• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Dynamics of chromatin potential associating with cellular differentiation and its molecular mechanism

Planned

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 18H05530
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

眞貝 洋一  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (20211972)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 平谷 伊智朗  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (40583753)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥112,840,000 (Direct Cost: ¥86,800,000、Indirect Cost: ¥26,040,000)
Fiscal Year 2022: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥17,000,000、Indirect Cost: ¥5,100,000)
Fiscal Year 2021: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥17,000,000、Indirect Cost: ¥5,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥17,000,000、Indirect Cost: ¥5,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥17,000,000、Indirect Cost: ¥5,100,000)
Fiscal Year 2018: ¥24,440,000 (Direct Cost: ¥18,800,000、Indirect Cost: ¥5,640,000)
Keywordsクロマチンリモデリング / クロマチンドメイン / 核内コンパートメント
Outline of Annual Research Achievements

2020年度は、以下の研究を進めた。
眞貝は、1)クロマチンリモデリング因子によって如何に転写抑制のエピゲノムが動的に制御されているかを明らかにすることを目指している。また、2)H3K9メチル化並びにその修飾酵素がどれほどクロマチン3次元構造、特にヘテロクロマチンの形成に重要であるのか、どのような役割を持っているのか、明らかにすることも目標にしている。今年度、H3K9ジメチル化がどのようなメチル化酵素によって制御されいているのか、H3K9メチル化酵素がヘテロクロマチン形成に対してどれほど重要な機能を持っているか、その解析の前半の研究成果をまとめ、論文化した(Fukuda et al. Commun Biol 2021)。さらにその研究を完成させるために、H3K9メチル化を完全に消失させた不死化MEF細胞を樹立した。現在、Hi-C解析、光学顕微鏡並びに電子顕微鏡による解析を行い、H3K9メチル化完全消失細胞での核内のクロマチン3次元構造の詳細を解析している。
平谷は、Mb単位のクロマチン構造の一つとして近年見出された核内コンパートメントの制御因子の網羅的探索を行い、その分子基盤を明らかにすることを目標にしている。前年度には、独自の複製タイミングレポーターシステムを完成させ、これを用いてレンチウイルス型全ゲノムgRNAライブラリーによるスクリーニング実験を行なった。今年度は、この実験で得られた制御因子の候補リストの上位の遺伝子について、その単独変異体マウスES細胞を複数作製し、ゲノムワイド複製タイミング解析でスクリーニング実験結果の再現性を検討した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

眞貝の担当である「クロマチンリモデリング因子によって如何に転写抑制のエピゲノムがダイナミックに制御されているか」を明らかにする研究では、クロマチンリモデリングHELLS複合体の構成因子HELLS,CDCA7とde novo DNAメチル化酵素DNMT3A, 3Bのリコンビナントたんぱく質の調整法はすでに確立し、現在、クライオ電顕によるHELLS/CDCA7複合体の構造解析に向けたサンプル調製を進めている。また、H3K9メチル化を完全消失させた不死化MEF細胞の樹立も終わり、既にこの細胞でのクロマチン高次構造解析を多角的に進めている。
平谷の担当である「Mb単位のクロマチン構造の一つとして近年見出された核内コンパートメントについて、その制御因子の網羅的探索を行い、核内コンパートメントの分子基盤を明らかにする」研究については、生細胞可視化レポーターシステムによる網羅的スクリーニング実験を実施し、候補因子を得て、これらの遺伝子の単独変異体マウスES細胞を鋭意解析中であり、予定通りかそれ以上に研究が進展している。

Strategy for Future Research Activity

(1-1)継続して、昆虫細胞で産生したクロマチンリモデリング因子複合体・HELLS/CDCA7、DNAメチル化酵素Dnmt3a, 3b, 3Lを用いて、in vitro DNAメチル化におけるHELLS/CDCA7の役割をヌクレオソームを基質として生化学的に検討する(眞貝)。
(1-3)HELLS/CDCA7の機能を推察するため、DNAあるいはヌクレオソームと会合させた状態のHELLS/CDCA7複合体の構造学的解析(クライオ電顕解析)を進める(眞貝)。
(1-4)A/Bコンパートメント形成におけるH3K9メチル化の役割を明らかにするため、H3K9メチル化完全消失iMEF細胞の解析を進め、論文化を目指す(眞貝/平谷)。
(2-2)昨年度は、複製時期がEarly S期のマウス8番染色体Rex1領域にGFP遺伝子をノックイン(KI)したGFP-KI型マウスES細胞を用いて、CRISPR/Cas9 sgRNAライブラリーによる複製時期制御因子の網羅的スクリーニング実験を行い、興味深い候補遺伝子リストを得た。今年度も引き続き、得られた候補因子の単独遺伝子欠損マウスES細胞の作製と、複製タイミング異常(Repli-seq解析)と核内コンパートメント異常の有無(Hi-C解析)の検証を続ける。時間的余裕があれば、Rex1以外の3領域のGFP-KI型マウスES細胞を用いたスクリーニング実験にもとりかかる(平谷)。
(2-3)2-2の計画を進めつつ、遺伝子欠損マウスES細胞のHi-C解析とRepli-seq解析のプラットフォームを確立する。中でも、少数細胞に適したHi-CプロトコールであるMicro-Cの系の確立を急ぐ(平谷)。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report

Research Products

(75 results)

All 2021 2020 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (21 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 20 results,  Open Access: 21 results) Presentation (47 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 12 results) Remarks (6 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Aberdeen(英国)

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Journal Article] Dynamics of transcription-mediated conversion from euchromatin to facultative heterochromatin at the Xist promoter by Tsix2021

    • Author(s)
      Ohhata Tatsuya、Yamazawa Kazuki、Miura-Kamio Asuka、Takahashi Saori、Sakai Satoshi、Tamura Yuka、Uchida Chiharu、Kitagawa Kyoko、Niida Hiroyuki、Hiratani Ichiro、Kobayashi Hisato、Kimura Hiroshi、Wutz Anton、Kitagawa Masatoshi
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 34 Pages: 108912-108912

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2021.108912

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The Temporal Order of DNA Replication Shaped by Mammalian DNA Methyltransferases2021

    • Author(s)
      Takebayashi Shin-ichiro、Ryba Tyrone、Wimbish Kelsey、Hayakawa Takuya、Sakaue Morito、Kuriya Kenji、Takahashi Saori、Ogata Shin、Hiratani Ichiro、Okumura Katsuzumi、Okano Masaki、Ogata Masato
    • Journal Title

      Cells

      Volume: 10 Pages: 266-266

    • DOI

      10.3390/cells10020266

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Formation of a multi‐layered 3‐dimensional structure of the heterochromatin compartment during early mammalian development2021

    • Author(s)
      Poonperm Rawin、Hiratani Ichiro
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 63 Pages: 5-17

    • DOI

      10.1111/dgd.12709

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] SETDB1-Mediated Silencing of Retroelements2020

    • Author(s)
      Fukuda Kei、Shinkai Yoichi
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 12 Pages: 596-596

    • DOI

      10.3390/v12060596

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The fibronectin type-III (FNIII) domain of ATF7IP contributes to efficient transcriptional silencing mediated by the SETDB1 complex2020

    • Author(s)
      Tsusaka Takeshi、Fukuda Kei、Shimura Chikako、Kato Masaki、Shinkai Yoichi
    • Journal Title

      Epigenetics & Chromatin

      Volume: 13 Pages: 52-52

    • DOI

      10.1186/s13072-020-00374-4

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mapping replication timing domains genome wide in single mammalian cells with single-cell DNA replication sequencing2020

    • Author(s)
      Miura Hisashi、Takahashi Saori、Shibata Takahiro、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Okumura Katsuzumi、Ogata Masato、Hiratani Ichiro、Takebayashi Shin-ichiro
    • Journal Title

      Nat Protoc.

      Volume: 15 Pages: 4058-4100

    • DOI

      10.1038/s41596-020-0378-5

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Microrheology for Hi-C Data Reveals the Spectrum of the Dynamic 3D Genome Organization2020

    • Author(s)
      Soya Shinkai, Takeshi Sugawara, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Shuichi Onami
    • Journal Title

      Biophys J.

      Volume: 118 Pages: 2220-2228

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.02.020

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?2020

    • Author(s)
      Kadota M, Nishimura O, Miura H, Tanaka K, Hiratani I, *Kuraku S.
    • Journal Title

      Gigascience

      Volume: 9

    • DOI

      10.1093/gigascience/giz158

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ATF7IP regulates SETDB1 nuclear localization and increases its ubiquitination2019

    • Author(s)
      Tsusaka T. Shimura C. *Shinkai Y.
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 20

    • DOI

      10.15252/embr.201948297

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis.2019

    • Author(s)
      †Abdalla MOA, †Yamamoto T, Maehara K, Ohkawa Y, Miura H, Hiratani I, Nakayama H, Nakao M, *Saitoh N
    • Journal Title

      Nat. Commun.

      Volume: 10 Pages: 3778-3778

    • DOI

      10.1038/s41467-019-11378-4

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Single-cell DNA Replication Profiling Identifies Spatiotemporal Developmental Dynamics of Chromosome Organization.2019

    • Author(s)
      Miura H, Takahashi S, Poonperm R, Tanigawa A, Takebayashi S I, and Hiratani I.
    • Journal Title

      Nat Genet

      Volume: 51 Pages: 1356-1368

    • DOI

      10.1038/s41588-019-0474-z

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of the UHRF1 Tandem Tudor Domain Bound to a Methylated Non-histone Protein, LIG1, Reveals Rules for Binding and Regulation2019

    • Author(s)
      Kori, S. Ferry, L. Matano, S. Jimenji, T. Kodera, N. Tsusaka, T. Matsumura, R. Oda, T. Sato, M. Dohmae, N. Ando, T. Shinkai, Y. Defossez, P. A. Arita, K.
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 27 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.11.012

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] G9a-dependent histone methylation can be induced in G1 phase of cell cycle.2019

    • Author(s)
      Fukuda M, Sakaue-Sawano A, Shimura C, Tachibana M, Miyawaki A, Shinkai Y.
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 9 Pages: 956-956

    • DOI

      10.1038/s41598-018-37507-5

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Histone H3K9 Methyltransferase G9a in Oocytes Is Essential for Preimplantation Development but Dispensable for CG Methylation Protection.2019

    • Author(s)
      Yeung WKA, Brind’Amour J, Hatano Y, Yamagata K, Feil R, Matthew C. Lorincz MC, Tachibana M, Shinkai Y, Sasaki H*.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 27 Pages: 282-283

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2019.03.002

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genome-wide stability of the DNA replication program in single mammalian cells2019

    • Author(s)
      Saori Takahashi, Hisashi Miura, Takahiro Shibata, Koji Nagao, Katsuzumi Okumura, Masato Ogata, Chikashi Obuse, Shin-ichiro Takebayashi and Ichiro Hiratani
    • Journal Title

      Nat Genet

      Volume: 51 Pages: 529-540

    • DOI

      10.1038/s41588-019-0347-5

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA replication timing enters the single-cell era2019

    • Author(s)
      Ichiro Hiratani and Saori Takahashi
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 10

    • DOI

      10.3390/genes10030221

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A CRISPR knockout screen Identifies SETDB1-target retroelement silencing factors in embryonic stem cells2018

    • Author(s)
      Fukuda Kei、Okuda Akihiko、Yusa Kosuke、Shinkai Yoichi
    • Journal Title

      Genome Res.

      Volume: 28 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1101/gr.227280.117

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Tri-methylation of ATF7IP by G9a/GLP recruits the chromodomain protein MPP8.2018

    • Author(s)
      Tsusaka T, Kikuchi M, Shimazu T, Suzuki T, Sohtome Y, Akakabe M, Sodeoka M, Dohmae N, Takashi Umehara T, Shinkai Y*.
    • Journal Title

      Epigenetics & Chromatin

      Volume: 11 Pages: 56-56

    • DOI

      10.1186/s13072-018-0231-z

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Practical Analysis of Hi-C Data: Generating A/B Compartment Profiles2018

    • Author(s)
      Hisashi Miura, Rawin Poonperm, Saori Takahashi and Ichiro Hiratani
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1861 Pages: 221-245

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8766-5_16

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs2018

    • Author(s)
      Ikeda T, Hikichi T, Miura H, Shibata H, Mitsunaga K, Yamada Y, Woltjen K, Miyamoto K, Watanabe A, Hiratani I, Yamada Y, Yamamoto T, Hotta A, Okita K, Masui S
    • Journal Title

      Nat Commun

      Volume: 9 Pages: 1387-1387

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03748-1

    • NAID

      120006517799

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Epigenetic differences between naive and primed pluripotent stem cells2018

    • Author(s)
      Takahashi Saori、Kobayashi Shin、Hiratani Ichiro
    • Journal Title

      Cell Mol Life Sci.

      Volume: 75 Pages: 1191-1203

    • DOI

      10.1007/s00018-017-2703-x

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 反復配列に引き起こされる哺乳類異所的高次クロマチン形成系の構築と解析2021

    • Author(s)
      白井温子、大関淳一、舛本寛、中山学、眞貝洋一
    • Organizer
      第38回染色体WS・第19回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Between H3K9 and DNA methylations-the crosstalk in two main gene silencing pathways2021

    • Author(s)
      Fang Qi
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] H3K9メチル化を介した遺伝子発現抑制機構の解明2021

    • Author(s)
      清水泰希、沖昌也、眞貝洋一
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 反復配列に引き起こされる哺乳類異所的高次クロマチン形成系の構築と解析2021

    • Author(s)
      白井温子、大関淳一、舛本寛、中山学、眞貝洋一
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Compartment-dependent regulation of heterochromatin formation in mouse embryonic stem cells2021

    • Author(s)
      福田渓、三浦尚、谷川明恵、平谷伊智朗、眞貝洋一
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] クロマチンリモデリング酵素HELLSとCDCA7タンパク質との機能的相互作用2021

    • Author(s)
      新海暁男
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞全ゲノムDNA複製解析から探るゲノム三次元構造の発生制御(Exploring the developmental regulation of 3D genome organization through single-cell DNA replication profiling)2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 4Dヌクレオーム研究の現状-ヌクレオーム研究のスクリーニング計画の紹介から分野の将来展望まで-2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      大塚製薬株式会社・社内講演会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Exploring the developmental regulation of 3D genome organization through single-cell DNA replication profiling.2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      The 15th Asia Epigenomics Meeting Online (Singapore)
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unraveling the genome organization through DNA replication studies.2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      The 3rd Kobe-RIKEN BDR Joint Symposium - Development and Disease
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞からの全ゲノムDNA複製解析を可能にするscRepli-seqの紹介2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      東京医科歯科大学・トランスオミクス講習会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 潜在的不安定性から読み解くゲノム設計原理2021

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      JST CREST・さきがけ「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」研究領域 第3回 合同キックオフ及び領域会議
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Dissecting the 3D genome architecture dynamics through single-cell DNA replication profiling.2020

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞全ゲノムDNA複製解析法scRepli-seqを用いたゲノム三次元構造の発生制御の解析(Unraveling the dynamic 3D genome architecture through single-cell DNA replication profiling)2020

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] DNA複製レポーターシステムを用いたA/Bコンパートメント制御因子のゲノムワイドスクリーニング(Genome-wide screening of A/B compartment regulators using a DNA replication reporter system)2020

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      新学術領域研究「遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル」第3回領域会議
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] エピゲノムによる転写抑制機構の解明2019

    • Author(s)
      眞貝洋一
    • Organizer
      第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノム三次元構造の発生制御とその分子基盤2019

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      国立遺伝学研究所研究会「染色体安定維持研究会」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] エピゲノム操作による生命機能への介入の可能性2019

    • Author(s)
      眞貝洋一
    • Organizer
      第112回日本繁殖生物学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Unraveling the dynamic 3D genome architecture through single-cell DNA replication profiling2019

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      日本遺伝学会大91回年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Unraveling the dynamic 3D genome architecture through single-cell DNA replication profiling2019

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      シングルセルゲノミクス研究会2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] METTL9はタンパク質のヒスチジン残基をπ-メチル化する酵素である2019

    • Author(s)
      島津忠弘、鈴木健裕、赤壁麻衣、五月女宜裕、 袖岡幹子、堂前直、 眞貝 洋一
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞全ゲノムDNA複製解析法を用いたゲノム三次元構造の発生制御の解析2019

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of a DNA replication reporter system for genome-wide screening of A/B compartment regulators.2019

    • Author(s)
      大字亜沙美、平谷伊智朗
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication profiling reveals the principles of 3D genome organization dynamics at the megabase scale2019

    • Author(s)
      Hiratani I, Miura H, Takahashi S, Shibata T, Poonperm R, Tanigawa A, Nagao K, Obuse C, Takebayashi SI
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Genome Architecture in Cell Fate and Disease “The Eukaryotic Genome in 4 Dimensions: Integrative Approaches to Bridging Genotype and Phenotype.
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1細胞全ゲノムDNA複製タイミング解析手法とマウス初期胚解析への応用に向けて2019

    • Author(s)
      高橋沙央里、三浦尚、柴田隆豊、長尾恒治、小布施力史、竹林慎一郎、平谷伊智朗
    • Organizer
      第19回蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication sequencing and its application to studies of early mouse embryonic development.2019

    • Author(s)
      高橋沙央里、三浦尚、柴田隆豊、長尾恒治、小布施力史、竹林慎一郎、平谷伊智朗
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Kleefstra症候群モデルマウスを用いた神経症状発症機構の解明2019

    • Author(s)
      山田亜夕美、西村佳也子、志村知古、平澤孝枝、眞貝洋一
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Toward biochemical study of the regulation of the de novo DNA methylation.2019

    • Author(s)
      新海暁男、眞貝洋一
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] モデルマウスを用いたKleefstra症候群の神経症状発症機構の解明2019

    • Author(s)
      山田亜夕美、西村佳也子、志村知古、平澤孝枝、眞貝洋一
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 反復配列に引き起こされる哺乳類異所的高次クロマチン形成2019

    • Author(s)
      白井温子、大関淳一郎、舛本寛、中山学、眞貝洋一
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Uncovering the molecular basis of glutamine methylation of mitochondrial translation release factors2019

    • Author(s)
      Fang Q, Shinkai Y
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication profiling reveals spatiotemporal developmental dynamics of chromosome organization2019

    • Author(s)
      Hiratani I, Miura H, Takahashi S, Shibata T, Poonperm R, Tanigawa A, Nagao K, Obuse C, Takebayashi SI
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Meeting on Eukaryotic DNA Replication & Genome Maintenance
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication profiling identifies spatiotemporal dynamics of chromosome organization2019

    • Author(s)
      Miura H, Takahashi S, Poonperm R, Tanigawa A, Takebayashi SI, Hiratani I
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Genome Architecture in Cell Fate and Disease “The Eukaryotic Genome in 4 Dimensions: Integrative Approaches to Bridging Genotype and Phenotype.”
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication profiling reveals the principles of 3D genome organization dynamics at the megabase scale2019

    • Author(s)
      Hiratani I, Miura H, Takahashi S, Shibata T, Poonperm R, Tanigawa A, Nagao K, Obuse C, Takebayashi SI
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Genome Architecture in Cell Fate and Disease “The Eukaryotic Genome in 4 Dimensions: Integrative Approaches to Bridging Genotype and Phenotype.”
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication sequencing and its application to studies of early mouse embryonic development2019

    • Author(s)
      高橋沙央里、三浦尚、柴田隆豊、長尾恒治、小布施力史、竹林慎一郎、平谷伊智朗
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Smchd1 is required for maintaining late replication of the inactive X chromosome2019

    • Author(s)
      Rawin Poonperm、三浦尚、佐渡敬、平谷伊智朗
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Setdb1-Atf7ip 複合体による転写抑制機構2019

    • Author(s)
      眞貝洋一
    • Organizer
      研究会「染色体研究の最前線2019」
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] H3K9メチル化酵素によるレトロウイルス転写抑制の分子機構2018

    • Author(s)
      眞貝洋一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] エピゲノムの確立・維持と可変・可塑性のダイナミクス2018

    • Author(s)
      眞貝洋一
    • Organizer
      日本生化学会北陸支部第36回大会シンポジウム
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 内在性レトロウイルスの活性化機構と自然免疫反応2018

    • Author(s)
      竹本 経緯子、加藤 雅紀、眞貝 洋一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Kleefstra症候群の後天的エピゲノム改変による治療可能性の探求と発症機構の解明2018

    • Author(s)
      山田亜夕美、西村佳也子、志村知古、平澤孝枝、眞貝洋一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] G9aは細胞周期のどのタイミングでヒストンH3K9をメチル化できるのか?2018

    • Author(s)
      福田 幹子、阪上-沢野 朝子、宮脇 敦史、志村 知古、立花 誠、眞貝 洋一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Kleefstra症候群モデルマウスの自閉症様表現型は後天的エピゲノム改変により回復できるか-そのタイミングと効果-2018

    • Author(s)
      横森 将輝、加藤 まどか、山田 亜夕美、西村 佳也子、眞貝 洋一、平澤 孝枝
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell DNA replication timing profiling and 3D genome organization dynamics during development.2018

    • Author(s)
      Miura H, Takahashi S, Shibata T, Nagao K, Obuse C, Takebayashi S-i, Hiratani I.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Nuclear Organization & Function.
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single-cell DNA replication timing profiling and 3D genome organization dynamics during development.2018

    • Author(s)
      Miura H, Takahashi S, Shibata T, Poonperm R, Nagao K, Obuse C, Takebayashi S-i, Hiratani I.
    • Organizer
      EMBO Symposia 2018: Principles of Chromosome Structure and Function.
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single-cell DNA replication timing profiling and 3D genome organization dynamics during development.2018

    • Author(s)
      Miura H, Takahashi S, Shibata T, Poonperm R, Nagao K, Obuse C, Takebayashi S-i, Hiratani I.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Epigenetics & Chromatin.
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1細胞ゲノムワイドDNA複製解析から見えるゲノム高次構造の発生制御2018

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会シンポジウム
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] インフォマティクス初心者でも1細胞全ゲノムDNA解析が可能に

    • URL

      http://www.bdr.riken.jp/jp/news/2020/research021.html

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Remarks] Research News

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] 研究最前線「染色体の形が細胞の個性を生む」

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] Research News

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] ゲノムDNAの立体構造から見えた乳がん細胞の弱点 -再発乳がんの治療に新たな道-

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] 染色体の形は細胞分化と共にこう変わる-分化に伴うゲノムの三次元構造変化を1細胞レベルで明らかに-

    • Related Report
      2019 Annual Research Report

URL: 

Published: 2018-07-20   Modified: 2022-07-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi