ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

• Project Area: Chromatin potential for gene regulation
• Project/Area Number: 18H05534
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 杉山 正明 京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395) ; 河野 秀俊 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, グループリーダー (40291918)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2022)
• Budget Amount: ¥207,870,000 (Direct Cost: ¥159,900,000、Indirect Cost: ¥47,970,000); Fiscal Year 2022: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2021: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2020: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2019: ¥37,440,000 (Direct Cost: ¥28,800,000、Indirect Cost: ¥8,640,000); Fiscal Year 2018: ¥58,110,000 (Direct Cost: ¥44,700,000、Indirect Cost: ¥13,410,000)
• Keywords: ヌクレオソーム / クロマチン / 遺伝子発現 / 転写 / エピジェネティクス / 遺伝情報複製・再編

Outline of Annual Research Achievements

真核生物のクロマチンは４種類のヒストンとDNAからなるヌクレオソームを基盤構造ユニットとしている。本研究では、真核生物での遺伝子発現が、ヌクレオソーム単位でのクロマチン構造の多様性とダイナミクスによって制御されていることに着目し、そのメカニズムを解明することを目指している。本年度では、以下の項目１－４の研究を継続した。（項目１）リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明：クライオ電子顕微鏡によって、リンカーヒストン機能ホモログのヌクレオソームとの相互作用を立体構造レベルで解析した。（項目２）ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明： 引き続きHP1-ジヌクレオソーム-H1複合体の調製法の検討を行いつつ、その他のヘテロクロマチンタンパク質とヌクレオソームとの複合体の調製法の検討も行なった。これらの複合体について、クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を行い、低分解能の立体構造情報を取得した。（項目３）遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明：ヒストンH3mm18バリアントを含むヌクレオソームの立体構造をクライオ電子顕微鏡による単粒子解析によって解明した。そしてその構造的性質と細胞における機能の解析を、生化学、ゲノミクスを併用して行なった。クライオ電子顕微鏡による構造を目標に、新たなパイオニア転写因子とヌクレオソームとの複合体の再構成法を検討した。（項目４）ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析：引き続き、オーバーラッピングジヌクレオソームおよびその類縁体の溶液構造とダイナミクスを、X線小角散乱法と分子動力学シミュレーション法により解析した。加えて、ゲノム解析と構造生物学的解析を併用することで、これらの特殊なヌクレオソームと転写制御との関連を明らかにすることを目指した。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

（項目１）「リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、昨年度に引き続きリンカーヒストンの機能ホモログDEKとヌクレオソームとの複合体のクライオ電子顕微鏡解析を行い、単粒子解析によってDEK-ヌクレオソーム複合体の立体構造情報を得た。加えて、リンカーヒストンH1が結合したヌクレオソームのクライオ電子顕微鏡データの取得も行い立体構造情報を得た。（項目２）「ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明」では、HP1-ジヌクレオソーム-H1複合体のクライオ電子顕微鏡データの取得に成功した。加えて、新たなヘテロクロマチン因子を加えた複合体の調製を行なった。（項目３）「遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、ヒストンH3mm18バリアントを含むヌクレオソームの立体構造をクライオ電子顕微鏡による単粒子解析によって決定した。そして、H3mm18ヌクレオソームでは、DNAの運動性が高いことが明らかになった。また、H3mm18ヌクレオソームの構造的性質と細胞における機能の解析を、生化学、ゲノミクスを併用して行なった。その結果、H3mm18の細胞分化における機能の一旦が明らかになった。並行して、パイオニア転写因子群の発現精製系の確立を行なった。そして、それらとヌクレオソームとの複合体の調製法を検討した。（項目４）「ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析」では、転写開始点に形成されるオーバーラッピングジヌクレオソームとその類似体の溶液構造とダイナミクスの解析を行い、溶液構造のモデルを得ることができた。また、ゲノミクス解析を行うことによって、これらの特殊なヌクレオソームの存在領域と当該領域の遺伝子転写との相関の解析を行なった。

Strategy for Future Research Activity

計画している４項目において、順調に進展しているため、計画通りに研究を推進する。特に、（項目１）「リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、引き続きDEKとヌクレオソームとの複合体の高分解能での構造解析に注力する。今後は、変異体解析やゲノミクス解析などを行うことによって、DEKの機能とそのクロマチン形成における役割を明らかにする。（項目２）「ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明」では、昨年に引き続き、HP1-ジヌクレオソーム-H1複合体のクライオ電子顕微鏡による高分解能構造解析を目指しつつ、新たなヘテロクロマチン因子を追加することにより、さらなる高次のヘテロクロマチン構造の再構成とその構造解析を目指す。（項目３）「遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明」では、転写に関連したヒストンバリアントや翻訳後修飾を含むヌクレオソームの立体構造解析を進める。そして、それらのクロマチン転写における役割の解明を目指す。並行して、パイオニア転写因子群とヌクレオソームとの複合体の立体構造解析を推進することで、遺伝子発現制御におけるパイオニア転写因子の共通性と特異性の解明を目指す。（項目４）「ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析」では、リンカーヒストンや転写伸長因子群のクロマチン転写における役割を、in vitroヌクレオソーム転写系を用いて明らかにする。

Research Products

• [Int'l Joint Research] National University of Ireland Galway(アイルランド)
• [Int'l Joint Research] NIHES/University of North Dakota/Rockefeller University(米国)
• [Int'l Joint Research] ANSTO(オーストラリア)
• [Int'l Joint Research] FMI(スイス)
• [Int'l Joint Research] Colorado School of Medicine/Rockefeller Univesity/NIEHS(米国)
• [Int'l Joint Research] Institut Laue Langevin/Curie Institute(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Cambridge(英国)
• [Journal Article] Structural studies of functional nucleosome complexes with transacting factors (2022)
  • Author(s): KURUMIZAKA Hitoshi
  • Journal Title: Proceedings of the Japan Academy, Series B Volume: 98 Issue: 1 Pages: 1-14
  • DOI: 10.2183/pjab.98.001
  • NAID: 130008140789
  • ISSN: 0386-2208, 1349-2896
  • Year and Date: 2022-01-11
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] HNF1A POU Domain Mutations Found in Japanese Liver Cancer Patients Cause Downregulation of HNF4A Promoter Activity with Possible Disruption in Transcription Networks (2022)
  • Author(s): Haque Effi、Teeli Aamir Salam、Winiarczyk Dawid、Taguchi Masahiko、Sakuraba Shun、Kono Hidetoshi、Leszczynski Pawel、Pierzchala Mariusz、Taniguchi Hiroaki
  • Journal Title: Genes Volume: 13 Issue: 3 Pages: 413-413
  • DOI: 10.3390/genes13030413
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach (2022)
  • Author(s): Yunoki Yasuhiro、Matsumoto Atsushi、Morishima Ken、Martel Anne、Porcar Lionel、Sato Nobuhiro、Yogo Rina、Tominaga Taiki、Inoue Rintaro、Yagi-Utsumi Maho、Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Urade Reiko、Terauchi Kazuki、Kono Hidetoshi、Yagi Hirokazu、Kato Koichi、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 5 Issue: 1 Pages: 184-184
  • DOI: 10.1038/s42003-022-03143-z
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural insight into replicative helicase loading in Escherichia coli (2022)
  • Author(s): Horikoshi Naoki、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: - Issue: 6 Pages: 605-607
  • DOI: 10.1093/jb/mvac023
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] NRF2 DLG Domain Mutations Identified in Japanese Liver Cancer Patients Affect the Transcriptional Activity in HCC Cell Lines (2021)
  • Author(s): Haque Effi、Smiech Magdalena、Luczynska Kamila、Bouchard Marie France、Viger Robert、Kono Hidetoshi、Pierzchala Mariusz、Taniguchi Hiroaki
  • Journal Title: International Journal of Molecular Sciences Volume: 22 Issue: 10 Pages: 5296-5296
  • DOI: 10.3390/ijms22105296
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] The N-terminal Tails of Histones H2A and H2B Adopt Two Distinct Conformations in the Nucleosome with Contact and Reduced Contact to DNA (2021)
  • Author(s): Ohtomo Hideaki、Kurita Jun-ichi、Sakuraba Shun、Li Zhenhai、Arimura Yasuhiro、Wakamori Masatoshi、Tsunaka Yasuo、Umehara Takashi、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi、Nishimura Yoshifumi
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology Volume: 433 Issue: 15 Pages: 167110-167110
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167110
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural basis of the regulation of the normal and oncogenic methylation of nucleosomal histone H3 Lys36 by NSD2 (2021)
  • Author(s): Sato Ko、Kumar Amarjeet、Hamada Keisuke、Okada Chikako、Oguni Asako、Machiyama Ayumi、Sakuraba Shun、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu、Kono Hidetoshi、Ogata Kazuhiro、Sengoku Toru
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 12 Issue: 1 Pages: 6605-6605
  • DOI: 10.1038/s41467-021-26913-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Interplay among transacting factors around promoter in the initial phases of transcription (2021)
  • Author(s): Kumar Amarjeet、Chan Justin、Taguchi Masahiko、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 71 Pages: 7-15
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2021.04.008
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Sequence-dependent nucleosome formation in trinucleotide repeats evaluated by in vivo chemical mapping (2021)
  • Author(s): Koji Katsumata, Yuichi Ichikawa, Tomohiro Fuse, Hitoshi Kurumizaka, Akio Yanagida , Takeshi Urano, Hiroaki Kato, Mitsuhiro Shimizu
  • Journal Title: Biochem. Biophys. Res. Commun. Volume: 556 Pages: 179-184
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.03.155
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Chromatin structure-dependent histone incorporation revealed by a genome-wide deposition assay (2021)
  • Author(s): Hiroaki Tachiwana, Mariko Dacher, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Yosuke Seto, Ryohei Katayama, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Hitoshi Kurumizaka, Noriko Saitoh
  • Journal Title: eLife Volume: 10
  • DOI: 10.7554/elife.66290
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural basis for DNA sequence recognition by pioneer factors in nucleosomes. (2021)
  • Author(s): Kagawa W, Kurumizaka H.
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 71 Pages: 59-64
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2021.05.011
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Cryo-EM structure of the nucleosome core particle containing <i>Giardia lamblia</i> histones (2021)
  • Author(s): Sato Shoko、Takizawa Yoshimasa、Hoshikawa Fumika、Dacher Mariko、Tanaka Hiroki、Tachiwana Hiroaki、Kujirai Tomoya、Iikura Yukari、Ho Cheng-Han、Adachi Naruhiko、Patwal Indu、Flaus Andrew、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 49 Issue: 15 Pages: 8934-8946
  • DOI: 10.1093/nar/gkab644
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL‐seq with single thin sections (2021)
  • Author(s): Maehara Kazumitsu、Tomimatsu Kosuke、Harada Akihito、Tanaka Kaori、Sato Shoko、Fukuoka Megumi、Okada Seiji、Handa Tetsuya、Kurumizaka Hitoshi、Saitoh Noriko、Kimura Hiroshi、Ohkawa Yasuyuki
  • Journal Title: Molecular Systems Biology Volume: 17 Issue: 11 Pages: 8934-8946
  • DOI: 10.15252/msb.202110323
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant (2021)
  • Author(s): Hirai Seiya、Tomimatsu Kosuke、Miyawaki-Kuwakado Atsuko、Takizawa Yoshimasa、Komatsu Tetsuro、Tachibana Taro、Fukushima Yutaro、Takeda Yasuko、Negishi Lumi、Kujirai Tomoya、Koyama Masako、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 50 Issue: 1 Pages: 72-91
  • DOI: 10.1093/nar/gkab1137
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Organoruthenium-Catalyzed Chemical Protein Synthesis to Elucidate the Functions of Epigenetic Modifications on Heterochromatin Factors (2021)
  • Author(s): Kamo, N.; Kujirai, T.; Kurumizaka, H.; Murakami, H.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
  • Journal Title: Chem. Sci. Volume: 12 Issue: 16 Pages: 5926-5937
  • DOI: 10.1039/d1sc00731a
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation (2021)
  • Author(s): Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1-13
  • DOI: 10.1038/s41598-021-85219-0
  • NAID: 120006997066
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A feasibility study of inverse contrast-matching small-angle neutron scattering method combined with size exclusion chromatography using antibody interactions as model systems (2021)
  • Author(s): Sato Nobuhiro、Yogo Rina、Yanaka Saeko、Martel Anne、Porcar Lionel、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Tominaga Taiki、Arimori Takao、Takagi Junichi、Sugiyama Masaaki、Kato Koichi
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: 0 Issue: 6 Pages: 1-8
  • DOI: 10.1093/jb/mvab012
  • NAID: 40022687772
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] H4K20me1 and H3K27me3 are concurrently loaded onto the inactive X chromosome but dispensable for inducing gene silencing (2021)
  • Author(s): Tjalsma Sjoerd J D、Hori Mayako、Sato Yuko、Bousard Aurelie、Ohi Akito、Raposo Ana Claudia、Roensch Julia、Le Saux Agnes、Nogami Jumpei、Maehara Kazumitsu、Kujirai Tomoya、Handa Tetsuya、Bages‐Arnal Sandra、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi、da Rocha Simao Teixeira、Zylicz Jan J、Kimura Hiroshi、Heard Edith
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 22 Issue: 3
  • DOI: 10.15252/embr.202051989
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Sequence-dependent Hydration Water Dynamics of Dodecameric DNA (2021)
  • Author(s): Nakagawa Hiroshi、Yonetani Yoshiteru、Nakajima Kenji、Ohira-Kawamura Seiko、Kikuchi Tatsuya、Inamura Yasuhiro、Kataoka Mikio、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Proceedings of the J-PARC Symposium 2019, JPS Volume: 33 Pages: 011101-011101
  • DOI: 10.7566/jpscp.33.011101
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cryo‐EM structure of the CENP‐A nucleosome in complex with phosphorylated CENP‐C (2021)
  • Author(s): Ariyoshi Mariko、Makino Fumiaki、Watanabe Reito、Nakagawa Reiko、Kato Takayuki、Namba Keiichi、Arimura Yasuhiro、Fujita Risa、Kurumizaka Hitoshi、Okumura Ei‐ichi、Hara Masatoshi、Fukagawa Tatsuo
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 40 Issue: 5 Pages: 1-20
  • DOI: 10.15252/embj.2020105671
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Torsional stress can regulate the unwrapping of two outer half superhelical turns of nucleosomal DNA (2021)
  • Author(s): Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences Volume: 118 Issue: 7
  • DOI: 10.1073/pnas.2020452118
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome (2021)
  • Author(s): Rina Hirano, Yasuhiro Arimura, Tomoya Kujirai, Mikihiro Shibata, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Hitoshi Kurumizaka
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 4 Issue: 1 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1038/s42003-021-01707-z
  • NAID: 120006960298
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural basis of nucleosomal histone H4 lysine 20 methylation by SET8 methyltransferase (2021)
  • Author(s): Ho Cheng-Han、Takizawa Yoshimasa、Kobayashi Wataru、Arimura Yasuhiro、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Life Science Alliance Volume: 4 Issue: 4 Pages: e202000919-e202000919
  • DOI: 10.26508/lsa.202000919
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Deuteration Aiming for Neutron Scattering (2021)
  • Author(s): Okuda Aya、Inoue Rintaro、Morishima Ken、Saio Tomohide、Yunoki Yasuhiro、Yagi-Utsumi Maho、Yagi Hirokazu、Shimizu Masahiro、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Kato Koichi、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Biophysics and Physicobiology Volume: 18 Issue: 0 Pages: 16-27
  • DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v18.003
  • NAID: 130008000165
  • ISSN: 2189-4779
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Live-cell epigenome manipulation by synthetic histone acetylation catalyst system (2021)
  • Author(s): Fujiwara Yusuke、Yamanashi Yuki、Fujimura Akiko、Sato Yuko、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro A.、Kanai Motomu
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences Volume: 118 Issue: 4
  • DOI: 10.1073/pnas.2019554118
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers (2021)
  • Author(s): Inoue Rintaro、Sakamaki Yusuke、Takata Takumi、Wood Kathleen、Morishima Ken、Sato Nobuhiro、Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Urade Reiko、Fujii Noriko、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1-9
  • DOI: 10.1038/s41598-021-82250-z
  • NAID: 120006956390
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Contributions of Histone Variants in Nucleosome Structure and Function (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi、Kujirai Tomoya、Takizawa Yoshimasa
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology Volume: 433 Issue: 6 Pages: 166678-166678
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2020.10.012
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition (2020)
  • Author(s): Inoue Rintaro、Oda Takashi、Nakagawa Hiroshi、Tominaga Taiki、Saio Tomohide、Kawakita Yukinobu、Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Sato Mamoru、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 10 Issue: 1 Pages: 21678-21678
  • DOI: 10.1038/s41598-020-78311-4
  • NAID: 120007193758
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] PV1 Protein from Plasmodium falciparum Exhibits Chaperone-Like Functions and Cooperates with Hsp100s (2020)
  • Author(s): Hakamada Kazuaki、Nakamura Manami、Midorikawa Rio、Shinohara Kyosuke、Noguchi Keiichi、Nagaoka Hikaru、Takashima Eizo、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Kawamoto Akihiro、Yohda Masafumi
  • Journal Title: International Journal of Molecular Sciences Volume: 21 Issue: 22 Pages: 8616-8616
  • DOI: 10.3390/ijms21228616
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Acetylation-modulated communication between the H3 N-terminal tail domain and the intrinsically disordered H1 C-terminal domain (2020)
  • Author(s): Hao, F; Murphy, K. J.; Kujirai, T.; Kamo, N.; Kato, J.; Koyama, M.; Okamato, A.; Hayashi, G.; Kurumizaka, H.; Hayes, J. J.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. Volume: 48 Issue: 20 Pages: 11510-11520
  • DOI: 10.1093/nar/gkaa949
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Essentiality of CENP-A Depends on Its Binding Mode to HJURP. (2020)
  • Author(s): Tetsuya Hori , JingHui Cao , Kohei Nishimura , Mariko Ariyoshi , Yasuhiro Arimura , Hitoshi Kurumizaka , Tatsuo Fukagawa
  • Journal Title: Cell reports Volume: 33 Issue: 7 Pages: 108388-108388
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108388
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Nucleosome unwrapping and unstacking (2020)
  • Author(s): Kono Hidetoshi、Ishida Hisashi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 64 Pages: 119-125
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2020.06.020
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input. (2020)
  • Author(s): Tetsuya Handa, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Shoko Sato, Masaru Nakao, Naoki Goto, Hitoshi Kurumizaka, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura.
  • Journal Title: Nat Protoc. Volume: 15 Issue: 10 Pages: 3334-3360
  • DOI: 10.1038/s41596-020-0375-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural basis for the inhibition of cGAS by nucleosomes (2020)
  • Author(s): Kujirai Tomoya、Zierhut Christian、Takizawa Yoshimasa、Kim Ryan、Negishi Lumi、Uruma Nobuki、Hirai Seiya、Funabiki Hironori、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Science Volume: 370 Issue: 6515 Pages: 455-458
  • DOI: 10.1126/science.abd0237
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Interaction of the pioneer transcription factor GATA3 with nucleosomes (2020)
  • Author(s): Tanaka Hiroki、Takizawa Yoshimasa、Takaku Motoki、Kato Daiki、Kumagawa Yusuke、Grimm Sara A.、Wade Paul A.、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 11 Issue: 1 Pages: 4136-4136
  • DOI: 10.1038/s41467-020-17959-y
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural basis for designing an array of engrailed homeodomains (2020)
  • Author(s): Sunami Tomoko、Hirano Yu、Tamada Taro、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Acta Crystallographica Section D Structural Biology Volume: 76 Issue: 9 Pages: 824-833
  • DOI: 10.1107/s2059798320009237
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Linker DNA and histone contributions in nucleosome binding by p53 (2020)
  • Author(s): Nishimura Masahiro、Arimura Yasuhiro、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: 168 Issue: 6 Pages: 669-675
  • DOI: 10.1093/jb/mvaa081
  • NAID: 40022454706
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Nucleosome binding by the pioneer transcription factor OCT4 (2020)
  • Author(s): Echigoya Kenta、Koyama Masako、Negishi Lumi、Takizawa Yoshimasa、Mizukami Yuka、Shimabayashi Hideki、Kuroda Akari、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 10 Issue: 1 Pages: 11832-11832
  • DOI: 10.1038/s41598-020-68850-1
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Integral approach to biomacromolecular structure by analytical-ultracentrifugation and small-angle scattering (2020)
  • Author(s): Morishima Ken、Okuda Aya、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Miyamoto Yosuke、Urade Reiko、Yagi-Utsumi Maho、Kato Koichi、Hirano Rina、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Sugiyama Masaaki
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 3 Issue: 1 Pages: 294-294
  • DOI: 10.1038/s42003-020-1011-4
  • NAID: 120006850271
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The N‐terminal and C‐terminal halves of histone H2A.Z independently function in nucleosome positioning and stability (2020)
  • Author(s): Sato Shoko、Tanaka Naoki、Arimura Yasuhiro、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Genes to Cells Volume: 25 Issue: 8 Pages: 538-546
  • DOI: 10.1111/gtc.12791
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Improved Methods for Preparing the Telomere Tethering Complex Bqt1-Bqt2 for Structural Studies (2020)
  • Author(s): Yuzurihara H, Aizawa Y, Saotome M, Ichikawa Y, Yokoyama H, Chikashige Y, Haraguchi T, Hiraoka Y, Kurumizaka H, Kagawa W
  • Journal Title: Protein J Volume: - Issue: 2 Pages: 174-181
  • DOI: 10.1007/s10930-020-09887-z
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Nucleosome destabilization by nuclear non-coding RNAs. (2020)
  • Author(s): †Fujita R, †Yamamoto T, Arimura Y, Fujiwara S, Tachiwana H, Ichikawa Y, Sakata S, Yang L, Maruyama R, Hamada M, Nakao M, *Saitoh N, *Kurumizaka H
  • Journal Title: Commun Biol Volume: 3 Issue: 1 Pages: 60-60
  • DOI: 10.1038/s42003-020-0784-9
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Native Mass Spectrometry of Protein and DNA Complexes Prepared in Nonvolatile Buffers (2020)
  • Author(s): Saikusa Kazumi、Kato Daiki、Nagadoi Aritaka、Kurumizaka Hitoshi、Akashi Satoko
  • Journal Title: Journal of the American Society for Mass Spectrometry Volume: 31 Issue: 3 Pages: 711-718
  • DOI: 10.1021/jasms.9b00145
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural Studies of Overlapping Dinucleosomes in Solution (2020)
  • Author(s): Matsumoto Atsushi、Sugiyama Masaaki、Li Zhenhai、Martel Anne、Porcar Lionel、Inoue Rintaro、Kato Daiki、Osakabe Akihisa、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 118 Issue: 9 Pages: 2209-2219
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2019.12.010
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome. (2020)
  • Author(s): Yoshimasa Takizawa, Cheng-Han Ho, Hiroaki Tachiwana, Hideyuki Matsunami, Wataru Kobayashi, Midori Suzuki, Yasuhiro Arimura, Tetsuya Hori, Tatsuo Fukagawa, Melanie D Ohi, Matthias Wolf, Hitoshi Kurumizaka
  • Journal Title: Structure Volume: 28 Issue: 1 Pages: 44-53
  • DOI: 10.1016/j.str.2019.10.016
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Heterochromatin protein 1 (HP1): interactions with itself and chromatin components (2020)
  • Author(s): Kumar A, *Kono H.
  • Journal Title: Biophys Rev Volume: in press Issue: 2 Pages: 387-400
  • DOI: 10.1007/s12551-020-00663-y
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcription through the nucleosome (2020)
  • Author(s): Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 61 Pages: 42-49
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2019.10.007
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Biochemical and structural analyses of the nucleosome containing human histone H2A.J (2019)
  • Author(s): Tanaka Hiroki、Sato Shoko、Koyama Masako、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: 167 Issue: 4 Pages: 419-427
  • DOI: 10.1093/jb/mvz109
  • NAID: 40022211009
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Incorporation and influence of Leishmania histone H3 in chromatin (2019)
  • Author(s): Dacher Mariko、Tachiwana Hiroaki、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Taguchi Hiroyuki、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 47 Issue: 22 Pages: 11637-11648
  • DOI: 10.1093/nar/gkz1040
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structure determination of the nucleosome core particle by selenium SAD phasing (2019)
  • Author(s): Saotome Mika、Horikoshi Naoki、Urano Kazuki、Kujirai Tomoya、Yuzurihara Hidetaka、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
  • Journal Title: Acta Crystallographica Section D Structural Biology Volume: 75 Issue: 10 Pages: 930-936
  • DOI: 10.1107/s2059798319012713
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] H3K14 ubiquitylation promotes H3K9 methylation for heterochromatin assembly (2019)
  • Author(s): Oya Eriko、Nakagawa Reiko、Yoshimura Yuriko、Tanaka Mayo、Nishibuchi Gohei、Machida Shinichi、Shirai Atsuko、Ekwall Karl、Kurumizaka Hitoshi、Tagami Hideaki、Nakayama Jun‐ichi
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 20 Issue: 10
  • DOI: 10.15252/embr.201948111
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Biochemical analysis of nucleosome targeting by Tn5 transposase (2019)
  • Author(s): Sato S, Arimura Y, Kujirai T, Harada A, Maehara K, Nogami J, Ohkawa Y, Kurumizaka H.
  • Journal Title: Open Biol. Volume: 9 Issue: 8 Pages: 190116-190116
  • DOI: 10.1098/rsob.190116
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The CHD4-related syndrome: a comprehensive investigation of theclinical spectrum, genotype-phenotype correlations, and molecular basis (2019)
  • Author(s): Weiss K, Lazar HP, Kurolap A, Martinez AF, …Kurumizaka H, Gelb BD, Baris Feldman H, Campeau PM, Muenke M, Wade PA, Lachlan K.
  • Journal Title: Genetics in Medicine Volume: 22 Issue: 2 Pages: 389-397
  • DOI: 10.1038/s41436-019-0612-0
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Intrabody-based FRET probe to visualize endogenous histone acetylation (2019)
  • Author(s): Chung Chan-I、Sato Yuko、Ohmuro-Matsuyama Yuki、Machida Shinichi、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Ueda Hiroshi
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 9 Issue: 1 Pages: 10188-10188
  • DOI: 10.1038/s41598-019-46573-2
  • NAID: 120006936925
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structure-based design of an H2A.Z.1 mutant stabilizing a nucleosome in vitro and in vivo (2019)
  • Author(s): Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Sato Koichi、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Biochemical and Biophysical Research Communications Volume: 515 Issue: 4 Pages: 719-724
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.06.012
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting (2019)
  • Author(s): Matsumoto Syota、Cavadini Simone、Bunker Richard D.、Grand Ralph S.、Potenza Alessandro、Rabl Julius、Yamamoto Junpei、Schenk Andreas D.、Schubeler Dirk、Iwai Shigenori、Sugasawa Kaoru、Kurumizaka Hitoshi、Thoma Nicolas H.
  • Journal Title: Nature Volume: 571 Issue: 7763 Pages: 79-84
  • DOI: 10.1038/s41586-019-1259-3
  • NAID: 120006634977
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the nuclear pore complex component ELYS identify residues responsible for nucleosome binding (2019)
  • Author(s): Kobayashi Wataru、Takizawa Yoshimasa、Aihara Maya、Negishi Lumi、Ishii Hajime、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 2 Issue: 1 Pages: 163-163
  • DOI: 10.1038/s42003-019-0385-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Biochemical characterization of the placeholder nucleosome for DNA hypomethylation maintenance (2019)
  • Author(s): Hirano Rina、Kujirai Tomoya、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Biochemistry and Biophysics Reports Volume: 18 Pages: 100634-100634
  • DOI: 10.1016/j.bbrep.2019.100634
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome (2019)
  • Author(s): Kono Hidetoshi、Sakuraba Shun、Ishida Hisashi
  • Journal Title: Biophysics and Physicobiology Volume: 16 Issue: 0 Pages: 337-343
  • DOI: 10.2142/biophysico.16.0_337
  • NAID: 130007752747
  • ISSN: 2189-4779
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Balance between DNA‐binding affinity and specificity enables selective recognition of longer target sequences in vivo (2019)
  • Author(s): Sunami Tomoko、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: Protein Science Volume: 28 Issue: 9 Pages: 1630-1639
  • DOI: 10.1002/pro.3677
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Histone H3K23-specific acetylation by MORF is coupled to H3K14 acylation (2019)
  • Author(s): Klein BJ, Jang SM, Lachance C, Mi W, Lyu J, Sakuraba S, Krajewski K, Wang WW, Sidoli S, Liu J, Zhang Y, Wang X, Warfield BM, Kueh AJ, Voss AK, Thomas T, Garcia BA, Liu WR, Strahl BD, Kono H, Li W, Shi X, Cote J, Kutateladze TG.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 10 Issue: 1 Pages: 12551-12555
  • DOI: 10.1038/s41467-019-12551-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS) (2019)
  • Author(s): R. Inoue, T. Nakagawa, K. Morishima, N. Sato, A. Okuda, R. Urade, R. Yogo, S. Yanaka, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, K. Omoto, K. Ito, M. Sugiyama
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 9 Issue: 1 Pages: 1-12
  • DOI: 10.1038/s41598-019-48911-w
  • NAID: 120006799252
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural transition of the nucleosome during chromatin remodeling and transcription (2019)
  • Author(s): Kobayashi Wataru、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Current Opinion in Structural Biology Volume: 59 Pages: 107-114
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2019.07.011
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The CENP-A centromere targeting domain facilitates H4K20 monomethylation in the nucleosome by structural polymorphism. (2019)
  • Author(s): Arimura Y, Tachiwana H, Takagi H, Hori T, Kimura H, Fukagawa T, Kurumizaka H
  • Journal Title: Nature Commun. Volume: 10 Issue: 1 Pages: 576-576
  • DOI: 10.1038/s41467-019-08314-x
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Structural insight into nucleosome transcription by RNA polymerase II with elongation factors (2019)
  • Author(s): Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Fujino Yuka、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
  • Journal Title: Science Volume: 363 Issue: 6428 Pages: 744-747
  • DOI: 10.1126/science.aav8912
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cancer-associated mutations of histones H2B, H3.1 and H2A.Z.1 affect the structure and stability of the nucleosome (2018)
  • Author(s): Arimura Yasuhiro、Ikura Masae、Fujita Risa、Noda Mamiko、Kobayashi Wataru、Horikoshi Naoki、Sun Jiying、Shi Lin、Kusakabe Masayuki、Harata Masahiko、Ohkawa Yasuyuki、Tashiro Satoshi、Kimura Hiroshi、Ikura Tsuyoshi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: - Pages: 10007-10018
  • DOI: 10.1093/nar/gky661
  • NAID: 120006545208
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural basis of the nucleosome transition during RNA polymerase II passage (2018)
  • Author(s): Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Fujino Yuka、Shirouzu Mikako、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Science Volume: 362 Issue: 6414 Pages: 595-598
  • DOI: 10.1126/science.aau9904
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Investigating the Influence of Arginine Dimethylation on Nucleosome Dynamics Using All-Atom Simulations and Kinetic Analysis (2018)
  • Author(s): Li Zhenhai、Kono Hidetoshi
  • Journal Title: The Journal of Physical Chemistry B Volume: 122 Issue: 42 Pages: 9625-9634
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b05067
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A chromatin integration labelling method enables epigenomic profiling with lower input (2018)
  • Author(s): Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Handa Tetsuya、Arimura Yasuhiro、Nogami Jumpei、Hayashi-Takanaka Yoko、Shirahige Katsuhiko、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Ohkawa Yasuyuki
  • Journal Title: Nature Cell Biology Volume: 21 Issue: 2 Pages: 287-296
  • DOI: 10.1038/s41556-018-0248-3
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Crystallographic analysis of the overlapping dinucleosome as a novel chromatin unit (2018)
  • Author(s): Nishimura Masahiro、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
  • Journal Title: Biophysics and Physicobiology Volume: 15 Issue: 0 Pages: 251-254
  • DOI: 10.2142/biophysico.15.0_251
  • NAID: 130007535611
  • ISSN: 2189-4779
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Structural insights into the dynamics of the chromatin architecture (2022)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] クロマチン構造生物学の現状と将来 (2022)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: ２０２１年度中性子構造生物学研究会
  • Invited
• [Presentation] リプログラミング因子によるクロマチン結合と構造変換 (2022)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 第21回日本再生医療学会総会
  • Invited
• [Presentation] ヌクレオソームDNA解離の配列依存性 (2021)
  • Author(s): 角南智子、ルオディ、河野秀俊
  • Organizer: 第21回日本蛋白質科学会年会
• [Presentation] Integrative approach to structure of huge protein complex in Kai-clock protein system (2021)
  • Author(s): Sugiyama M.
  • Organizer: MLZ symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 転写開始点に特徴的な塩基配列を有するヌクレオソームのFRET解析 (2021)
  • Author(s): 角南智子、河野秀俊
  • Organizer: 量子生命科学会第3回大会
• [Presentation] Molecular dynamics simulation of displacement of H2A-H2B from nucleosome (2021)
  • Author(s): 石田恒、河野秀俊
  • Organizer: 量子生命科学会第3回大会
• [Presentation] 計算と実験の協奏による生体高分子の作る溶液中での高次構造とそのダイナミクス解析の挑戦 (2021)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 第7回大型実験施設とスーパーコンピュータとの連携利用シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] 散乱法を主とした統合的な手法による溶液中の生体高分子の構造解析 (2021)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 関東高分子若手会・ミニシンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Disentangling the Effects of Histone Post-Translational Modifications on Nucleosome Packing and Chromatin Structure (2021)
  • Author(s): Chan J., Kono H.
  • Organizer: 第59回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Free energy profile of H2A-H2B dimer displacement from nucleosome (2021)
  • Author(s): Ishida Hisashi, Kono Hidetoshi
  • Organizer: 第59回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Catalytic enhancement of NSD2 following oncogenic mutations E1099K and T1150A is caused by increase in the auto-inhibitory loop dynamics (2021)
  • Author(s): Kumar A., Sato K., Sakuraba S., Ogata K., Sengoku T., Kono H.
  • Organizer: 第59回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping (2021)
  • Author(s): Sunami Tomoko, Kono Hidetoshi
  • Organizer: 第59回日本生物物理学会年会
• [Presentation] 三位一体（試料・測定・解析）の中性子溶液散乱で迫る生体高分子の溶液構造 (2021)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: CBI学会2021大会シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] 第21回日本中性子科学会年会 (2021)
  • Author(s): Kono Hidetoshi
  • Organizer: Modeling Protein Complexes by Integrated Approach
  • Invited
• [Presentation] NSD2によるヌクレオソーム上H3 Lys36メチル化の構造基盤 (2021)
  • Author(s): 仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、岡田千佳子、小國麻子、町山歩、櫻庭俊、西澤知宏、濡木理、河野秀俊、緒方一博
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] NSD2 によるヌクレオソーム上H3K36メチル化の構造基盤 (2021)
  • Author(s): 仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、岡田千佳子、小國麻子、町山歩、櫻庭俊、西澤知宏、濡木理、河野秀俊、緒方一博
  • Organizer: 第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
• [Presentation] ヌクレオソーム中のH2A-H2BテイルとDNAの動的相互作用 (2021)
  • Author(s): 大友秀明、栗田順一、櫻庭俊、Zhenhai L.、有村泰宏、若森昌聡、津中康央、梅原崇史、胡桃坂仁志、河野秀俊、西村善文
  • Organizer: 第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
• [Presentation] ヌクレオソームにおけるヒストンH2A-H2Bテイルの動的構造 (2021)
  • Author(s): 大友秀明、栗田順一、櫻庭俊、Zhenhai, L.、有村泰宏、若森昌聡、津中康央、梅原崇史、胡桃坂仁志、河野秀俊、西村善文
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 小角散乱による溶液生体高分子構造解析への新たなる挑戦 (2021)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 小角散乱とナノ粒子製剤のCMC
  • Invited
• [Presentation] クロマチン構造における RNA ポリメラーゼ II による転写伸長機構 (2021)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 日本生化学会関東支部例会
  • Invited
• [Presentation] Structural studies for chromatin as a regulator of the genome function (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: Vienna Biocenter general seminar series
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] クロマチン構造による遺伝子発現制御機構 (2021)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 日本生化学会 第94回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] Structural Studies of DNA Function in Nucleosomes (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • Invited
• [Presentation] 核内因子によるクロマチン転写制御機構の解析 (2021)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for genome regulation by chromatin (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: Pacifichem 2021
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Nucleosome contribution to epigenetic genome regulation (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: Biophysical Society 65th Annual Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ヌクレオソームポテンシャルからクロマチンポテンシャル (2021)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: 金沢大学異分野融合セミナー
  • Invited
• [Presentation] Structural Studies for Nucleosome Core Particle Complexed with Its Binding Factors (2021)
  • Author(s): Kurumizaka Hitoshi
  • Organizer: RIKEN BDR Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ヌクレオソームによる自然免疫DNAセンサーcGASの不活性化機構 (2021)
  • Author(s): 鯨井智也、Christian Zierhut、滝沢由政、Ryan Kim、根岸瑠美、粉間信樹、平井誠也、船引宏則、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第38回染色体ワークショップ
• [Presentation] モノメチル化酵素SET8とヌクレオソーム複合体の構造解析 (2021)
  • Author(s): 何承翰、滝沢由政、小林航、有村泰宏、木村宏、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第38回染色体ワークショップ
• [Presentation] ヒストンバリアントH2A.Bを含むヌクレオソームの 新規動態の解析 (2021)
  • Author(s): 平野里奈、有村泰宏、鯨井智也、柴田幹大、奥田綾、守島健、井上倫太郎、杉山正明、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第38回染色体ワークショップ
• [Presentation] マウスのヒストンH3バリアントH3mm18を含むヌクレオソームの生化学的解析 (2021)
  • Author(s): 平井誠也、小山昌子、武田泰子、小松哲郎、大川恭行、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第14回エピジェネティクス研究会年会
• [Presentation] パイオニア転写因子OCT4のヌクレオソームへの結合メカニズムの解明 (2021)
  • Author(s): 越後谷健太、小山昌子、根岸瑠美、滝沢由政、水上優夏、島林秀伎、黒田明里、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第14回エピジェネティクス研究会年会
• [Presentation] エピジェネティクスの根幹を担うクロマチン機能構造の可視化 (2020)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 第93回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] 中性子散乱データを活用した超分子のモデリング (2020)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: CBI学会2020大会
  • Invited
• [Presentation] Observation of protein dynamics with solution scattering (2020)
  • Author(s): Masaaki Sugiyama
  • Organizer: 第58回日本生物物理学会年会
  • Invited
• [Presentation] システム内の分子動態を溶液散乱で探る ～DA-SANS からBC-SANS を目指して～ (2020)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 令和2年度BINS公開シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] クライオEM 単粒子解析によるクロマチンダイナミクスの理解 (2020)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 日本中性子科学会2020年会
  • Invited
• [Presentation] 相分離への計算科学的アプローチ (2020)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: 第6回蛋白質工学研究会ワークショップ
  • Invited
• [Presentation] クロマチン構造による遺伝子発現のエピジェネティック制御 (2020)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] クロマチンダイナミクスの構造生物学的研究 (2020)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志
  • Organizer: 第16回日本臨床プロテオゲノミクス研究会
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for an array of engrailed homeodomains toward the development of genome-editing enzymes (2020)
  • Author(s): Sunami T, Hirano Y, Tamada T, Kono H,.
  • Organizer: The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
• [Presentation] 光活性化アデニル酸シクラーゼの量子/古典ハイブリッド分子シミュレーション (2020)
  • Author(s): 田口真彦、櫻庭俊、チャンワイソオン、河野秀俊
  • Organizer: 量子生命科学会 第２回大会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析 (2020)
  • Author(s): 石田恒、河野秀俊
  • Organizer: 量子生命科学会 第２回大会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Understanding the Dinucleosome Structural Dynamics at All Atom Resolution (2020)
  • Author(s): Kumar A, Matsumoto A, Kono H,
  • Organizer: 量子生命科学会 第２回大会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 核内因子ネットワークによる遺伝子制御機構 (2020)
  • Author(s): 藤田理紗、山本達郎、江原晴彦、有村泰宏、鯨井智也、関根俊一、斉藤典子、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第93回日本生化学会大会
• [Presentation] Structural analysis of highter-order chromatin containing CENP-A nucleosome (2020)
  • Author(s): 滝沢由政、何承翰、立和名博昭、ウォルフ マティアス、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] パイオニア転写因子GATA3による標的ヌクレオソームへの結合メカニズム (2020)
  • Author(s): 田中大貴、滝沢由政、高久誉大、熊川雄祐、WADE Paul A、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] パイオニア転写因子OCT4によるヌクレオソーム結合の生化学的解析 (2020)
  • Author(s): 越後谷健太、小山昌子、根岸瑠美、滝沢由政、水上優夏、島林秀伎、黒田明里、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 転写因子p53はリンカーDNAとヒストンH3-H4を介してヌクレオソームと結合する (2020)
  • Author(s): 西村正宏、有村泰宏、野澤佳世、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] DNA損傷認識タンパク質DDB2による新たなクロマチン動態制御機構の解明 (2020)
  • Author(s): 松本翔太、CAVADINI Simone、BUNKER Richard D.、GRAND Rslph S.、山本淳平、SCHUEBELER Dirk、岩井成憲、菅澤薫、胡桃坂仁志、THOMAE Nicolas H.
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] cGAS-ヌクレオソーム複合体構造から明らかになったヌクレオソームによるcGAS不活性化のメカニズム (2020)
  • Author(s): 鯨井智也、ZIERHUT Christian、滝沢由政、KIM RYAN、根岸瑠美、粉間信樹、平井誠也、船引宏則、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Challenges for the chromatin structure determination by cryo-EM. (2020)
  • Author(s): Takizawa Y.
  • Organizer: Cryo-Electron Microscopy Course at OIST
  • Invited
• [Presentation] Chromatin structure and dynamics as the platform for DNA repair. (2020)
  • Author(s): Takizawa Y, Ho C-H, Kobayashi W, Ishii H, Arimura Y, Kurumizaka H
  • Organizer: 4th DNA Repair/Replication Structures and Cancer Conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural studies of chromatin: Toward understanding the regulation of genomic DNA. (2019)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory.
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural studies of the chromatin: Towards the understanding of epigenetics (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第13回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Invited
• [Presentation] 創薬の基盤となるエピジェネティクスの構造生物学 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第56回薬剤学懇談会研究討論会
  • Invited
• [Presentation] Cryo-EM imaging of the chromatin architecture (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] ヌクレオソームの崩壊と転写 (2019)
  • Author(s): 河野秀俊、Luo D、石田恒
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • Invited
• [Presentation] Structural studies of chromatin towards the understanding of epigenetics mechanisms. (2019)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: Telluride workshop
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Cryo-EM studies for nucleosome and chromatin (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] Integrated approach of experimental data and computer modeling and simulation for understanding chromatin structure and dynamics. (2019)
  • Author(s): Kono H, Matsumoto A, Sakuraba S, Ishida H.
  • Organizer: 第57回日本生物物理学会年会
  • Invited
• [Presentation] モデリングとシミュレーションによる生体高分子の構造機能解析 (2019)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: CBI学会2019年大会
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるクロマチン構造基盤の解析 (2019)
  • Author(s): 滝沢由政
  • Organizer: CBI 学会 2019 年大会（Thermo Fisher スポンサーセッション）
  • Invited
• [Presentation] Integrative approach to complex structure and system. (2019)
  • Author(s): Sugiyama M.
  • Organizer: 3rd Asia-Oceania Conference on Neutron Scattering
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Structural study of transcription on chromatin (2019)
  • Author(s): 鯨井智也、江原晴彦、藤野優佳、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第13回日本エピジェネティクス研究会年会
• [Presentation] クロマチンによる転写制御の構造生物学的解析 (2019)
  • Author(s): 鯨井智也、江原晴彦、藤野優佳、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
• [Presentation] クロマチン構造における転写反応の構造基盤の解明 (2019)
  • Author(s): 鯨井智也
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] Biochemical and structural analyses of histone methyltransferase PR-Set7 (2019)
  • Author(s): 何承翰、滝沢由政、小林航、石井初芽、平野里奈、有村泰宏、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] パイオニア転写因子による標的ヌクレオソームの認識と作用 (2019)
  • Author(s): 小山昌子、島林秀伎、滝沢由政、根岸留美、越後谷健太、水上優夏、黒田明里、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] クロマチン高次構造によるヒストンの取り込み制御機構 (2019)
  • Author(s): 立和名博昭、ダッシェ マリコ、前原一満、原田哲仁、大川恭行、木村宏、胡桃坂仁志、斉藤典子
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] 転写因子p53によるヌクレオソーム中のDNA認識機構 (2019)
  • Author(s): 西村正宏、有村泰宏、野澤佳世、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第92回日本生化学会大会
• [Presentation] Structural transition of nucleosome during RNA polymerase II transcription revealed by cryo-EM. (2019)
  • Author(s): Kujirai T, Ehara H, Fujino Y, Shirouzu M, Sekine SI, Kurumizaka H.
  • Organizer: 第57回生物物理学会年会
• [Presentation] Structural and functional basis of the Mediator complex in the eukaryotic transcriptional system (2019)
  • Author(s): 野澤佳世
  • Organizer: 第57回生物物理学会年会
• [Presentation] セントロメア特異的CENP-Aヌクレオソームを含む高次クロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析 (2019)
  • Author(s): 滝沢由政、何承翰、立和名博昭、Matthias Wolf、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] クロマチン転写制御において非コードRNAがヌクレオソームに及ぼす影響 (2019)
  • Author(s): 藤田理紗、山本達郎、江原晴彦、有村泰宏、関根俊一、斉藤典子、胡桃坂仁志
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] クロマチンの構造多様性による遺伝子発現制御 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志 (滝沢代理)
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 中性子散乱で探る溶液中の蛋白質の構造・ダイナミクス －in Cell SANSを目指して－ (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 溶液散乱法を用いた生体高分子の構造・ダイナミクスの研究 (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 2018 年度 第2 回水和ナノ構造研究会
  • Invited
• [Presentation] Sequence-Dependent Asymmetric Unwrapping of nucleosomes of yeast (2019)
  • Author(s): Luo, D., Kato, D., Nogami, J., Ohkawa, Y., Kurumizaka, H., and Kono, H.
  • Organizer: The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] クロマチン機能発現の構造基盤 (2019)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 染色体研究の最前線2019
  • Invited
• [Presentation] スーパーコンピュータで知るタンパク質、DNAの形と動き (2019)
  • Author(s): 河野秀俊
  • Organizer: パコンを知る集い in 岐阜「京」からポスト「京」へ
• [Presentation] 新世代中性子構造生物学が目指すサイエンス＋現状紹介 (2019)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 平成30年度構造生物学研究会
  • Invited
• [Presentation] Contribution of CENP-A into centromeric chromatin architecture (2018)
  • Author(s): Kurumizaka H.
  • Organizer: 2018 Centromere Gordon Conference
  • Invited
• [Presentation] 核酸―タンパク質相互作用制御 (2018)
  • Author(s): 石田恒; 河野秀俊
  • Organizer: ポスト「京」重点課題１ワークショップ
• [Presentation] エピジェネティック創薬の基盤となるクロマチン構造とダイナミクスに関する研究 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: PPF2018 第16回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • Invited
• [Presentation] ree energy profiles of the intra- and inter-nucleosomal interactions by all-atom molecular dynamics simulations (2018)
  • Author(s): Ishida, H. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Investigating the influence of Argine Dimethylation on Nucleosome Dynamics using All-atom Simulation and Kinetic Analysis (2018)
  • Author(s): Li, Z. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] Designing an artificial transcription factor with a small molecular weight based on engrailed homeodomain (2018)
  • Author(s): Sunami, T. and Kono, H.
  • Organizer: 第56回日本生物物理学会年会
• [Presentation] クロマチンによる遺伝子発現制御の構造基盤 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第91回日本生化学会大会
• [Presentation] 動的構造生物学によるクロマチン機能解析 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 大阪大学蛋白質研究所セミナー 構造生物学と計算科学の融合による動的構造生物学の新しい展開
  • Invited
• [Presentation] Future Perspective of Laboratory-Based SAXS (2018)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: XVII International Small Angle Scattering Conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ゲノム機能を制御するクロマチンの動的構造変換 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 平成３０年度遺伝研研究会「クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御」
• [Presentation] 再構成によるクロマチン高次構造の可視化 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第2回 定量生命科学研究所シンポジウム「生命を支える生体超分子の可視化と動態」
• [Presentation] Structural studies of genomic DNA regulation by chromatin (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 3R+3C:Replication, Recombination and Repair (3R) with special focus on Chromosome, Chromatin and Cell Cycle (3C)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] クロマチンに潜在する遺伝子制御能の構造基盤 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 中性子溶液散乱を基軸とした蛋白質の構造・ダイナミクス解析への挑戦 (2018)
  • Author(s): 杉山正明
  • Organizer: 第18回日本中性子科学会年会
• [Book] 生体の化学 vol.71 No.4「ヌクレオソームによるクロマチンの構造多様性」 (2020)
  • Author(s): 藤田理紗、胡桃坂仁志
  • Total Pages: 96
  • Publisher: 公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院
• [Book] 月刊細胞 5月号 遺伝子制御の基盤となる細胞核・クロマチン構造 「転写におけるクロマチン構造研究」 (2020)
  • Author(s): 鯨井智也、胡桃坂仁志
  • Total Pages: 60
  • Publisher: ニューサイエンス社
• [Book] 相分離生物学の全貌（現代化学増刊46) 第V部 60.溶液散乱法Ⅰ：静的構造解析 (2020)
  • Author(s): 杉山正明
  • Total Pages: 400
  • Publisher: 東京化学同人
  • ISBN: 9784807913466
• [Book] イメージング時代の構造生命科学 (2020)
  • Author(s): 鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志/著 田中 啓二、若槻 壮市/編
  • Total Pages: 248
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103855
• [Book] 日本の科学者「遺伝子の働きを制御するヒストン」 (2018)
  • Author(s): 小山昌子、胡桃坂仁志
  • Total Pages: 64
  • Publisher: 本の泉社
• [Book] あなたのタンパク質精製、大丈夫ですか？ (2018)
  • Author(s): 胡桃坂 仁志、有村 泰宏
  • Total Pages: 186
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758122382
• [Book] 教科書を書き換えろ！染色体の新常識 (2018)
  • Author(s): 平野 達也、胡桃坂 仁志
  • Total Pages: 214
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758103749
• [Book] 医学のあゆみ Vol.267, No.13「クロマチンによるエピジェネティックな転写制御」 (2018)
  • Author(s): 胡桃坂仁志、鯨井智也
  • Total Pages: 267
  • Publisher: 医歯薬出版