ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

• Project Area: Chromatin potential for gene regulation
• Project/Area Number: 18H05534
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 杉山 正明 京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395) ; 河野 秀俊 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (40291918)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2020)
• Budget Amount: ¥207,870,000 (Direct Cost: ¥159,900,000、Indirect Cost: ¥47,970,000); Fiscal Year 2021: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2020: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2019: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2018: ¥58,110,000 (Direct Cost: ¥44,700,000、Indirect Cost: ¥13,410,000)
• Keywords: ヌクレオソーム / クロマチン / 遺伝子発現 / 転写 / エピジェネティクス / 遺伝情報複製・再編

Outline of Annual Research Achievements

クロマチンは、ゲノムDNAを細胞核内に収納する超分子複合体である。その基盤構造体はヌクレオソームであり、ヒストンバリアント、ヒストン修飾、ヒストンシャペロン、ヌクレオソームリモデラーなどのエピゲノム情報の変化や、様々な結合因子群が会合することによって、多様なヌクレオソーム構造が形成される。そのようなヌクレオソームの構造多様性とダイナミクスが、遺伝子の発現制御に重要な役割を果たすことが明らかになってきた。本研究では、このヌクレオソームの多様な高次構造と動的性質を明らかにすることにより、遺伝子発現を制御する「クロマチンポテンシャル」の基盤原理を解明することを目指している。以下の項目１－４の研究を継続した。（項目１）リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明：新規に同定しているリンカーヒストンの機能ホモログに関して、ヌクレオソームとの複合体の調製法を確立しクライオ電子顕微鏡解析での構造解析を開始した。（項目２）ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明：昨年に引き続き、ヘテロクロマチン領域の局在因子の1つであるリンカーヒストンH1 が結合したHP1-ジヌクレオソーム-H1複合体の調製法の検討を行った。（項目３）遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明：ヒストンバリアントH2A.Jを含むヌクレオソームの再構成を行い、その立体構造をX線結晶構造解析にて決定した。クロマチンに結合する非コードRNAによるH2A-H2B除去活性を発見した。また、転写制御に重要なパイオニア転写因子群などと結合したヌクレオソーム複合体の構造および生化学的解析を行った。（項目４）ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析：再構成ヌクレオソームを用いた試験管内での転写反応系を用いて、RNA、ヒストンバリアント、リンカーヒストンなどの影響の解析系を構築した。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度は、計画している４項目全てにおいて、当初の計画以上の進展が見られた。（項目１）「リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、新規に同定しているアミノ酸配列が保存されていないリンカーヒストンの機能ホモログDEKとヌクレオソームとの複合体のクライオ電子顕微鏡像を得ることに成功した。昨年得た低分解能での構造情報に矛盾しない立体構造情報を得つつある。（項目２）「ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明」では、リンカーヒストンH1 が結合したHP1-ジヌクレオソーム-H1複合体のクライオ電子顕微鏡解析のため、サンプル調製法の改良を行っている。（項目３）「遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、ヒストンバリアントの1つであるCENP-Aを含むトリヌクレオソームの再構成およびクライオ電子顕微鏡による立体構造解析に成功した。CENP-AヌクレオソームによってリンカーDNAの配向が変更され、特徴的な高次のクロマチン構造が形成されることを発見した。（項目４）「ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析」では、再構成ヌクレオソームを用いた試験管内での転写反応系を用いて、RNA、ヒストンバリアント、リンカーヒストンなどの影響について解析する系を構築することに成功した。

Strategy for Future Research Activity

計画している４項目において、順調に進展しているため、計画通りに研究を推進する。特に、（項目１）「リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、独自性の高い新規に同定しているリンカーヒストンの機能ホモログDEKとヌクレオソームとの複合体の解析に注力することで、研究を効率よく推進するように努める。クロスリンク質量分析法なども併用することで、立体構造情報の精密化を図る（項目２）「ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明」では、昨年に引き続き、リンカーヒストンH1 が結合したHP1-ジヌクレオソーム-H1複合体のクライオ電子顕微鏡像の高分解能化を目指し、さらなるサンプル調製法の改善と画像取得法の改善を図る。（項目３）「遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、遺伝子発現領域のヌクレオソームに結合するパイオニア転写因子群とヌクレオソームとの複合体の解析を、立体構造解析のみならず生化学的手法も併用して推進する。（項目４）「ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析」では、ヒストンバリアント、リンカーヒストン、非コードRNAなどによる転写反応への影響を生化学的に明らかにしつつ、クライオ電子顕微鏡での立体構造解析を推進する。

Research Products

• [Int'l Joint Research] Colorado School of Medicine/Rockefeller Univesity/NIEHS(米国)
• [Int'l Joint Research] Institut Laue Langevin/Curie Institute(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Cambridge(英国)
• [Journal Article] Improved Methods for Preparing the Telomere Tethering Complex Bqt1-Bqt2 for Structural Studies (2020)
  • Author(s): Yuzurihara H, Aizawa Y, Saotome M, Ichikawa Y, Yokoyama H, Chikashige Y, Haraguchi T, Hiraoka Y, Kurumizaka H, Kagawa W
  • Journal Title: Protein J. Volume: - Pages: 174-181
  • DOI: 10.1007/s10930-020-09887-z
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Biochemical and structural analyses of the nucleosome containing human histone H2A.J (2020)
  • Author(s): Tanaka Hiroki、Sato Shoko、Koyama Masako、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: J Biochem. Volume: 167 Pages: 419-427
  • DOI: 10.1093/jb/mvz109
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Nucleosome destabilization by nuclear non-coding RNAs. (2020)
  • Author(s): †Fujita R, †Yamamoto T, Arimura Y, Fujiwara S, Tachiwana H, Ichikawa Y, Sakata S, Yang L, Maruyama R, Hamada M, Nakao M, *Saitoh N, *Kurumizaka H
  • Journal Title: Commun. Biol. Volume: 3 Pages: 60-60
  • DOI: 10.1038/s42003-020-0784-9
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Native Mass Spectrometry of Protein and DNA Complexes Prepared in Nonvolatile Buffers (2020)
  • Author(s): Saikusa Kazumi、Kato Daiki、Nagadoi Aritaka、Kurumizaka Hitoshi、Akashi Satoko
  • Journal Title: Journal of the American Society for Mass Spectrometry Volume: 31 Pages: 711-718
  • DOI: 10.1021/jasms.9b00145
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural Studies of Overlapping Dinucleosomes in Solution (2020)
  • Author(s): Matsumoto Atsushi、Sugiyama Masaaki、Li Zhenhai、Martel Anne、Porcar Lionel、Inoue Rintaro、Kato Daiki、Osakabe Akihisa、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 118 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2019.12.010
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome. (2020)
  • Author(s): Yoshimasa Takizawa, Cheng-Han Ho, Hiroaki Tachiwana, Hideyuki Matsunami, Wataru Kobayashi, Midori Suzuki, Yasuhiro Arimura, Tetsuya Hori, Tatsuo Fukagawa, Melanie D Ohi, Matthias Wolf, Hitoshi Kurumizaka
  • Journal Title: Structure Volume: 28 Pages: 44-53
  • DOI: 10.1016/j.str.2019.10.016
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Heterochromatin protein 1 (HP1): interactions with itself and chromatin components (2020)
  • Author(s): Kumar A, *Kono H.
  • Journal Title: Biophys Rev Volume: in press
  • DOI: 10.1007/s12551-020-00663-y
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcription through the nucleosome (2020)
  • Author(s): Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 61 Pages: 42-49
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2019.10.007
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Incorporation and influence of Leishmania histone H3 in chromatin (2019)
  • Author(s): Dacher Mariko、Tachiwana Hiroaki、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Taguchi Hiroyuki、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 47 Pages: 11637-11648
  • DOI: 10.1093/nar/gkz1040
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structure determination of the nucleosome core particle by selenium SAD phasing (2019)
  • Author(s): Saotome Mika、Horikoshi Naoki、Urano Kazuki、Kujirai Tomoya、Yuzurihara Hidetaka、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
  • Journal Title: Acta Crystallogr. D Struct. Biol. Volume: 75 Pages: 930-936
  • DOI: 10.1107/s2059798319012713
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] H3K14 ubiquitylation promotes H3K9 methylation for heterochromatin assembly (2019)
  • Author(s): Oya Eriko、Nakagawa Reiko、Yoshimura Yuriko、Tanaka Mayo、Nishibuchi Gohei、Machida Shinichi、Shirai Atsuko、Ekwall Karl、Kurumizaka Hitoshi、Tagami Hideaki、Nakayama Jun‐ichi
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 20
  • DOI: 10.15252/embr.201948111
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Biochemical analysis of nucleosome targeting by Tn5 transposase (2019)
  • Author(s): Sato S, Arimura Y, Kujirai T, Harada A, Maehara K, Nogami J, Ohkawa Y, Kurumizaka H.
  • Journal Title: Open Biology Volume: 9 Pages: 190116-190116
  • DOI: 10.1098/rsob.190116
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The CHD4-related syndrome: a comprehensive investigation of theclinical spectrum, genotype-phenotype correlations, and molecular basis (2019)
  • Author(s): Weiss K, Lazar HP, Kurolap A, Martinez AF, …Kurumizaka H, Gelb BD, Baris Feldman H, Campeau PM, Muenke M, Wade PA, Lachlan K.
  • Journal Title: Genetics in Medicine Volume: 22 Pages: 389-397
  • DOI: 10.1038/s41436-019-0612-0
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Intrabody-based FRET probe to visualize endogenous histone acetylation (2019)
  • Author(s): Chung Chan-I、Sato Yuko、Ohmuro-Matsuyama Yuki、Machida Shinichi、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Ueda Hiroshi
  • Journal Title: Sci Rep. Volume: 9 Pages: 10188-10188
  • DOI: 10.1038/s41598-019-46573-2
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structure-based design of an H2A.Z.1 mutant stabilizing a nucleosome in vitro and in vivo (2019)
  • Author(s): Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Sato Koichi、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Biochemical and Biophysical Research Communications Volume: 515 Pages: 719-724
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.06.012
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting (2019)
  • Author(s): Matsumoto Syota、Cavadini Simone、Bunker Richard D.、Grand Ralph S.、Potenza Alessandro、Rabl Julius、Yamamoto Junpei、Schenk Andreas D.、Schubeler Dirk、Iwai Shigenori、Sugasawa Kaoru、Kurumizaka Hitoshi、Thoma Nicolas H.
  • Journal Title: Nature Volume: 571 Pages: 79-84
  • DOI: 10.1038/s41586-019-1259-3
  • NAID: 120006634977
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the nuclear pore complex component ELYS identify residues responsible for nucleosome binding (2019)
  • Author(s): Kobayashi Wataru、Takizawa Yoshimasa、Aihara Maya、Negishi Lumi、Ishii Hajime、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 2 Pages: 163-163
  • DOI: 10.1038/s42003-019-0385-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Biochemical characterization of the placeholder nucleosome for DNA hypomethylation maintenance (2019)
  • Author(s): Hirano Rina、Kujirai Tomoya、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Biochemistry and Biophysics Reports Volume: 18 Pages: 100634-100634
  • DOI: 10.1016/j.bbrep.2019.100634
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome (2019)
  • Author(s): Kono Hidetoshi、Sakuraba Shun、Ishida Hisashi
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 16 Issue: 0 Pages: 337-343
  • DOI: 10.2142/biophysico.16.0_337
  • ISSN: 2189-4779
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Balance between DNA‐binding affinity and specificity enables selective recognition of longer target sequences in vivo (2019)
  • Author(s): Sunami Tomoko、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Protein Science Volume: 28 Pages: 1630-1639
  • DOI: 10.1002/pro.3677
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Histone H3K23-specific acetylation by MORF is coupled to H3K14 acylation (2019)
  • Author(s): Klein BJ, Jang SM, Lachance C, Mi W, Lyu J, Sakuraba S, Krajewski K, Wang WW, Sidoli S, Liu J, Zhang Y, Wang X, Warfield BM, Kueh AJ, Voss AK, Thomas T, Garcia BA, Liu WR, Strahl BD, Kono H, Li W, Shi X, Cote J, Kutateladze TG.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 10 Pages: 12551-12555
  • DOI: 10.1038/s41467-019-12551-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS) (2019)
  • Author(s): R. Inoue, T. Nakagawa, K. Morishima, N. Sato, A. Okuda, R. Urade, R. Yogo, S. Yanaka, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, K. Omoto, K. Ito, M. Sugiyama
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 9 Pages: 1-12
  • DOI: 10.1038/s41598-019-48911-w
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural transition of the nucleosome during chromatin remodeling and transcription (2019)
  • Author(s): Kobayashi Wataru、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 59 Pages: 107-114
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2019.07.011
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A chromatin integration labelling method enables epigenomic profiling with lower input (2019)
  • Author(s): Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Handa Tetsuya、Arimura Yasuhiro、Nogami Jumpei、Hayashi-Takanaka Yoko、Shirahige Katsuhiko、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Ohkawa Yasuyuki
  • Journal Title: Nat Cell Biol Volume: 21 Pages: 287-296
  • DOI: 10.1038/s41556-018-0248-3
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The CENP-A centromere targeting domain facilitates H4K20 monomethylation in the nucleosome by structural polymorphism. (2019)
  • Author(s): Arimura Y, Tachiwana H, Takagi H, Hori T, Kimura H, Fukagawa T, Kurumizaka H.
  • Journal Title: Nature Commun Volume: 10 Pages: 1-10
  • DOI: 10.1038/s41467-019-08314-x
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural insight into nucleosome transcription by RNA polymerase II with elongation factors (2019)
  • Author(s): Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Fujino Yuka、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
  • Journal Title: Science Volume: 363 Pages: 744-747
  • DOI: 10.1126/science.aav8912
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cancer-associated mutations of histones H2B, H3.1 and H2A.Z.1 affect the structure and stability of the nucleosome (2018)
  • Author(s): Arimura Yasuhiro、Ikura Masae、Fujita Risa、Noda Mamiko、Kobayashi Wataru、Horikoshi Naoki、Sun Jiying、Shi Lin、Kusakabe Masayuki、Harata Masahiko、Ohkawa Yasuyuki、Tashiro Satoshi、Kimura Hiroshi、Ikura Tsuyoshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. Volume: - Pages: 10007-10018
  • DOI: 10.1093/nar/gky661
  • NAID: 120006545208
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural basis of the nucleosome transition during RNA polymerase II passage (2018)
  • Author(s): Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Fujino Yuka、Shirouzu Mikako、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Science Volume: 362 Pages: 595-598
  • DOI: 10.1126/science.aau9904
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Investigating the Influence of Arginine Dimethylation on Nucleosome Dynamics Using All-Atom Simulations and Kinetic Analysis (2018)
  • Author(s): Li Zhenhai、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: The Journal of Physical Chemistry B Volume: 122 Pages: 9625-9634
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b05067
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystallographic analysis of the overlapping dinucleosome as a novel chromatin unit (2018)
  • Author(s): Nishimura Masahiro、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 15 Issue: 0 Pages: 251-254
  • DOI: 10.2142/biophysico.15.0_251
  • NAID: 130007535611
  • ISSN: 2189-4779
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Challenges for the chromatin structure determination by cryo-EM. (2020)
  • Author(s): Takizawa Y.
  • Organizer: Cryo-Electron Microscopy Course at OIST
  • Invited
• [Presentation] Chromatin structure and dynamics as the platform for DNA repair. (2020)
  • Author(s): Takizawa Y, Ho C-H, Kobayashi W, Ishii H, Arimura Y, Kurumizaka H
  • Organizer: 4th DNA Repair/Replication Structures and Cancer Conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural studies of chromatin: Toward understanding the regulation of genomic DNA. (2019)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory.
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural studies of the chromatin: Towards the understanding of epigenetics (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第13回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Invited
• [Presentation] 創薬の基盤となるエピジェネティクスの構造生物学 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第56回薬剤学懇談会研究討論会
  • Invited
• [Presentation] Cryo-EM imaging of the chromatin architecture (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] ヌクレオソームの崩壊と転写 (2019)
  • Author(s): 河野秀俊、Luo D、石田恒
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] Structural studies of chromatin towards the understanding of epigenetics mechanisms. (2019)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: Telluride workshop
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Cryo-EM studies for nucleosome and chromatin (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] Integrated approach of experimental data and computer modeling and simulation for understanding chromatin structure and dynamics. (2019)
  • Author(s): Kono H, Matsumoto A, Sakuraba S, Ishida H.
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
  • Invited
• [Presentation] モデリングとシミュレーションによる生体高分子の構造機能解析 (2019)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: CBI学会2019年大会
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるクロマチン構造基盤の解析 (2019)
  • Author(s): 滝沢由政
  • Organizer: CBI 学会 2019 年大会（Thermo Fisher スポンサーセッション）
  • Invited
• [Presentation] Integrative approach to complex structure and system. (2019)
  • Author(s): Sugiyama M.
  • Organizer: 3rd Asia-Oceania Conference on Neutron Scattering
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural study of transcription on chromatin (2019)
  • Author(s): 鯨井智也、江原晴彦、藤野優佳、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第13回日本エピジェネティクス研究会年会
• [Presentation] クロマチンによる転写制御の構造生物学的解析 (2019)
  • Author(s): 鯨井智也、江原晴彦、藤野優佳、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
• [Presentation] クロマチン構造における転写反応の構造基盤の解明 (2019)
  • Author(s): 鯨井智也
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] Biochemical and structural analyses of histone methyltransferase PR-Set7 (2019)
  • Author(s): 何承翰、滝沢由政、小林航、石井初芽、平野里奈、有村泰宏、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] パイオニア転写因子による標的ヌクレオソームの認識と作用 (2019)
  • Author(s): 小山昌子、島林秀伎、滝沢由政、根岸留美、越後谷健太、水上優夏、黒田明里、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] クロマチン高次構造によるヒストンの取り込み制御機構 (2019)
  • Author(s): 立和名博昭、ダッシェ マリコ、前原一満、原田哲仁、大川恭行、木村宏、胡桃坂仁志、斉藤典子
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] 転写因子p53によるヌクレオソーム中のDNA認識機構 (2019)
  • Author(s): 西村正宏、有村泰宏、野澤佳世、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] Structural transition of nucleosome during RNA polymerase II transcription revealed by cryo-EM. (2019)
  • Author(s): Kujirai T, Ehara H, Fujino Y, Shirouzu M, Sekine SI, Kurumizaka H.
  • Organizer: 第57回生物物理学会年会
• [Presentation] Structural and functional basis of the Mediator complex in the eukaryotic transcriptional system (2019)
  • Author(s): 野澤佳世
  • Organizer: 第57回生物物理学会年会
• [Presentation] セントロメア特異的CENP-Aヌクレオソームを含む高次クロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析 (2019)
  • Author(s): 滝沢由政、何承翰、立和名博昭、Matthias Wolf、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] クロマチン転写制御において非コードRNAがヌクレオソームに及ぼす影響 (2019)
  • Author(s): 藤田理紗、山本達郎、江原晴彦、有村泰宏、関根俊一、斉藤典子、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] クロマチンの構造多様性による遺伝子発現制御 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志 (滝沢代理)
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 中性子散乱で探る溶液中の蛋白質の構造・ダイナミクス －in Cell SANSを目指して－ (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 溶液散乱法を用いた生体高分子の構造・ダイナミクスの研究 (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 2018 年度 第2 回水和ナノ構造研究会
  • Invited
• [Presentation] Sequence-Dependent Asymmetric Unwrapping of nucleosomes of yeast (2019)
  • Author(s): Luo, D., Kato, D., Nogami, J., Ohkawa, Y., Kurumizaka, H., and Kono, H.
  • Organizer: The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] クロマチン機能発現の構造基盤 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 染色体研究の最前線2019
  • Invited
• [Presentation] スーパーコンピュータで知るタンパク質、DNAの形と動き (2019)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: パコンを知る集い in 岐阜「京」からポスト「京」へ
• [Presentation] 新世代中性子構造生物学が目指すサイエンス＋現状紹介 (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 平成30年度構造生物学研究会
  • Invited
• [Presentation] Contribution of CENP-A into centromeric chromatin architecture (2018)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: 2018 Centromere Gordon Conference
  • Invited
• [Presentation] 核酸―タンパク質相互作用制御 (2018)
  • Author(s): 石田恒; 河野秀俊
  • Organizer: ポスト「京」重点課題１ワークショップ
• [Presentation] エピジェネティック創薬の基盤となるクロマチン構造とダイナミクスに関する研究 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: PPF2018 第16回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • Invited
• [Presentation] ree energy profiles of the intra- and inter-nucleosomal interactions by all-atom molecular dynamics simulations (2018)
  • Author(s): Ishida, H. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Investigating the influence of Argine Dimethylation on Nucleosome Dynamics using All-atom Simulation and Kinetic Analysis (2018)
  • Author(s): Li, Z. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Designing an artificial transcription factor with a small molecular weight based on engrailed homeodomain (2018)
  • Author(s): Sunami, T. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] クロマチンによる遺伝子発現制御の構造基盤 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第91回日本生化学会大会
• [Presentation] 動的構造生物学によるクロマチン機能解析 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 大阪大学蛋白質研究所セミナー 構造生物学と計算科学の融合による動的構造生物学の新しい展開
  • Invited
• [Presentation] Future Perspective of Laboratory-Based SAXS (2018)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: XVII International Small Angle Scattering Conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ゲノム機能を制御するクロマチンの動的構造変換 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 平成３０年度遺伝研研究会「クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御」
• [Presentation] 再構成によるクロマチン高次構造の可視化 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第2回 定量生命科学研究所シンポジウム「生命を支える生体超分子の可視化と動態」
• [Presentation] Structural studies of genomic DNA regulation by chromatin (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 3R+3C:Replication, Recombination and Repair (3R) with special focus on Chromosome, Chromatin and Cell Cycle (3C)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] クロマチンに潜在する遺伝子制御能の構造基盤 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 中性子溶液散乱を基軸とした蛋白質の構造・ダイナミクス解析への挑戦 (2018)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 第18回日本中性子科学会年会
• [Book] イメージング時代の構造生命科学 (2020)
  • Author(s): 鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志/著 田中 啓二、若槻 壮市/編
  • Total Pages: 248
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103855
• [Book] 日本の科学者「遺伝子の働きを制御するヒストン」 (2018)
  • Author(s): 小山昌子、胡桃坂仁志
  • Total Pages: 64
  • Publisher: 本の泉社
• [Book] あなたのタンパク質精製、大丈夫ですか？ (2018)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志、有村 泰宏
  • Total Pages: 186
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758122382
• [Book] 教科書を書き換えろ！染色体の新常識 (2018)
  • Author(s): 平野 達也、胡桃坂 仁志
  • Total Pages: 214
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103749
• [Book] 医学のあゆみ Vol.267, No.13「クロマチンによるエピジェネティックな転写制御」 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志、鯨井智也
  • Total Pages: 267
  • Publisher: 医歯薬出版