータ共有システムを運用し、領域内連携を加速した。各班からのフィードバックを受け、継続的にシステムの改良を加えた。特にAMATERASで取得したデータの領域内の共有に活用した。[2-2. データ活用プラットフォームの開発] では、データ形式の統合化とデータ利活用のための機能の充実化を行った。データ形式の統合化については、ZarrやN5などのクラウド環境に適応した次世代型のフォーマットの開発をOME等と協力して実施した。データ利活用のための機能の充実化については、OMEROやGalaxyとの連携を深め、画像データ解析のワークフロー管理を充実させる他、SSBD:repositoryおよびSSBD:databaseとの連携を強化し、当領域の成果として発表されたデータの利活用を促進した。
3. シンギュラリティ現象を解析するインフォマティクス技術の開発：
岡崎班のT細胞と抗原提示細胞の相互作用データを対象に、T細胞の活性化と関連したシンギュラリティ現象を解析する情報科学的手法を開発した

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

[1.シンギュラリティ細胞を同定するインフォマティクス技術の開発]に関しては、当初の計画通り、A03生物班が対象とする複数の細胞種に対する自動認識ソフトウェアの開発が順調に進んでおり、これらを活用したデータ計測が始まっている。また、これまでの開発経験を活用して、公募班のデータに関するソフトウェアの開発を開始している。また、大浪班が独自に行っている、線虫胚を対象にした研究も進展しており、特に深層学習を活用した細胞状態の推定に関しては大きな進展がみられている。。
[2.シンギュラリティ生物学のためのデータプラットフォームの開発]に関しても、当初の計画のとおり、領域全体で研究データを共有し利活用するデータプラットフォームが構築され、AMATERASで取得したデータを中心に領域内で広く利活用が行われている。さらに、当該プラットフォームの今後の発展に向けて、生命動態データの次世代ファイルフォーマットの開発やクラウド環境におけるイメージングデータ解析のための国際的な共同研究を進めている。
[3. シンギュラリティ現象を解析するインフォマティクス技術の開発]に関しても、当初の計画のとおり、これまでに開発したソフトウェアを活用したA03生物班との共同研究が進展している。
これらの理由から、当研究課題はおおむね順調に進展していると判断している。

Strategy for Future Research Activity

1.シンギュラリティ細胞を同定するインフォマティクス技術の開発： [1-1. オブジェクト認識依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発]では、引き続き、細胞核および細胞膜の認識アルゴリズム、および認識されたオブジェクトのデータを用いた細胞の時空間ダイナミクスの解析アルゴリズムを開発する。開発したソフトウェアを公開する。[1-2. オブジェクト認識非依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発]では、引き続き、オブジェクト認識を経ずにライブイメージングデータから細胞特徴の時空間ダイナミクスが特異な細胞を同定するアルゴリズムを開発する。開発したソフトウェアを公開する。
2.シンギュラリティ生物学のためのデータプラットフォームの開発：[2-1. データ保管プラットフォームの開発]では引き続き、領域全体のデータ共有システムを運用し、各班からのフィードバックを受け、継続的にシステムの改良を加える。開発したプラットフォームを領域終了後も維持し発展させる仕組みを構築する。[2-2. データ活用プラットフォームの開発]では引き続き、データ形式の統合化とデータ利活用のための基盤開発を行う。クラウド環境に適応した次世代型のフォーマットの開発をOME等と協力して実施する。クラウド環境に適応した画像データ解析のワークフロー管理システムを構築するSSBD:repositoryおよびSSBD:databaseとの連携を強化し、当領域の成果として発表されたデータの利活用を促進する。これらのプラットフォームを領域終了後も維持する仕組みを構築する。
3. シンギュラリティ現象を解析するインフォマティクス技術の開発：堀川班の粘菌の自己組織化のデータ、岡崎研のT細胞と抗原提示細胞との相互作用データ、その他公募班のデータを対象に、シンギュラリティ現象を解析する情報科学的手法を開発し、シンギュラリティ現象の解明を目指す。

Research Products

• [Int'l Joint Research] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [Int'l Joint Research] EMBL(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [Int'l Joint Research] EMBL(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [Int'l Joint Research] University of British Columbia(カナダ)
• [Int'l Joint Research] EMBL(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] Uppsala University(スウェーデン)
• [Int'l Joint Research] UMass Medical School(米国)
• [Int'l Joint Research] University of Dundee(英国)
• [Journal Article] Improvement in image quality via the pseudo confocal effect in multidirectional digital scanned laser light-sheet microscopy (2021)
  • Author(s): Kaneshiro Junichi、Shioi Go、Okamoto Kazuko、Onami Shuichi、Watanabe Tomonobu M.
  • Journal Title: Optics Express Volume: 29 Issue: 15 Pages: 24278-24278
  • DOI: 10.1364/oe.423783
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] QUAREP‐LiMi: A community‐driven initiative to establish guidelines for quality assessment and reproducibility for instruments and images in light microscopy (2021)
  • Author(s): Nelson Glyn、et al.
  • Journal Title: Journal of Microscopy Volume: 284 Issue: 1 Pages: 56-73
  • DOI: 10.1111/jmi.13041
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Texture-based screening to identify genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans (2021)
  • Author(s): Imakubo Momoko、Kyoda Koji、Itoga Hiroya、Takayama Jun、Onami Shuichi
  • Journal Title: International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Volume: 11 Issue: 3 Pages: 40-49
  • DOI: 10.17706/ijbbb.2021.11.3.40-49
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • Author(s): Hirata Tatsumi、Tohsato Yukako、Itoga Hiroya、Shioi Go、Kiyonari Hiroshi、Oka Sanae、Fujimori Toshihiko、Onami Shuichi
  • Journal Title: Cell Reports Methods Volume: 1 Issue: 3 Pages: 100012-100012
  • DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100012
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] REMBI: Recommended Metadata for Biological Images-enabling reuse of microscopy data in biology (2021)
  • Author(s): Sarkans Ugis、et al.
  • Journal Title: Nature Methods Volume: 18 Issue: 12 Pages: 1418-1422
  • DOI: 10.1038/s41592-021-01166-8
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A global view of standards for open image data formats and repositories (2021)
  • Author(s): Swedlow Jason R.、Kankaanpaa Pasi、Sarkans Ugis、Goscinski Wojtek、Galloway Graham、Malacrida Leonel、Sullivan Ryan P.、Hartel Steffen、Brown Claire M.、Wood Christopher、Keppler Antje、Paina Federica、Loos Ben、Zullino Sara、Longo Dario Livio、Aime Silvio、Onami Shuichi
  • Journal Title: Nature Methods Volume: 18 Issue: 12 Pages: 1440-1446
  • DOI: 10.1038/s41592-021-01113-7
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Texture-based screening of genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans (2021)
  • Author(s): Momoko Imakubo, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Jun Takatama, Shuichi Onami
  • Journal Title: International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Volume: -
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] C. elegans spermatozoa lacking spe-45 are incapable of fusing with the oocyte plasma membrane (2021)
  • Author(s): Jun Takayama, Tasuya Tajima, Shuichi Onami, Htoshi Nishimura
  • Journal Title: microPublication Biology Volume: -
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Statistical image processing quantifies the changes in cytoplasmic texture associated with aging in Caenorhabditis elegans oocytes (2021)
  • Author(s): Momoko Imakubo, Jun Takayama, Hastumi Okada, Shuichi Onami
  • Journal Title: BMC Bioinformatics Volume: 22 Issue: 1 Pages: 73-73
  • DOI: 10.1186/s12859-021-03990-3
  • NAID: 120007006688
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Toward understanding the dynamic state of 3D genome (2020)
  • Author(s): Shinkai S, Onami S, Nakato R.
  • Journal Title: Computational and Structural Biotechnology Journal Volume: 18 Pages: 2259-2269
  • DOI: 10.1016/j.csbj.2020.08.014
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] BD5: An open HDF5-based data format to represent quantitative biological dynamics data (2020)
  • Author(s): Koji Kyoda, Kenneth H. L. Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • Journal Title: PLOS ONE Volume: 15 Issue: 8 Pages: e0237468-e0237468
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0237468
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics (2020)
  • Author(s): Shinkai Soya、Nakagawa Masaki、Sugawara Takeshi、Togashi Yuichi、Ochiai Hiroshi、Nakato Ryuichiro、Taniguchi Yuichi、Onami Shuichi
  • Journal Title: NAR Genomics and Bioinformatics Volume: 2 Issue: 2
  • DOI: 10.1093/nargab/lqaa020
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Microrheology for Hi-C Data Reveals the Spectrum of the Dynamic 3D Genome Organization (2020)
  • Author(s): Soya Shinkai, Takeshi Sugawara, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Shuichi Onami
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 118 Issue: 9 Pages: 2220-2228
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2020.02.020
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] On Bringing Bioimaging Data into the Open(-World) (2019)
  • Author(s): Josh Moore, Norio Kobayashi, Susanne Kunis, Shuichi Onami and Jason R. Swedlow
  • Journal Title: Proceedings of the 12th International SWAT4HCLS Conference Volume: -
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Improvement and Evaluation of a Mathematical Model for Fertilization Calcium Waves in <i>Caenorhabditis Elegans</i> (2018)
  • Author(s): Imakubo Momoko、Takayama Jun、Onami Shuichi
  • Journal Title: IPSJ Transactions on Bioinformatics Volume: 11 Issue: 0 Pages: 24-30
  • DOI: 10.2197/ipsjtbio.11.24
  • NAID: 130007402844
  • ISSN: 1882-6679
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Development of an Integrated Visualization System for Phenotypic Character Networks (2018)
  • Author(s): Onoue Yosuke、Kyoda Koji、Kioka Miki、Baba Kazutaka、Onami Shuichi、Koyamada Koji
  • Journal Title: IEEE Pacific Visualization Symposium (PacificVis 2018) Volume: - Pages: 21-25
  • DOI: 10.1109/pacificvis.2018.00012
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 先端バイオイメージングのオープンサイエンスとDXプラットフォーム (2022)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
  • Invited
• [Presentation] Data-driven modeling of animal embryogenesis (2022)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: BDR Symposium 2022
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] SSBD:database and SSBD:repository - Open Resources for Bioimages and Quantitative Data for Biosystems Dynamics (2022)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Fangfang Wang, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • Organizer: BDR Symposium 2022
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] イメージングデータ解析が拓く生命科学の新時代 (2022)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: ソニー先端技術講演会
  • Invited
• [Presentation] バイオイメージングデータの標準化・共有化の国際情勢 (2022)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: ABiS Symposium イメージングデータ解析が拓く生命科学の新時代
  • Invited
• [Presentation] A global view of standards for open image data formats and repositories (2022)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: The BINA January Community Conversation
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 画像関連データの公開と共有について (2022)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: CREST多細胞領域 第3回領域会議
  • Invited
• [Presentation] イメージングデータ駆動型生命科学と理研のオープンライフサイエンス (2021)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: CSRSインフォマティクス・データ科学推進プログラム成果報告会
  • Invited
• [Presentation] 流体力学的相互作用化の動的3次元ゲノム組織化 (2021)
  • Author(s): 新海創也, 大浪修一
  • Organizer: 第39回染色体ワークショップ・第19回核ダイナミクス研究会
• [Presentation] Development of bioimage informatics methods for Singularity Biology (2021)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: Pacifichem 2021
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] データ駆動型モデリングによる生命動態の理解と予測 (2021)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 理化学研究所・熊本大学合同生命科学領域DXシンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Single molecule measurement of core-transcription factors for pluripotency maintenance, Nanog and Oct4, in living nuclei of mouse embryonic stem cells (2021)
  • Author(s): Kazuko Okamoto, Hideaki Fujita, Soya Shinkai, Shuichi Onami, Yasushi Okada, Kuniya Abe, Tomonobu M. Watanabe
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] NeuroGT:神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス (2021)
  • Author(s): 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 線虫C. elegansの胚発生における細胞形態変化の定量解析 (2021)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 線虫の行動個体差を生み出すメカニズムの解明 (2021)
  • Author(s): 尾上詩織, 大浪修一
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Quantitative analysis of cell morphology dynamics in C. elegans embryogenesis (2021)
  • Author(s): Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • Organizer: Bioimage Informatics 2021
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] バイオDXを推進する生命現象の時空間動態データを解析する基盤の構築 (2021)
  • Author(s): 京田耕司，糸賀裕弥，遠里由佳子，大浪修一
  • Organizer: バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム
• [Presentation] SBD:databaseとSSBD:repositoryを核とした生命画像と生命動態のオープンデータ駆動による研究ライフサイクルの実現 (2021)
  • Author(s): 糸賀裕弥, 王放放, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Organizer: バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム
• [Presentation] Launching NeuroGT: a brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • Author(s): Tasumi Hirata, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Go Shioi, Hiroshi Kiyonari, Sanae Oka, Toshihiko Fujimori, Shuichi Onami
  • Organizer: Neuroscience 2021, 50th Annual Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD:database/repository 生命画像情報と生命動態情報の統合データベース・レポジトリ (2021)
  • Author(s): 糸賀裕弥, 王放放, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Organizer: トーゴーの日シンポジウム2021
• [Presentation] Homeostasis Imbalance Process Ontology: a Study on COVID-19 Infectious Processes (2021)
  • Author(s): Yuki Yamagata, Tatsuya Kushida, Shuichi Onami, Hiroshi Masuya
  • Organizer: 10th International Workshop on Vaccine and Drug Ontology Studies (VDOS-2021)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] シンギュラリティ生物学を実現する大量データの解析・保存・標準化 (2021)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 新学術三領域合同勉強会
  • Invited
• [Presentation] Comparative analysis of cellular dynamics of C. elegans and C. inopinata zygotes (2021)
  • Author(s): 大村駿, 大浪修一, 京田耕司, 春田奈美, 杉本亜砂子
  • Organizer: 線虫研究の未来を創る会2021
• [Presentation] 胚発生における細胞形態変化の定量解析 (2021)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 線虫研究の未来を創る会2021
• [Presentation] Worm Developmental Dynamics Database 2 - an open database with visualization for biological dynamics of large-scale RNAi experiments on C. elegans embryos (2021)
  • Author(s): 糸賀裕弥, 京田耕司, 大浪修一
  • Organizer: 線虫研究の未来を創る会2021
• [Presentation] NeuroGT：神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス (2021)
  • Author(s): 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • Organizer: 第44回日本神経科学大会 / CJK第1回国際会議
• [Presentation] 生命科学領域知識統合に向けたオントロジー開発とCOVID-19機序解明に向けた取り組み (2021)
  • Author(s): 山縣友紀, 櫛田達矢, 大浪修一, 桝屋啓志
  • Organizer: 2021年度人工知能学会全国大会(第35回)
• [Presentation] Comparative analysis of cellular dynamics of C. inopinata and C. elegans zygotes (2021)
  • Author(s): Shun Oomura, Shuichi Onami, Koji Kyoda, Nami Haruta, Asako Sugimoto
  • Organizer: The 23rd International C. elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Worm Developmental Dynamics Database 2 - an open database with visualization for biological dynamics of large-scale RNAi experiments on C. elegans embryos (2021)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • Organizer: The 23rd International C. elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Individual behavioral differences in C. elegans (2021)
  • Author(s): Shiori Onoue, Shuichi Onami
  • Organizer: The 23rd International C. elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • Author(s): 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • Organizer: 第54回日本発生生物学会年会
• [Presentation] BDZ: Zarr-based format of quantitative biological dynamics data for object storage and cloud computing (2021)
  • Author(s): Koji Kyoda, Ho Kenneth HL, Hiroya Itoga, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • Organizer: OME 2021 Community Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD:database and SSBD:repository - an added-value database and archive service for bioimages and quantitative data of biological dynamics - (2021)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Fangfang Wang, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • Organizer: OME 2021 Community Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 理研オープンライフサイエンスプラットフォーム (2021)
  • Author(s): 大浪修一, 粕川雄也, 桝屋啓志
  • Organizer: 理研ハッカソン オープンシンポジウム ―理研が進めるオープンサイエンスの実践―
  • Invited
• [Presentation] 時空間レジストレーションに基づく分子間相互作用の自動抽出 (2021)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 2020年度AIPチャレンジ成果報告会
• [Presentation] SBD:database and SSBD:repository - Online open resources for bioimages and quantitative data for biosystems dynamics (2021)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Ho Kenneth Hunglit, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • Organizer: RIKEN BDR Symposium 2021 - Structuring Biosystems: Functions Emerging from Molecules -
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2021)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: ERCIM-JST Joint Symposium on Big Data and Artificial Intelligence
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2021)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST International Symposium on Big Data Application
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Toward understanding the dynamic state of 3D genome by polymer modeling of Hi-C data (2020)
  • Author(s): Soya Shinkai, Ryuichiro Nakato, Shuichi Onami
  • Organizer: Cell Bio Virtual 2020
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Texture-based screening to identify genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans. (2020)
  • Author(s): Momoko Imakubo, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Jun Takayama, Shuichi Onami
  • Organizer: The 2020 Asia Digital Image Processing Conference (ADIP2020)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD:database and SSBD:repository - Online open resources for bioimages and quantitative data for biosystems dynamics (2020)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Ho Kenneth Hunglit, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • Organizer: Biological Data Science
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] バイオ計測と画像解析技術 (2020)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 公開シンポジウム 「次世代統合バイオイメージングと数理の協働の展望」
  • Invited
• [Presentation] SSBD:細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース・レポジトリ (2020)
  • Author(s): 糸賀裕弥, ホーケネス, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Organizer: トーゴーの日シンポジウム2020
• [Presentation] 大規模イメージングデータを用いた生命システムのデータ駆動モデリング (2020)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: ゲノム創薬・創発フォーラム 第4回シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Toward a physical understanding of the dynamic 3D genome organization (2020)
  • Author(s): Soya Shinkai, Shuichi Onami, Nakato Ryuichiro
  • Organizer: 第58回日本生物物理学会年会
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Global BioImaging: Scope, planned activities and its work on image data (2020)
  • Author(s): Federica Paina, Jason Swedlow, Shuichi Onami
  • Organizer: Global Bioimaging Exchange of Experience V
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Pre-publication image data: Management and processing in Japan (2020)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: Global Bioimaging Exchange of Experience V
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] SBD:database and SSBD:repository for sharing quantitative biosystems dynamics data and bioimaging data (2020)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: 2020 OME Community Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのインフォマティクス技術 (2020)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: シンギュラリティ生物学×細胞ダイバース 合同ワークショップ
  • Invited
• [Presentation] RIKEN Open Life Science Platform (2020)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: RIKEN Hackathon FY2019 Open Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Deep learning based image restoration with efficient training data acquisition (2020)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: ABiS Symposium Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging
• [Presentation] 線虫C. elegans の発生動態の定量解析 (2020)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: CREST「ビッグデータ応用」第７回若手研究者合宿
• [Presentation] Data-driven modeling of animal development (2020)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST International Symposium of Big Data Application
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2020)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST Big Data Joint Research Area-NSF-DATAIA Joint Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • Author(s): 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • Organizer: 第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
• [Presentation] On Bringing Bioimaging Data into the Open(-World) (2019)
  • Author(s): Josh Moore, Norio Kobayashi, Susanne Kunis, Shuichi Onami, Jason R. Swedlow
  • Organizer: 12th International SWAT4HCLS Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Microrheology for Hi-C data reveals a spectrum of dynamic 3D genome organization (2019)
  • Author(s): Soya Shinkai
  • Organizer: Chromosome Dynamics 2019
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] OME Core Ontology: An OWL-based Life Science Imaging Data Model (2019)
  • Author(s): Norio Kobayashi, Josh Moore, Shuichi Onami, Jason R. Swedlow
  • Organizer: 12th International SWAT4HCLS Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] バイアスフリーライフサイエンスに関して思うこと (2019)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] The 4DN-OME Ontology: an OME-OWL Extension with Emphasis on Usability, Minimum Information Guidelines and Quality Control for Super-Resolution Fluorescence Microscopy (2019)
  • Author(s): Mathias Hammer, Maximiliaan Huisman, Norio Kobayashi, Josh Moore, Alessandro Rigano, Shuichi Onami, Jason Swedlow, David Grunwald, Caterina Strambio-De-Castillia
  • Organizer: The 2019 4DN-ASCB Satellite Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 線虫C. elegans の胚発生における細胞体積の定量解析 (2019)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 表現型特徴-遺伝子ネットワークの横断的探索を支援する可視化ツール (2019)
  • Author(s): 夏川浩明, 石野隼伍、尾上洋介、京田耕司、大浪修一、小山田耕二
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] スケーリングを中心としたゲノム構造・動態の時空間階層性 (2019)
  • Author(s): 新海創也
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] Microrheology of 3D genome organization by polymer modeling (2019)
  • Author(s): 新海創也, 菅原武志、大浪修一
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] 顕微鏡画像の自動取得と深層学習による画像修復 (2019)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第22回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2019)
• [Presentation] 線虫の胚発生画像を対象としたSeq-VAEに基づく時間的超解像 (2019)
  • Author(s): 田村壮, 河合新, 延原肇, 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第22回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2019)
• [Presentation] 線虫C. elegans胚発生後期における卵殻の機械的機能と性質 (2019)
  • Author(s): 畠山明子, 佐藤麻子, 田中陽, 大浪修一
  • Organizer: 第十一回光塾
• [Presentation] SSBD:database バイオイメージングデータベースの使い方 (2019)
  • Author(s): 京田耕司, ホー・ケネス, 糸賀裕弥, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Organizer: 第十一回光塾
  • Invited
• [Presentation] 先人に学べ？！～科学者として生きてきた中での、出会い、決断、失敗、たまに成功～ (2019)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 第十一回光塾
  • Invited
• [Presentation] 画像処理による線虫C. elegans の発生動態の定量解析 (2019)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第十一回光塾
• [Presentation] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • Author(s): 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • Organizer: 第十一回光塾
• [Presentation] RIKEN Open Life Science Platform (2019)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: The 6th RIKEN-KI SciLifeLab Symposium: Biomedical Data for Artificial Intelligence
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics facilitating the reuse and reanalyze of biological data. (2019)
  • Author(s): Ho Kenneth H.L., Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • Organizer: The 20th International Conference on Systems Biology
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Quantitative analysis of cellular dynamics in C. elegans embryos (2019)
  • Author(s): Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • Organizer: The 20th International Conference on Systems Biology
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Development of bioimage informatics technologies for singularity biology (2019)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB2019), Workshop “Singularity Biology: small elements change the function of the whole systems”
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Explorative Visualization for Phenotypic-Genotypic Network (2019)
  • Author(s): Hiroaki Natsukawa, Shungo Ishino, Yosuke Onoue, Koji Kyoda, Shuichi Onami and Koji Koyamda
  • Organizer: IEEE VIS 2019
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • Author(s): 新海創也
  • Organizer: 令和元年度遺伝研研究会「クロマチン・細胞核の形成とダイナミクスによるゲノム制御」
  • Invited
• [Presentation] Microrheology for Hi-C data reveals the spectrum of the dynamic 3D genome organization (2019)
  • Author(s): 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • Organizer: 研究会「理論と実験」２０１９
• [Presentation] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2019)
  • Author(s): 糸賀裕弥, ホーケネス, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Organizer: トーゴーの日シンポジウム2019～バイオデータベース：つないで使う～;
• [Presentation] Deep learning based image restoration with efficient training data acquisition (2019)
  • Author(s): Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • Organizer: BioImage Informatics 2019
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD: an open database for sharing quantitative data and microscopy images of biosystems dynamics (2019)
  • Author(s): Koji Kyoda, Kenneth Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • Organizer: BioImage Informatics 2019
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Mathematical modeling of chromatin and chromosome dynamics (2019)
  • Author(s): Soya Shinkai
  • Organizer: The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Deciphering genome organization and dynamics by mathematical modeling and simulation (2019)
  • Author(s): Soya Shinkai
  • Organizer: The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2019)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST Big Data Application Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Public Data Resources for the Global Bioimaging Community (2019)
  • Author(s): Jason Swedlow, Shuichi Onami
  • Organizer: Global Bioimaging Exchange of Experience IV
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 胚発生における細胞動態の定量解析 (2019)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 線虫研究の未来を創る会 2019
• [Presentation] 表現型特徴―遺伝子ネットワークの横断的探索を支援する視覚的分析 (2019)
  • Author(s): 夏川浩明, 石野隼伍, 尾上洋介, 京田耕司, 大浪修一, 小山田耕二
  • Organizer: 可視化情報シンポジウム2019
• [Presentation] Deciphering chromatin dynamics and structure by polymer modeling (2019)
  • Author(s): Soya Shinkai
  • Organizer: International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM2019)
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 顕微鏡ビッグデータを用いた胚発生のデータ駆動モデリング (2019)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 第44回レーザ顕微鏡研究会＆シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのインフォマティクス技術の開発 (2019)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] Data-driven analysis of female pronuclear migration by image-processing embryonic movies in Phenobank (2019)
  • Author(s): Yukako Tohsato, Hatsumi Okada, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • Organizer: 22nd International C. elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Mechanical functions of eggshell in C. elegans development. (2019)
  • Author(s): Akiko Hatakeyama, Asako Sato, Yo Tanaka, Shuichi Onami
  • Organizer: 22nd International C.elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] New design and Improvement of Worm Developmental Dynamics Database (WDDD). (2019)
  • Author(s): Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • Organizer: 22nd International C. elegans Conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics (2019)
  • Author(s): Kenneth Ho, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • Organizer: The 52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Quantitative analysis of cell shape features in C. elegans embryos (2019)
  • Author(s): Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • Organizer: 52nd Annual Meeting of JSDB
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] データベース→データ駆動→AI駆動 (2019)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 勉強会「人類の健康と生存圏拡大のためのAI駆動型生命科学～自律的に知識を発見するロボットでノーベル賞級の発見を目指す～」
  • Invited
• [Presentation] Deciphering Hi-C data into polymer dynamics. Biophysical Society Thematic Meetings, Multiscale Modeling of Chromatin (2019)
  • Author(s): Soya Shinka, Masaki Nakagawa, Takeshi Sugawara, Yuichi Togashi, Hiroshi Ochiai, Ryuichiro Nakato, Yuichi Taniguchi, Shuichi Onami
  • Organizer: Biophysical Society Thematic Meetings, Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] SSBD: an open database for sharing quantitative data and microsccopy images of biosystems dynamics (2019)
  • Author(s): Koji Kyoda, Ho Kenneth H.L., Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • Organizer: International Conference on Systems Biology
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Data-driven modeling of C. elegans development (2019)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST International Symposium on Big Data Application
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Quantitative analysis of cell shape dynamics in C. elegans embryogenesis (2018)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Quantitative analysis of cellular dynamics in C. elegans embryo (2018)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: The 56th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan
  • Invited
• [Presentation] 公共データベースの顕微鏡画像を用いた細胞核分裂の定量計測と表現型解析 (2018)
  • Author(s): 遠里由佳子, 岡田初美, 京田耕司, 大浪修一
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
• [Presentation] Integration of big image and omics data for modeling of animal development (2018)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: The 5th RIKEN-KI/SciLifeLab Joint Symposium Artificial Intelligence Meets Life Sciences
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2018)
  • Author(s): Shuichi Onami
  • Organizer: CREST「Big Data Application」Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2018)
  • Author(s): 京田耕司、遠里由佳子、ホーケネス、糸賀裕弥、大浪修一
  • Organizer: トーゴーの日シンポジウム2018
• [Presentation] 受精と胚発生のシステムバイオロジーからオルガノイドの４Dデザイン・プラットフォームの構築へ (2018)
  • Author(s): 大浪修一
  • Organizer: 理研―農研機構連携キックオフワークショップ
  • Invited
• [Presentation] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2018)
  • Author(s): ホーケネス，遠里由佳子，京田耕司，糸賀裕弥，大浪修一
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Quantitative analysis of cell shape dynamics in C. elegans embryogenesis (2018)
  • Author(s): 東裕介, 大浪修一
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Book] 実験医学2021年12月号 Vol.39 No.19 (2021)
  • Author(s): 大浪修一
  • Total Pages: 6
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758125505
• [Book] 可視化学会学会誌 Vol.40, No.156 (2020)
  • Author(s): 京田耕司, ホーケネス, 糸賀裕弥, 遠里由佳子, 大浪修一
  • Total Pages: 3
  • Publisher: 社団法人 可視化情報学会
• [Book] イメージングの選び方・使い方100＋ (2018)
  • Author(s): 大浪修一（分担執筆）
  • Total Pages: 2
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103756
• [Remarks] “誕生日タグづけ”マウスの脳画像データベース「NeuroGT」を公開
  • URL: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2021/05/research-highlights_ja/pr20210525.html
• [Remarks] 生命科学画像のデータ形式の標準化とデータ共有リポジトリの整備に向けた国際提言
  • URL: https://www.riken.jp/pr/news/2021/20210511_2/index.html
• [Remarks] データの「共有」で生命科学研究のレベルをジャンプアップ！
  • URL: https://www.riken.jp/pr/closeup/2021/20211026_1/index.html
• [Remarks] 人工知能学会受賞者【全国大会優秀賞】
  • URL: https://www.ai-gakkai.or.jp/about/award/jsai_award-conf/
• [Remarks] ゲノムの動きをシミュレーションする新手法 －Hi-Cデータ解析パイプライン「PHi-C法」の開発－
  • URL: https://www.riken.jp/press/2020/20200807_3/index.html
• [Remarks] TL’s talk in Symposium went public
  • URL: https://so.riken.jp/2020/11/18/tls-talk-in-symposium-went-public/
• [Remarks] Watch TL’s Talk in GBI EoE V.
  • URL: https://so.riken.jp/2020/10/21/watch-tls-talk-in-eoev-v/
• [Remarks] Watch TL’s Talk on Public Image Data Online.
  • URL: https://so.riken.jp/2020/05/27/watch-tls-talk-on-public-image-data-online/
• [Remarks] SSBD was highlighted in Nature
  • URL: https://so.riken.jp/2020/03/05/ssbd-was-appeared-in-nature/
• [Remarks] データドリブン・ライフサイエンス
  • URL: https://bdrtimes.riken.jp/2019/10/01/kkyoda/
• [Remarks] TIFF image ROI contours written to BDML/BD5 format
  • URL: https://so.riken.jp/2020/02/
• [Remarks] Watch TL's Talk on Public Image Data online
  • URL: https://so.riken.jp/2020/05/
• [Remarks] The Onami Laboratory
  • URL: https://so.riken.jp
• [Remarks] 発生動態研究チーム
  • URL: http://www.riken.jp/research/labs/bdr/dev_dyn/
• [Remarks] 発生動態研究チーム
  • URL: http://www.bdr.riken.jp/jp/research/labs/onami-s/index.html
• [Remarks] OMERO Open Workshop in Kobe
  • URL: http://ssbd.qbic.riken.jp/event/omero2018/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 光シート照射装置、光シート顕微鏡、光シート照射方法、および光シート照射プログラム (2020)
  • Inventor(s): 渡邉朋信, 金城純一, 大浪修一
  • Industrial Property Rights Holder: 渡邉朋信, 金城純一, 大浪修一
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Filing Date: 2020
• [Funded Workshop] シンギュラリティ生物学第1回国際トレーニング (2019)
• [Funded Workshop] Singularity Biology: small elements change the function of the whole systems (2019)
• [Funded Workshop] OMERO Open Workshop in Kobe 2018 (2018)