Decryption of the ubiquitin code by chemo-technologies and advanced proteomics

• Project Area: New frontier for ubiquitin biology driven by chemo-technologies
• Project/Area Number: 18H05498
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
• Principal Investigator: 佐伯 泰 公益財団法人東京都医学総合研究所, 基礎医科学研究分野, プロジェクトリーダー (80462779)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 大竹 史明 星薬科大学, 先端生命科学研究所, 特任准教授 (60447373)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2022)
• Budget Amount: ¥131,430,000 (Direct Cost: ¥101,100,000、Indirect Cost: ¥30,330,000); Fiscal Year 2022: ¥28,860,000 (Direct Cost: ¥22,200,000、Indirect Cost: ¥6,660,000); Fiscal Year 2021: ¥28,860,000 (Direct Cost: ¥22,200,000、Indirect Cost: ¥6,660,000); Fiscal Year 2020: ¥28,860,000 (Direct Cost: ¥22,200,000、Indirect Cost: ¥6,660,000); Fiscal Year 2019: ¥28,860,000 (Direct Cost: ¥22,200,000、Indirect Cost: ¥6,660,000); Fiscal Year 2018: ¥15,990,000 (Direct Cost: ¥12,300,000、Indirect Cost: ¥3,690,000)
• Keywords: ユビキチン / プロテアソーム / p97 / ケモテクノロジー / 質量分析 / 質量分析計

Outline of Annual Research Achievements

本計画研究では、ユビキチン解析に特化した様々な最先端プロテオミクス解析法を確立し、領域内で開発するケモテクノロジーを利用して、ユビキチンシグナルの根幹である「ユビキチン修飾の高次構造」の直接の解析と「デコーダー分子による識別・解読機構」の解明を目的とする。
１．最先端ユビキチン・プロテオミクス解析法の開発（佐伯）：本年度は質量分析（MS）を用いたユビキチン化ペプチドの網羅的同定法を確立し、さらにタンデム質量タグと組み合わせることで、最大16サンプルから同時にユビキチン化タンパク質を同定する方法（TMT16plex/Di-Gly/FAIMS法）の開発に成功した。また、林班とユビキチン単量体に対する小型人工抗体（モノボディ）を共同開発し、本年度は特許出願した。
２．分岐型ユビキチン鎖デコーダーの探索（佐伯）：佐藤班・林班と共同でビオチン化K6/K48分岐ユビキチン3量体、ビオチン化K48/K63分岐型ユビキチン3量体を酵素および化学標識により調製した。これらをベイトとしたアフィニティ精製/MS解析により複数のデコーダー分子候補を同定した。
３．シャトル分子の機能解析および阻害剤開発（佐伯）：上述のユビキチン・プロテオミクス解析法を用いてシャトル分子の基質タンパク質を網羅的に同定したところ、RAD23ファミリーとUBQLNファミリーとでは基質選択性が大きく異なることを見出した。また、林班と共同で、プロテアソームとRAD23Bの相互作用を破壊する人工抗体を開発し、プロテアソーム液滴を破壊できることを見出した。
４．分岐型ユビキチン鎖形成酵素の同定（大竹）：cIAPが分岐型ユビキチン鎖を形成することを見出した。Middle-down MSと組みわせることで、3種類のリンケージをもつ複雑なユビキチン鎖を形成することを見出した。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度は、MSを用いた多検体ユビキチン化プロテオーム解析法の開発に成功し、20年来の疑問とされてきたプロテアソーム経路のユビキチンデコーダー分子の基質選択性について数々の新知見を得ることができた。また、ユビキチンやRAD23Bに対する人工抗体の開発に成功し、ユビキチン研究の新たな化学ツールとして有用であることを示すことができた。一方、分岐型ユビキチン鎖の高次構造解析法を標的タンパク質分解誘導剤の解析に用いることで、SmacミメティクスがcIAPの自己ユビキチン化を誘導すること、3種類のリンケージをもつ複雑な分岐型ユビキチン鎖が形成することを見出した。このように、MSを用いた最先端ユビキチンコード解析法の開発、化学ツール開発、およびそれらを用いたユビキチンコード・デコード研究について、本年度も当初の計画以上に研究が進展した。

Strategy for Future Research Activity

１．最先端ユビキチン・プロテオミクス解析法の開発：質量分析を用いた高深度比較プロテオーム解析法（TMT16plex/FAIMS/MS2）および前年度までに確立したユビキチン化基質の網羅的変動解析法により、研究領域内で開発された新型PROTACやPROTACの作用機序をプロテオーム変動を指標に評価する（佐伯）。また、分岐型ユビキチン鎖の組成解析（Middle-down MS2）について、岡本班が開発した化学合成ユビキチンを内部標準とした絶対定量法を引き続き開発する（大竹）。これらの新しい解析技術と従来のユビキチン鎖絶対定量法を用いて、領域内の各種共同研究を実施する（佐伯・大竹）。
２．プロテアソーム経路のユビキチンデコーダー分子の機能解析：これまでユビキチン選択的シャペロンp97-UFD1-NPL4とシャトル分子がプロテアソーム基質の選別とプロテアソームへの運搬に重要であることを見出しており、上記の最先端ユビキチン・プロテオーム解析法を用いて、基質選択性、ユビキチン鎖タイプ選択性を解明する（佐伯）。また、林班と共同開発したシャトル分子RAD23B、UBQLN２の人工抗体を用いてプロテアソーム液滴の破壊など時間解像度の高い細胞内機能阻害を試みる（佐伯）。
３．新規ユビキチンコードの機能解析：領域内で開発した化学合成ユビキチン鎖を用いて、質量分析を用いたデコーダー分子の探索および機能解析を引き続き実施する（佐伯）。

Research Products

• [Int'l Joint Research] Max Planck Institute of Biochemistry(ドイツ)
• [Journal Article] ENTREP/FAM189A2 encodes a new ITCH ubiquitin ligase activator that is downregulated in breast cancer (2022)
  • Author(s): Takumi Tsunoda, Miho Riku, Norika Yamada, Hikaru Tsuchiya, Takuya Tomita, Minako Suzuki, Mari Kizuki, Akihito Inoko, Hideaki Ito, Kenta Murotani, Hideki Murakami, Yasushi Saeki, Kenji Kasai
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 23 Issue: 2
  • DOI: 10.15252/embr.202051182
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The TGN/EE SNARE protein SYP61 and the ubiquitin ligase ATL31 cooperatively regulate plant responses to carbon/nitrogen conditions in Arabidopsis (2022)
  • Author(s): Yoko Hasegawa, Thais Huarancca Reyes, Tomohiro Uemura, Anirban Baral, Akari Fujimaki, Yongming Luo, Yoshie Morita, Yasushi Saeki, Shugo Maekawa, Shigetaka Yasuda, Koki Mukuta, Yoichiro Fukao, Keiji Tanaka, Akihiko Nakano, Junpei Takagi, Rishikesh P Bhalerao, Junji Yamaguchi, Takeo Sato
  • Journal Title: THE PLANT CELL Volume: 34 Issue: 4 Pages: 1354-1374
  • DOI: 10.1093/plcell/koac014
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Branched ubiquitin code: from basic biology to targeted protein degradation (2022)
  • Author(s): Ohtake Fumiaki
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: 171 Issue: 4 Pages: 361-366
  • DOI: 10.1093/jb/mvac002
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Frontier of the ubiquitin code research (2021)
  • Author(s): 佐伯 泰、遠藤 彬則、大竹 史明
  • Journal Title: MEDCHEM NEWS Volume: 31 Issue: 3 Pages: 136-142
  • DOI: 10.14894/medchem.31.3_136
  • NAID: 130008070855
  • ISSN: 2432-8618, 2432-8626
  • Year and Date: 2021-08-01
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA polymerase II condensate formation and association with Cajal and histone locus bodies in living human cells (2021)
  • Author(s): Imada Takashi、Shimi Takeshi、Kaiho Ai、Saeki Yasushi、Kimura Hiroshi
  • Journal Title: Genes to Cells Volume: - Issue: 5 Pages: 298-312
  • DOI: 10.1111/gtc.12840
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Discovery of a Highly Potent and Selective Degrader Targeting Hematopoietic Prostaglandin D Synthase via In Silico Design (2021)
  • Author(s): Yokoo Hidetomo、Shibata Norihito、Endo Akinori、Ito Takahito、Yanase Yuta、Murakami Yuki、Fujii Kiyonaga、Hamamura Kengo、Saeki Yasushi、Naito Mikihiko、Aritake Kosuke、Demizu Yosuke
  • Journal Title: Journal of Medicinal Chemistry Volume: 64 Issue: 21 Pages: 15868-15882
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c01206
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Design, Synthesis, and Evaluation of Trivalent PROTACs Having a Functionalization Site with Controlled Orientation (2021)
  • Author(s): Huang Yifan、Yokoe Hiromasa、Kaiho-Soma Ai、Takahashi Kazunori、Hirasawa Yusuke、Morita Hiroshi、Ohtake Fumiaki、Kanoh Naoki
  • Journal Title: Bioconjugate Chemistry Volume: 33 Issue: 1 Pages: 142-151
  • DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.1c00490
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MIND bomb 2 prevents RIPK1 kinase activity-dependent and -independent apoptosis through ubiquitylation of cFLIPL (2021)
  • Author(s): Nakabayashi Osamu、Takahashi Hirotaka、Moriwaki Kenta、Komazawa-Sakon Sachiko、Ohtake Fumiaki、Murai Shin、Tsuchiya Yuichi、Koyahara Yuki、Saeki Yasushi、Yoshida Yukiko、Yamazaki Soh、Tokunaga Fuminori、Sawasaki Tatsuya、Nakano Hiroyasu
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 4 Issue: 1 Pages: 80-80
  • DOI: 10.1038/s42003-020-01603-y
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] TRIP12 promotes small-molecule-induced degradation through K29/K48-branched ubiquitin chains (2021)
  • Author(s): Kaiho-Soma Ai、Akizuki Yoshino、Igarashi Katsuhide、Endo Akinori、Shoda Takuji、Kawase Yasuko、Demizu Yosuke、Naito Mikihiko、Saeki Yasushi、Tanaka Keiji、Ohtake Fumiaki
  • Journal Title: Molecular Cell Volume: 81 Issue: 7 Pages: 1411-1424.e7
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2021.01.023
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Proteasome phase separation for degradation (2020)
  • Author(s): 佐伯 泰、安田 さや香、土屋 光
  • Journal Title: 生化学 Volume: 92 Issue: 6 Pages: 822-826
  • DOI: 10.14952/SEIKAGAKU.2020.920822
  • NAID: 40022454281
  • ISSN: 0037-1017
  • Year and Date: 2020-12-25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A novel method to determine the chain length of the polyubiquitinated proteins (2020)
  • Author(s): 土屋 光、佐伯 泰
  • Journal Title: 生化学 Volume: 92 Issue: 1 Pages: 14-19
  • DOI: 10.14952/SEIKAGAKU.2020.920014
  • ISSN: 0037-1017
  • Year and Date: 2020-02-25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Branched ubiquitin chains and acetylated ubiquitin (2020)
  • Author(s): 大竹 史明
  • Journal Title: 生化学 Volume: 92 Issue: 1 Pages: 57-63
  • DOI: 10.14952/SEIKAGAKU.2020.920057
  • ISSN: 0037-1017
  • Year and Date: 2020-02-25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular bases for HOIPINs-mediated inhibition of LUBAC and innate immune responses. (2020)
  • Author(s): Oikawa D, Sato Y, Ohtake F, Komakura K, Hanada K, Sugawara K, Terawaki S, Mizukami Y, Phuong HT, Iio K, Obika S, Fukushi M, Irie T, Tsuruta D, Sakamoto S, Tanaka K, Saeki Y, Fukai S, Tokunaga F.
  • Journal Title: Commun. Biol. Volume: 3 Issue: 1 Pages: 163-163
  • DOI: 10.1038/s42003-020-0882-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The HOIL-1L ligase modulates immune signalling and cell death via monoubiquitination of LUBAC (2020)
  • Author(s): Fuseya Yasuhiro、Fujita Hiroaki、Kim Minsoo、Ohtake Fumiaki、Nishide Akira、Sasaki Katsuhiro、Saeki Yasushi、Tanaka Keiji、Takahashi Ryosuke、Iwai Kazuhiro
  • Journal Title: Nature Cell Biology Volume: － Issue: 6 Pages: 663-673
  • DOI: 10.1038/s41556-020-0517-9
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] α-synuclein strains that cause distinct pathologies differentially inhibit proteasome (2020)
  • Author(s): Suzuki Genjiro、Imura Sei、Hosokawa Masato、Katsumata Ryu、Nonaka Takashi、Hisanaga Shin-Ichi、Saeki Yasushi、Hasegawa Masato
  • Journal Title: eLife Volume: 9
  • DOI: 10.7554/elife.56825
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A substrate-trapping strategy to find E3 ubiquitin ligase substrates identifies Parkin and TRIM28 targets (2020)
  • Author(s): Watanabe Masashi、Saeki Yasushi、Takahashi Hidehisa、Ohtake Fumiaki、Yoshida Yukiko、Kasuga Yusuke、Kondo Takeshi、Yaguchi Hiroaki、Suzuki Masanobu、Ishida Hiroki、Tanaka Keiji、Hatakeyama Shigetsugu
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 3 Issue: 1 Pages: 592-592
  • DOI: 10.1038/s42003-020-01328-y
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Ribosomal protein S7 ubiquitination during ER stress in yeast is associated with selective mRNA translation and stress outcome (2020)
  • Author(s): Matsuki Yasuko、Matsuo Yoshitaka、Nakano Yu、Iwasaki Shintaro、Yoko Hideyuki、Udagawa Tsuyoshi、Li Sihan、Saeki Yasushi、Yoshihisa Tohru、Tanaka Keiji、Ingolia Nicholas T.、Inada Toshifumi
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 10 Issue: 1 Pages: 19669-19669
  • DOI: 10.1038/s41598-020-76239-3
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Multi-Step Ubiquitin Decoding Mechanism for Proteasomal Degradation (2020)
  • Author(s): Tsuchiya Hikaru、Endo Akinori、Saeki Yasushi
  • Journal Title: Pharmaceuticals Volume: 13 Issue: 6 Pages: 128-128
  • DOI: 10.3390/ph13060128
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Mass Spectrometry Technologies for Deciphering the Ubiquitin Code (2020)
  • Author(s): Ohtake Fumiaki
  • Journal Title: Trends in Biochemical Sciences Volume: 45 Issue: 9 Pages: 820-821
  • DOI: 10.1016/j.tibs.2020.04.008
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stress- and ubiquitylation-dependent phase separation of the proteasome (2020)
  • Author(s): Yasuda Sayaka、Tsuchiya Hikaru、Kaiho Ai、Guo Qiang、Ikeuchi Ken、Endo Akinori、Arai Naoko、Ohtake Fumiaki、Murata Shigeo、Inada Toshifumi、Baumeister Wolfgang、Fernandez-Busnadiego Ruben、Tanaka Keiji、Saeki Yasushi
  • Journal Title: Nature Volume: 578 Issue: 7794 Pages: 296-300
  • DOI: 10.1038/s41586-020-1982-9
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Two distinct modes of DNMT1 recruitment ensure stable maintenance DNA methylation (2020)
  • Author(s): A. Nishiyama, C. Mulholland, S. Bultmann, S. Kori, A. Endo, Y. Saeki, W. Qin, C. Trummer, Y. Chiba, H. Yokoyama, S. Kumamoto, T. Kawakami, H. Hojo, G. Nagae, H. Aburatani, K. Tanaka, K. Arita, H. Leonhardt, M. Nakanishi
  • Journal Title: Nat. Commun. Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1222-1222
  • DOI: 10.1038/s41467-020-15006-4
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] RQT complex dissociates ribosomes collided on endogenous RQC substrate SDD1 (2020)
  • Author(s): Matsuo Yoshitaka、Tesina Petr、Nakajima Shizuka、Mizuno Masato、Endo Akinori、Buschauer Robert、Cheng Jingdong、Shounai Okuto、Ikeuchi Ken、Saeki Yasushi、Becker Thomas、Beckmann Roland、Inada Toshifumi
  • Journal Title: Nature Structural & Molecular Biology Volume: 27 Issue: 4 Pages: 323-332
  • DOI: 10.1038/s41594-020-0393-9
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] 最先端プロテオミクス解析を用いたユビキチン研究 (2020)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Journal Title: Farumashia Volume: 56 Issue: 1 Pages: 21-25
  • DOI: 10.14894/faruawpsj.56.1_21
  • NAID: 130007779041
  • ISSN: 0014-8601, 2189-7026
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stepwise multipolyubiquitination of p53 by the E6AP-E6 ubiquitin ligase complex (2019)
  • Author(s): Masuda Y, Saeki Y, Arai N, Kawai H, Kukimoto I, Tanaka K, Masutani C.
  • Journal Title: J Biol Chem Volume: 294 Issue: 41 Pages: 14860-14875
  • DOI: 10.1074/jbc.ra119.008374
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl4 (2019)
  • Author(s): Sato Yusuke、Tsuchiya Hikaru、Yamagata Atsushi、Okatsu Kei、Tanaka Keiji、Saeki Yasushi、Fukai Shuya
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 10 Issue: 1 Pages: 5708-5708
  • DOI: 10.1038/s41467-019-13697-y
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Collided ribosomes form a unique structural interface to induce Hel2‐driven quality control pathways (2019)
  • Author(s): Ikeuchi Ken、Tesina Petr、Matsuo Yoshitaka、Sugiyama Takato、Cheng Jingdong、Saeki Yasushi、Tanaka Keiji、Becker Thomas、Beckmann Roland、Inada Toshifumi
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 38 Issue: 5
  • DOI: 10.15252/embj.2018100276
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Methods to measure ubiquitin chain length and linkage. (2019)
  • Author(s): Ohtake, F., Tsuchiya, H., Tanaka, K., and Saeki, Y.
  • Journal Title: Methods Enzymol Volume: 618 Pages: 105-133
  • DOI: 10.1016/bs.mie.2018.12.019
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Deubiquitylases USP5 and USP13 are recruited to and regulate heat-induced stress granules through their deubiquitylating activities (2018)
  • Author(s): Xie Xuan、Matsumoto Shunsuke、Endo Akinori、Fukushima Toshiaki、Kawahara Hiroyuki、Saeki Yasushi、Komada Masayuki
  • Journal Title: Journal of Cell Science Volume: 131 Pages: 210856-210856
  • DOI: 10.1242/jcs.210856
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] HERC2 facilitates BLM and WRN helicase complex interaction with RPA to suppress G-quadruplex DNA. (2018)
  • Author(s): Wu W, Rokutanda N, Takeuchi J, Lai Y, Maruyama R, Togashi Y, Nishikawa H, Arai N, Miyoshi Y,Suzuki N, Saeki Y, Tanaka K, Ohta T.
  • Journal Title: Cancer Res. Volume: 78 Issue: 22 Pages: 6371-6385
  • DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-1877
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Specific modification of aged proteasomes revealed by tag-exchangeable knock-in mice. (2018)
  • Author(s): Tomita, T., Hirayama, S., Sakurai, Y., Ohte, Y., Yoshihara, H., Saeki, Y., Hamazaki, J., and Murata, S.
  • Journal Title: Mol. Cell Biol. Volume: 39 Issue: 1
  • DOI: 10.1128/mcb.00426-18
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] プロテアソーム液滴基質のプロテオーム解析 (2021)
  • Author(s): 土屋 光、佐伯 泰
  • Organizer: 日本プロテオーム学会2021年大会
  • Invited
• [Presentation] ユビキチン依存的なプロテアソームの液-液相分離 (2021)
  • Author(s): 佐伯 泰、土屋 光、遠藤彬則
  • Organizer: 第94回日本生化学大会
  • Invited
• [Presentation] 細胞内ATPレベル低下によるユビキチン・プロテアソーム液滴の形成機構 (2021)
  • Author(s): 遠藤彬則、田中啓二、佐伯 泰
  • Organizer: 第94回日本生化学大会
  • Invited
• [Presentation] Understanding the ubiquitin-proteasome system by advanced proteomics (2021)
  • Author(s): Yasushi Saeki、Hikaru Tsuchiya、Takuya Tomita、Akinori Endo
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] 化合物による標的タンパク質分解を誘導するユビキチンコード (2021)
  • Author(s): 大竹史明
  • Organizer: 第94回日本生化学大会
  • Invited
• [Presentation] 標的タンパク質分解薬におけるユビキチン分岐鎖と役割 (2021)
  • Author(s): 大竹史明
  • Organizer: 第40回日本認知症学会学術集会
  • Invited
• [Presentation] Branched ubiquitin chains promote chemically-induced targeted protein degradation (2021)
  • Author(s): 大竹史明、相馬愛、秋月慶乃
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] プロテオミクス解析から明らかになるユビキチン修飾のバイオロジー (2020)
  • Author(s): 大竹史明
  • Organizer: 日本質量分析学会第68回質量分析総合討論会
  • Invited
• [Presentation] Role of ubiquitin chain architecture revealed by chemo-technology (2020)
  • Author(s): Fumiaki Ohtake
  • Organizer: 第93回日本生化学会シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] RAD23B drives polyubiquitin chain-dependent phase separation of the proteasome (2020)
  • Author(s): Akinori Endo、Hikaru Tsuchiya、Keiji Tanaka, Yasushi Saeki
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] ユビキチン研究の新展開：ケミカルバイオロジーとの融合から相分離まで (2020)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: 日本化学会第100春季年会
  • Invited
• [Presentation] ケモテクノロジーと質量分析計を活用したユビキチンコードの解読 (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰、遠藤彬則、土屋 光、大竹史明
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会 第14回年会
  • Invited
• [Presentation] ユビキチン研究の新展開―相分離から分解誘導剤まで (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: 第19回 日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] Orbitrap Fusion Lumosを使った革新的ユビキチン研究 (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: サーモフィッシャーサイエンティフィック 質量分析フォーラム2019
  • Invited
• [Presentation] ユビキチンによるタンパク質分解のしくみ：We will degrade you! (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: 第9回CSJ化学フェスタ
  • Invited
• [Presentation] MSを用いたユビキチンシグナルの網羅的解析 (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: 第11回 LC/MSワークショップ
  • Invited
• [Presentation] 高浸透圧ストレスによるプロテアソーム液滴形成と核内タンパク質分解 (2019)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Organizer: 第14回日本臨床ストレス応答学会
  • Invited
• [Presentation] Stress- and ubiquitylation-dependent phase separation of the proteasome (2019)
  • Author(s): Yasushi Saeki
  • Organizer: 42nd MBSJ, Symposium ”Frontiers of in-cell protein sciences”
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 質量分析技術とケミカルツールでユビキチン鎖の複雑性に挑む (2019)
  • Author(s): 大竹史明
  • Organizer: 第4回先端ケミカルバイオロジー研究会
  • Invited
• [Presentation] Ub-ProT reveals global length and composition of protein ubiquitylation in cells. (2018)
  • Author(s): Yasushi Saeki
  • Organizer: The 8th Proteasome and Autophagy Congress
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] The Cdc48-Rad23/Dsk2 Axis Contributes to K48 Ubiquitin Chain Specificity of the Proteasome. (2018)
  • Author(s): Yasushi Saeki
  • Organizer: FASEB SRC “Ubiquitin and Cellular Regulation”
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Ubiquitin-dependent phase separation for proteasomal degradation. (2018)
  • Author(s): Yasushi Saeki
  • Organizer: International Symposium on “Proteins; from the Cradle to the Grave”
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] The NEDD4 family ubiquitin ligase ITCH regulates proteasomal degradation by seeding branched ubiquitin chains. (2018)
  • Author(s): Fumiaki Ohtake, Yasushi Saeki, and Keiji Tanaka
  • Organizer: FASEB Conference ”Ubiquitin and cellular regulation”
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Post-translational modification code of ubiquitin in signal transduction and protein degradation (2018)
  • Author(s): Fumiaki Ohtake, Yasushi Saeki, and Keiji Tanaka
  • Organizer: 第91回日本生化学会シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] The ubiquitin ligases ITCH and UBR5 regulate proteasomal degradation through K48/K63 branched ubiquitin chains. (2018)
  • Author(s): Ohtake, F., Saeki, Y., and Tanaka, K.
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会シンポジウム
  • Invited
• [Book] ユビキチン修飾と相分離 (2021)
  • Author(s): 佐伯 泰
  • Total Pages: 8
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103954
• [Book] イメージング時代の構造生命科学 (2020)
  • Author(s): 安田さや香、田中啓二、佐伯 泰
  • Total Pages: 6
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103855
• [Remarks] 新学術領域研究「ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア」ホームページ
  • URL: http://ubiquitin.jp/index.html
• [Remarks] 公益財団法人東京都医学総合研究所蛋白質代謝プロジェクトホームページ
  • URL: http://www.igakuken.or.jp/pro-meta/
• [Remarks] 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻ホームページ
  • URL: http://www.cbms.k.u-tokyo.ac.jp/lab/rinsho.html#saeki
• [Remarks] 公益財団法人東京都医学総合研究所蛋白質代謝研究室ホームページ
  • URL: http://www.igakuken.or.jp/pro-meta/
• [Remarks] プレスリリース「標的タンパク質分解誘導剤の効果を促進する酵素を発見」
  • URL: https://www.hoshi.ac.jp/site/information/wp-content/uploads/2021/02/802f10a59ff7ef0a252fdb8c13a53c51.pdf
• [Remarks] 液－液相分離が担う核内タンパク質分解機構の発見
  • URL: http://www.igakuken.or.jp/topics/2020/0205.html
• [Remarks] Proteasome Phase separation for destruction
  • URL: http://www.igakuken.or.jp/english/topics/2020/e-0206.html
• [Remarks] 不要なタンパク質が分解を受ける前に解きほぐされる仕組み
  • URL: http://www.igakuken.or.jp/topics/2019/1213.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] ユビキチンに対する人工抗体 (2022)
  • Inventor(s): 佐伯泰、遠藤彬則、河瀬泰子、林剛介、村上裕
  • Industrial Property Rights Holder: 公益財団法人東京都医学総合研究所
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 2022-010877
  • Filing Date: 2022