Structural basis and physico-chemical evaluation for rational design and theoretical calculation of molecular engine

• Project Area: Molecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
• Project/Area Number: 18H05425
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 村田 武士 千葉大学, 大学院理学研究院, 教授 (80415322)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2020)
• Budget Amount: ¥125,710,000 (Direct Cost: ¥96,700,000、Indirect Cost: ¥29,010,000); Fiscal Year 2021: ¥23,140,000 (Direct Cost: ¥17,800,000、Indirect Cost: ¥5,340,000); Fiscal Year 2020: ¥22,620,000 (Direct Cost: ¥17,400,000、Indirect Cost: ¥5,220,000); Fiscal Year 2019: ¥20,800,000 (Direct Cost: ¥16,000,000、Indirect Cost: ¥4,800,000); Fiscal Year 2018: ¥38,870,000 (Direct Cost: ¥29,900,000、Indirect Cost: ¥8,970,000)
• Keywords: 発動分子 / 構造基盤 / 物理化学評価

Outline of Annual Research Achievements

本計画班は、研究対象となる発動分子の物理化学的性質と立体構造情報を明らかにすることで、発動分子を合理設計・理論計算するための物理化学評価と構造基盤を確立し、「発動分子科学」の創成・発展に貢献することを目的としている。以下に当該年度に得られた研究成果の概要を記載した。
（１）発動分子の物理化学解析（長門石が担当）：本年度は、代表者（村田）らが創出した光駆動性生体発動分子の耐熱化変異体に関して、DSC測定による熱安定解析を行った。その結果、変性中点温度が最大で７度上昇（Tm = 100度）した光駆動性生体発動分子を同定した。さらにDSCのピーク形状より、この変異体はタンパク質のフォールディングに関するパッキングも強化されていることが明らかとなった。
（２）理論的耐熱化変異体作製技術の開発（村田が担当）：本年度は、回転型生体発動分子に対する理論的耐熱化変異体予測法の開発を行った。具体的には、サブユニット間相互作用面に対するアミノ酸置換体の構造予測方法の検討と理論計算のエネルギー項の最適化を行った。そして、高い活性を保持した耐熱化変異体の創出に成功した。
（３）生体発動分子の耐熱化と構造解析（村田が担当）：（２）で得られた耐熱化変異体のX線結晶構造を決定し、合理的設計の基盤を確立した。これらの構造情報からA01, C01班と共同で創出した超機能化V型回転分子モーターについても結晶構造解析による設計の検証を行った。
（４）人工およびハイブリッド発動分子の構造解析（村田が担当）：光駆動型ハイブリッド発動分子について、LCP法を用いた結晶化スクリーニングを行い、微結晶を得た。今後はX線結晶構造解析を進める。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画通り、（１）前年度の研究で得られた光駆動性生体発動分子変異体の変性中点温度の同定、（２）回転型生体発動分子の耐熱化変異体の創出、（３）得られた耐熱化変異体のX線結晶構造決定、（４）光駆動型ハイブリッド発動分子の結晶化に成功した。このため予定通り順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

当初計画に従って、各研究項目を継続する。そしてA01班やB01班、公募班と連携し、各種発動分子を合理設計・理論計算するための物理化学評価と構造基盤の確立を目指す。

Research Products

• [Int'l Joint Research] Arizona State University/University of Illinois(米国)
• [Int'l Joint Research] University de Lorraine(フランス)
• [Int'l Joint Research] Arizona State University/University of Illinois(米国)
• [Int'l Joint Research] University de Lorraine(フランス)
• [Journal Article] Elucidation of cosolvent effects thermostabilizing water-soluble and membrane proteins (2020)
  • Author(s): Yasuda Satoshi、Kazama Kazuki、Akiyama Tomoki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
  • Journal Title: Journal of Molecular Liquids Volume: 301 Pages: 112403-112403
  • DOI: 10.1016/j.molliq.2019.112403
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained? (2020)
  • Author(s): Hayashi Tomohiko、Yasuda Satoshi、Suzuki Kano、Akiyama Tomoki、Kanehara Kanae、Kojima Keiichi、Tanabe Mikio、Kato Ryuichi、Senda Toshiya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
  • Journal Title: J Phys Chem B Volume: 124 Pages: 990-1000
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.9b10700
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained (2020)
  • Author(s): Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Nemoto Sayaka、Hayashi Tomohiko、Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
  • Journal Title: J Chem Inf Model. Volume: 60 Pages: 1709-1716
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00063
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Single-molecule analysis reveals rotational substeps and chemo-mechanical coupling scheme of Enterococcus hirae V1-ATPase (2019)
  • Author(s): Iida Tatsuya、Minagawa Yoshihiro、Ueno Hiroshi、Kawai Fumihiro、Murata Takeshi、Iino Ryota
  • Journal Title: J. Biol. Chem. Volume: 294 Pages: 17017-17030
  • DOI: 10.1074/jbc.ra119.008947
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Application of High-Sensitivity UV photoemission Spectroscopy to Examine the Electronic Structure of Thermophilic Rhodopsin (2019)
  • Author(s): Sano Daisuke、Ide Ichiro、Akiyama Tomoki、Tanaka Yuya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Ishii Hisao
  • Journal Title: Molecular Crystals and Liquid Crystals Volume: 687 Pages: 34-39
  • DOI: 10.1080/15421406.2019.1648052
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Metastable asymmetrical structure of shaftless V1 motor (2019)
  • Author(s): S. Maruyama, K. Suzuki, M. Imamura, H. Sasaki, H. Matsunami, K. Mizutani, Y. Saito, F. L. Imai, Y. Ishizuka-Katsura, T. Kimura-Someya, M. Shirouzu, T. Uchihashi, T. Ando, I. Yamato, T. Murata
  • Journal Title: Science Advances Volume: 5
  • DOI: 10.1126/sciadv.aau8149
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Rotational Mechanism Model of the Bacterial V1 Motor Based on Structural and Computational Analyses (2019)
  • Author(s): Singharoy A, Chipot C, Ekimoto T, Suzuki K, Ikeguchi M, Yamato I, Murata T.
  • Journal Title: Frontiers in Physiology Volume: 10 Pages: 1-12
  • DOI: 10.3389/fphys.2019.00046
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability (2019)
  • Author(s): Yasuda Satoshi、Hayashi Tomohiko、Kajiwara Yuta、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 150 Pages: 055101-055101
  • DOI: 10.1063/1.5082217
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy (2018)
  • Author(s): Tsunoda J., Song C., Imai F. L., Takagi J., Ueno H., Murata T., Iino R., Murata K.
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 8 Pages: 15632-15632
  • DOI: 10.1038/s41598-018-33977-9
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Molecular basis for governing the morphology of type-I collagen fibrils by Osteomodulin (2018)
  • Author(s): Takumi Tashima , Satoru Nagatoishi, Jose M.M. Caaveiro, Makoto Nakakido, Hiroshi Sagara, Osamu Kusano-Arai, Hiroko Iwanari, Hitomi Mimuro, Takao Hamakubo, Shin-ichi Ohnuma and Kouhei Tsumoto
  • Journal Title: Commun Biol Volume: 1:33 Pages: 1-10
  • DOI: 10.1038/s42003-018-0038-2
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Inhibition of homophilic dimerization and disruption of cell adhesion by P-cadherin-specific small molecules from SPR-based assays (2018)
  • Author(s): Senoo A, Nagatoishi S, Moberg A, Babol LN, Mitani T, Tashima T, Kudo S, Tsumoto K.
  • Journal Title: Chemical Communications Volume: 54 Pages: 5350-5353
  • DOI: 10.1039/c8cc01964a
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Presentation] Development of new antibacterial drug targeting V-ATPase in Vancomycin-resistant Enterococcus (2019)
  • Author(s): Takeshi Murata
  • Organizer: Gordon Research Conference on Bioenergetics
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 統計熱力学から理解する膜タンパク質の熱安定性の原理 (2019)
  • Author(s): 村田武士
  • Organizer: 第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会
  • Invited
• [Presentation] 耐熱性ロドプシンの立体構造と耐熱化メカニズム (2019)
  • Author(s): 村田武士
  • Organizer: ISSPワークショップ
  • Invited
• [Presentation] 回転分子モータータンパク質によるプロトン輸送メカニズム (2019)
  • Author(s): 村田武士
  • Organizer: 第９２回日本生化学会
  • Invited
• [Presentation] Rotational molecular mechanism of bacterial V1-ATPase (2019)
  • Author(s): Takeshi Murata
  • Organizer: 2nd Tokyo ATPase Workshop
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 素人でもなんとかなるクライオEM (2019)
  • Author(s): 村田武士
  • Organizer: 日本分子生物学会フォーラム企画
  • Invited
• [Presentation] 多剤耐性腸球菌V-ATPaseを標的とした新規抗菌薬の開発 (2019)
  • Author(s): 村田武士
  • Organizer: 第2回構造生命科学研究会
  • Invited
• [Presentation] 薬剤耐性腸球菌V-ATPaseを標的とした新規抗菌薬の開発 (2019)
  • Author(s): 清水 康輝、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会
• [Presentation] バンコマイシン耐性腸球菌に存在するV-ATPaseを分子標的とした新規抗菌薬の開発 (2019)
  • Author(s): 清水 康輝、薬師寺 リカ ファビアナ、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
  • Organizer: 第92回日本細菌学会総会
• [Presentation] Inhibition of V-ATPase decrease the growth of Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) specifically (2019)
  • Author(s): Kouki Shimizu, Fabiana Lica Yakushiji, Katsuhiko Moriyama, Yoshiyuki Goto, Takeshi Murata
  • Organizer: 第2回AMED薬剤耐性シンポジウム
• [Presentation] Na+-transporting V-ATPase is a new target for drug development against Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) (2019)
  • Author(s): Kouki Shimizu, Fabiana Lica Yakushiji, Katsuhiko Moriyama, Yoshiyuki Goto, Takeshi Murata
  • Organizer: Gordon Research Conference on Bioenergetics
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2 muscarinic receptor (2019)
  • Author(s): Ryoji Suno, Sangbae Lee, Shoji Maeda, Satoshi Yasuda, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita, Masaki Yamamoto, Brian Kobilka, Nagarajan Vaidehi, So Iwata, Takuya Kobayashi
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Theoretical Prediction of Thermostabilizing Mutations for GPCR: Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in Class A GPCRs (2019)
  • Author(s): Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuki Takamuku, Nanao Suzuki, Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, So Iwata, Takuya Kobayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] The combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals rotary catalysis of a shaftless V1 motor (2019)
  • Author(s): Shintaro Maruyama, Motonori Imamura, Takayuki Uchihashi, Kazuya Nakamoto, Mizutani Kenji, Lica Fabiana Imai, Kano Suzuki, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Tomomi Someya-Kimura, Mikako Shirouzu, Ichiro Yamato, Toshio Ando, Takeshi Murata
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Further Thermo-Stabilization of Thermophilic Rhodopsin through Engineering in Intramembrane and Extramembrane Regions (2019)
  • Author(s): Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Masako Hirose, Sayaka Nemoto, Stoshi Yasuda, Yuki Sudo, Takeshi Murata
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Tailor-made design of superstable proteins from scratch for rational stabilization of GPCR (2019)
  • Author(s): Masaya Mitsumoto, Nanao Suzuki, Ryosuke Nakano, Takahiro Kosugi, Takeshi Murata, Nobuyasu Koga
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Chemo-mechanical coupling scheme of rotary molecular motor Enterococcus hirae V1-ATPase revealed by single-molecule analysis (2019)
  • Author(s): Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Fumihiro Kawai, Takeshi Murata, Ryota Iino
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] The off-axis rotor of Enterococcus hirae V-type ATPase by Volta phase contrast cryo-EM (2019)
  • Author(s): Burton-Smith Raymond. N, Tsunoda Jun, Yamamori Yu, Miyazaki Naoyuki, Imai Fabiana L., Song Chihong, Tomii Kentaro, Iwasaki Kenji, Takagi Junichi, Ueno Hiroshi, Murata Takeshi, Iino Ryota, Murata Kazuyoshi
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
• [Presentation] The influence of cosolvent on thermal stability of membrane proteins (2019)
  • Author(s): Kazuki Kazama, Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
  • Organizer: CBI学会2019年大会
• [Presentation] Development of the screening system to create GPCR mutants stabilized in active states (2019)
  • Author(s): Ryosuke Nakano, Nanao Suzuki, Simon Hikiri, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
  • Organizer: CBI学会2019年大会
• [Presentation] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability (2019)
  • Author(s): Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
  • Organizer: CBI学会2019年大会
• [Presentation] Calorimetric Selection of Ligands to Inhibit the Protein Functions in Cell and in Vivo (2019)
  • Author(s): Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto
  • Organizer: The Seventh International Symposium on the New Frontiers of Thermal Studies of Materials
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Thermodynamic selection of ligands to inhibit the protein functions in cell and in vivo (2019)
  • Author(s): Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto
  • Organizer: The 7th International Postgraduate Conference on Pharmaceutical Sciences
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Elucidation of the interactions for natural flexible and unstable proteins using HDX-MS (2019)
  • Author(s): 長門石曉、津本浩平
  • Organizer: 第65回質量分析総合討論会
  • Invited
• [Presentation] 生体分子を制御する特異的リガンドの物理化学的探索と解析 (2019)
  • Author(s): 長門石曉、津本浩平
  • Organizer: 生有研シンポジウム 2019
  • Invited
• [Presentation] Disruption of Homophilic Protein-protein Interaction of P-cadherin by A Fragment Compound as A Trigger To Inhibit Cell Adhesion (2019)
  • Author(s): 妹尾 暁暢、長門石 曉、吉田 浩平、伊藤 翔、上野 剛、田島 卓実、工藤 翔太、津本 浩平
  • Organizer: 33rd The Protein Society Annual Symposium
• [Presentation] Biophysics of the Protein-ligand Interactions to Regulate the Protein Function (2019)
  • Author(s): S Nagatoishi、K Tsumoto
  • Organizer: 10th RSC-CSJ Joint Symposium
• [Presentation] 医薬品設計の提案を指向したHDX-MSによる蛋白質間相互作用解析 (2019)
  • Author(s): 長門石曉、 展天承、 森千夏、 中木戸誠、 津本浩平
  • Organizer: 第15回日本臨床プロテオゲノミクス研究会
• [Presentation] 低分子リガンドによる細胞接着蛋白質P-カドヘリンの同種親和的二量体化阻害に対する分子機構解明 (2019)
  • Author(s): 妹尾暁暢、長門石曉、吉田浩平、伊藤翔、上野剛、田島卓実、工藤翔太、津本浩平
  • Organizer: 第19回 日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] S100A4-MetAP2蛋白質間相互作用に対するペプチド阻害剤の相互作用解析 (2019)
  • Author(s): 片桐直宏、長門石曉、遠藤英也、津本浩平
  • Organizer: 第19回 日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] 小分子リガンドによる細胞接着蛋白質P-カドヘリンの分子間相互作用制御と構造情報に基づくリガンド設計 (2019)
  • Author(s): 妹尾暁暢、齋藤雄太朗、伊藤翔、長門石曉、上野剛、吉田浩平、田島卓実、工藤翔太、山東信介、津本浩平
  • Organizer: 第13回バイオ関連化学シンポジウム
• [Presentation] ホモ二量体形成蛋白質P-カドヘリンによる細胞接着阻害を可能にする新規低分子リガンド結合部位の同定 (2019)
  • Author(s): 妹尾暁暢、長門石曉、吉田浩平、伊藤翔、上野剛、田島卓実、工藤翔太、津本浩平
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] S100A4-MetAP2間相互作用に対するHelix-turn-helix構造を形成するペプチド 阻害剤の解析 (2019)
  • Author(s): 片桐直宏、長門石曉、遠藤英也、津本浩平
  • Organizer: 第37回 メディシナルケミストリーシンポジウム
• [Presentation] 物理化学的手法を駆使した細胞接着蛋白質P-カドヘリンのホモ二量体化相互作用を阻害する低分子の同定とその阻害機構解明 (2019)
  • Author(s): 妹尾暁暢、齋藤雄太朗、伊藤翔、長門石曉、上野剛、吉田浩平、田島卓実、工藤翔太、山東信介、津本浩平
  • Organizer: 第37回 メディシナルケミストリーシンポジウム
• [Presentation] New methodologies for human membrane protein crystallography (2019)
  • Author(s): Takeshi Murata
  • Organizer: Gordon Research Conference on IGF and Insulin System in Physiology and Disease
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 蛋白質-リガンド, 抗原-抗体相互作用解析における熱分析の活用 (2019)
  • Author(s): 長門石曉、津本浩平
  • Organizer: 熱測定スプリングスクール2019
  • Invited
• [Presentation] Further thermostabilization of thermophilic rhodopsin TR (2018)
  • Author(s): Takeshi Murata
  • Organizer: 23th Biophysics Conference in Taiwan
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 理論計算を用いた膜蛋白質の耐熱化法の開発 (2018)
  • Author(s): 村田 武士
  • Organizer: 第４回蛋白質工学研究会
  • Invited
• [Presentation] Further thermostabilization of Microbial rhodopsins (2018)
  • Author(s): Takeshi Murata
  • Organizer: The 79th Okazaki Conference
  • Invited
• [Presentation] X線結晶構造解析を用いたシャフトレスV1-ATPaseの非対称構造形成機構の探索 (2018)
  • Author(s): 丸山 慎太郎、鈴木 花野、今村 元紀、佐々木 輝、松波 秀行、水谷 健二、齋藤 靖子、今井 ファビアナ・リカ、石塚(桂)芳子、 染谷(木村)友美、白水 美香子、内橋 貴之、安藤 敏夫、山登 一郎、村田 武士
  • Organizer: 量子生命科学研究会第2回学術集会
• [Presentation] N 末端側βバレルドメインのクラウン構造が非対称性を生み、恊動性を付与する (2018)
  • Author(s): 丸山 慎太郎、鈴木 花野、今村 元紀、佐々木 輝、松波 秀行、水谷 健二、齋藤 靖子、今井 ファビアナ・リカ、石塚(桂)芳子、 染谷(木村)友美、白水 美香子、内橋 貴之、安藤 敏夫、山登 一郎、村田 武士
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] Immobilization of conformational state of E.hirae V-ATPase complex using PA tag system for structural analysis (2018)
  • Author(s): Fabiana L Yakushiji, Jun Tsunoda, Chihong Song, Hiroshi Ueno, Ryota Iino, Satoshi Ogasawara, Junichi Takagi, Kazuyoshi Murata, Takeshi Murata
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] all-αタンパク質のデザイン (2018)
  • Author(s): 佐久間 航也、杉木 俊彦、鈴木 花野、小林 直也、小杉 貴洋、小林 直宏、 村田 武士、古賀 理恵、古賀 信康
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] 大腸菌発現系を用いたヒト由来 A2Aアデノシン受容体の発現・精製検討 (2018)
  • Author(s): 鈴木 七緒、高椋 勇樹、吉田 千香、村田 武士
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] G タンパク質共役受容体の不安定領域の再デザイン (2018)
  • Author(s): 三本 斉也、村田 武士、古賀 信康
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] Chemo-mechanical coupling scheme of rotary molecular motor V1-ATPase revealed by single-molecule analysis (2018)
  • Author(s): Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Fumihiro Kawai, Takeshi Murata, and Ryota Iino
  • Organizer: The 79th Okazaki Conference
• [Presentation] Statistical thermodynamics on the large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability (2018)
  • Author(s): Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, and Masahiro Kinoshita
  • Organizer: The 79th Okazaki Conference
• [Presentation] Design of all-α proteins (2018)
  • Author(s): Koya Sakuma, Naohiro Kobayashi, Kano Suzuki, Toshihiko Sugiki, Naoya Kobayashi, Takahiro Kosugi, Takeshi Murata, Toshimichi Fujiwara, Rie Koga, Nobuyasu Koga
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Electronic structure of a film with TR observed by technique using photoelectron emission 2: Comparison with RxR (2018)
  • Author(s): Daisuke Sano, Yuki Takeda, Tomoki Akiyama, Kanae Kanahara, Takeshi Murata, Yuki Sudo, Hisao Ishi
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Gap state of lysozyme thin film observed by high-sensitivity UV photoelectron spectroscopy (2018)
  • Author(s): Ichiro Ide, Daisuke Sano, Shintaro Maruyama, Yuya Tanaka, Takeshi Murata, Hisao Ishii
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Physical origin of exceptionally high thermostability of thermophilic rhodopsin (2018)
  • Author(s): Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Thermostabilization of the microbial rhodopsin TR by carotenoid binding and amino-acid mutation (2018)
  • Author(s): Tomoki Akiyama, Keigo Nishikawa, Sayaka Nemoto, Satoshi Yasuda, Daisuke Umeno, Masahiro Kinoshita, Yuki Sudo, Takeshi Murata
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Statistical thermodynamics for the extremely high thermostability of a microbial rhodopsin from the eubacterium Rubrobacter (RxR) (2018)
  • Author(s): Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Kano Suzuki, Tomoki Akiyama, Kanae Kanehara, Yuki Sudo, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Rational Design of G-Protein Coupled Receptors Stabilized in Aimed State (2018)
  • Author(s): Masaya Mitsumoto, Ryosuke Nakano, Takeshi Murata, Nobuyasu Koga
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Efficient screening system construction to create thermo-stabilized GPCR mutants using theoretical calculation and evolutional engineering (2018)
  • Author(s): Shingo Sato, Nanao Suzuki, Satoshi Yasuda, Yuta Kaziwara, Hiroki Nakai, Kinuka Isshiki, Tomoaki Matsuura, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
  • Organizer: 日本分子生物学会
• [Presentation] 理論計算と進化分子工学を融合したGPCR安定化変異体スクリーニング系の構築 (2018)
  • Author(s): 佐藤愼吾、鈴木七緒、梶原佑太、安田賢司、仲井宏紀、一色衣香、松浦友亮、木下正弘、村田武士
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会 第44回討論会
• [Presentation] GPCR活性型変異体スクリーニング系の構築 (2018)
  • Author(s): 中野僚介、肥喜里志門、安田賢司、白石充典、木下正弘、村田武士
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会 第44回討論会
• [Presentation] メラトニン1A受容体の高発現・熱安定化改変体の創出 (2018)
  • Author(s): 扇谷和希、佐藤愼吾、鈴木七緒、安田賢司、白石充典、木下 正弘、村田武士
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会 第44回討論会
• [Presentation] N末端βバレルクラウンがV1モーターの非対称構造形成に寄与する (2018)
  • Author(s): 丸山 慎太郎、鈴木 花野、今村 元紀、佐々木 輝、松波 秀行、水谷 健二、齋藤 靖子、イマイ ファビアナ リカ、石塚（桂） 芳子、木村（染谷） 友美、白水 美香子、内橋 貴之、安藤敏夫、山登 一郎、村田 武士
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会 第44回討論会
• [Presentation] Physicochemical and Computational Analysis for S100A4-MetAP2 peptide Interaction (2018)
  • Author(s): Naohiro Katagiri, Satoru Nagatoishi, Hideya Endo, Kouhei Tsumoto
  • Organizer: sian Biophysics Association Symposium in conjunction with the Australian Society for Biophysics Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 天然変性タンパク質のフラグメント化によるタンパク質間相互作用阻害リガンド探索 (2018)
  • Author(s): 長門石曉、津本浩平
  • Organizer: 第12回バイオ関連化学シンポジウム
• [Presentation] 細胞内の蛋白質間相互作用を制御する物理化学的リガンド探索 (2018)
  • Author(s): 長門石曉、津本浩平
  • Organizer: 第91回日本生化学会大会
• [Presentation] Nanodisc-GPCRを用いた物理化学的アプローチによる低分子薬剤探索 (2018)
  • Author(s): 吉田 浩平、長門石 曉、黒田 大祐、津本 浩平
  • Organizer: 第9回スクリーニング学研究会
• [Presentation] SPRを用いた化膿連鎖球菌の宿主感染関連PPIを阻害する天然物化合物の探索 (2018)
  • Author(s): 妹尾 暁暢、長門石 曉、中木戸 誠、星野 将人、中山 登、坂東 泰彦、石崎 仁將、澤 竜一、五十嵐 雅之、津本 浩平
  • Organizer: 第9回スクリーニング学研究会
• [Presentation] LI-cadherinのTrp残基への変異導入がホモ二量体形成に与える影響 (2018)
  • Author(s): 由井 杏奈、菊池 智佳、郷田 秀一郎、工藤 翔太、秋葉 宏樹、中木戸 誠、長門石 曉、新井 修、岩成 宏子、浜窪 隆雄、津本 浩平
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Nanodisc を用いたリン脂質二重膜環境中におけるヒトセロトニン受容体の機能解析 (2018)
  • Author(s): 吉田 浩平、黒田 大祐、長門石 曉、津本 浩平
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] 物理化学測定を用いた異なる脂質環境におけるセロトニン受容体の機能評価 (2018)
  • Author(s): 吉田 浩平、長門石 曉、津本 浩平
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] SPRを活用した鉄獲得機構を標的とした化膿連鎖球菌に対する新規抗菌剤の探索 (2018)
  • Author(s): 妹尾 暁暢、長門石 曉、福田 哲也、小尾 奈緒子、中山 登、坂東 泰彦、石崎 仁將、澤 竜一、五十嵐 雅之、津本 浩平
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] SAXS及びITCによるホモ二量体形成蛋白質LI-cadherinの物性解析 (2018)
  • Author(s): 由井 杏奈、菊池 智佳、郷田 秀一郎、工藤 翔太、秋葉 宏樹、中木戸 誠、長門石 曉、新井 修、岩成 宏子、浜窪 隆雄、津本 浩平
  • Organizer: 第18回日本蛋白質科学会年会