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Large-scale neural activity recordings and a holistic understanding of the brain

Planned Research

Project AreaHolism in neuroscience: Large-scale recording and simulation
Project/Area Number 21H05135
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

Hira Riichiro  東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 准教授 (80712299)

Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥35,490,000 (Direct Cost: ¥27,300,000、Indirect Cost: ¥8,190,000)
Fiscal Year 2023: ¥10,920,000 (Direct Cost: ¥8,400,000、Indirect Cost: ¥2,520,000)
Fiscal Year 2022: ¥10,920,000 (Direct Cost: ¥8,400,000、Indirect Cost: ¥2,520,000)
Fiscal Year 2021: ¥13,650,000 (Direct Cost: ¥10,500,000、Indirect Cost: ¥3,150,000)
Keywords大規模計測 / 2光子カルシウムイメージング / 電気生理学 / ドーパミン / 全体性 / 大規模データ / 2光子顕微鏡
Outline of Research at the Start

本研究は、大脳皮質・基底核・小脳・視床における高次機能を司る領域をターゲットとし、同時かつ多重に神経活動を計測し、高次領野間の連携機構を精査することで、脳の「全体性」の実体を解明する。そのために、世界最大視野の2光子顕微鏡を用いた10万細胞同時カルシウムイメージングを中心に、スキャン光遺伝学刺激、多点ファイバーフォトメトリ―法、高密度電極Neuropixelsを齧歯類の脳に対して合理的に併用し、様々な認知行動課題中の神経活動を多領域から大規模かつ慢性的に計測する。得られた大規模データを大規模シミュレーションの拘束条件とすることで、脳全体のダイナミクスを再現することを試みる。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we developed techniques for multiple recording and control of the cerebral cortex, basal ganglia, cerebellum, and superior colliculus, and applied these techniques to awake animals to advance systems neurophysiology. We established an experimental system for measuring dopamine concentration using fiber photometry and measured it in the striatum. We found striatum-location dependent dopamine dynamics during a reward-related task. By combining Neuropixels multi-point electrodes and a custom-made multi-point optical stimulation system, we measured neurons in the basal ganglia, cerebellum, and superior colliculus when the cortex was stimulated. We found a synchronization mechanisms of these structures. A Diesel2p mesoscope was developed for wide-field two-photon calcium imaging.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では神経伝達物質特異的な蛍光観察法、Neuropixels多点電極とDiesel2pメゾスコープによる脳深部構造と大脳皮質の多領野を含む大規模活動記録、光遺伝学による大脳皮質の多点刺激法の開発により、大脳皮質・大脳基底核・小脳・中脳を観察・制御下においた多重記録実験を構築し、脳の全体性原理の理解を進めることができた点で学術的意義がある。また、ドーパミンの基底核における役割はパーキンソン病などの病態解明に繋がらい、脳の広域ループ構造間の同期機構の解明は精神疾患の病態解明の新し視点を提供する意味で、社会的な意義がある。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (27 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Open Access: 4 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (23 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Working memory-based and -free reward prediction in a dual dopamine system in the basal ganglia2023

    • Author(s)
      Yoshizawa Tomohiko、Miyamura Yuuto、Ochi Yuta、Hira Riichiro、Funahashi Makoto、Sakai Yutaka、Cui Yilong、Isomura Yoshikazu
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: 033405-033405

    • DOI

      10.1101/2023.03.06.531239

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Reward expectation enhances action-related activity of nigral dopaminergic and two striatal output pathways2023

    • Author(s)
      Rios Alain、Nonomura Satoshi、Kato Shigeki、Yoshida Junichi、Matsushita Natsuki、Nambu Atsushi、Takada Masahiko、Hira Riichiro、Kobayashi Kazuto、Sakai Yutaka、Kimura Minoru、Isomura Yoshikazu
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 914-914

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05288-x

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mesoscale functional architecture in medial posterior parietal cortex2023

    • Author(s)
      Hira Riichiro、Townsend Leah B.、Smith Ikuko T.、Yu Che-Hang、Stirman Jeffrey N.、Yu Yiyi、Smith Spencer LaVere
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 08.27 Pages: 555017-555017

    • DOI

      10.1101/2023.08.27.555017

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      2023 Annual Research Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Diesel2p mesoscope with dual independent scan engines for flexible capture of dynamics in distributed neural circuitry2021

    • Author(s)
      Yu Che-Hang、Stirman Jeffrey N.、Yu Yiyi、Hira Riichiro、Smith Spencer L.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 6639-6639

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26736-4

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    • Author(s)
      平 理一郎
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      世界脳週間2023 2024年1月20日
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      Hikaru Sugino, Tatsumi Yoshida, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira
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      第253回生理学東京談話会
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  • [Presentation] Holism in neuroscience: Large-scale recording and simulation.2023

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      Riichiro Hira
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      6TH JP-EU WORKSHOP ON NEUROROBOTICS 2023年9月15日
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      宮村裕人, 吉澤知彦, 平理一郎, 礒村宜和
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      平理一郎
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      吉澤 知彦, 宮村 裕人, 越智 祐太, 平 理一郎, 舩橋 誠, 酒井 裕, 崔 翼龍, 礒村 宜和
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      今村 啓人, 今村 文哉, 藤岡 修, 鴨志田 敦史, 船水 章大, 礒村 宜和, 平 理一郎
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      第46回日本神経科学学会 2023年8月1日
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Integration of Reward Expectation and Action Selection in the Nigrostriatal System2023

    • Author(s)
      ALAIN RIOS, SATOSHI NONOMURA, SHIGEKI KATO, JUNICHI YOSHIDA, NATSUKI MATSUSHIDA, ATSUSHI NAMBU, MASAHIKO TAKADA, RIICHIRO HIRA, KAZUTO KOBAYASHI, YUTAKA SAKAI, MINORU KIMURA, YOSHIKAZU ISOMURA
    • Organizer
      第46回日本神経科学学会 2023年8月1日
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] げっ歯類の大脳皮質-大脳基底核-小脳回路を用いた中規模スパイ キングニューラルネットワークモデルの構築.2023

    • Author(s)
      山本 日菜子, 五十嵐 潤, 礒村 宜和, 平 理一郎
    • Organizer
      日本生理学会 第100回記念大会
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-throughput mapping of multi-synaptic functional pathways from the cerebrum to the SNr.2023

    • Author(s)
      杉野 光, 吉田 達見, 礒村 宜和, 平 理一郎
    • Organizer
      日本生理学会 第100回記念大会
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A multi-reservoir model enabling flexible behavior based on the presence of rule without reorganization of neural circuits.2023

    • Author(s)
      宮村 裕人, 吉澤 知彦, 平 理一郎, 礒村 宜和
    • Organizer
      日本生理学会 第100回記念大会
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-house manufacture of Diesel2p mesoscope and demonstration of large field-of-view two-photon calcium imaging during a conditioning task.2023

    • Author(s)
      今村 文哉, 今村 啓人, 池田 大雄, 礒村 宜和, 平 理一郎
    • Organizer
      日本生理学会 第100回記念大会
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 大脳基底核の二重ドーパミン系による作業記憶依存性・非依存性の報酬予測.2023

    • Author(s)
      吉澤 知彦, 宮村 裕人, 越智 祐太, 平 理一郎, 舩橋 誠, 酒井 裕, 崔 翼龍, 礒村 宜和
    • Organizer
      日本生理学会 第100回記念大会
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      2022 Annual Research Report
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  • [Presentation] 遺伝子発現パターンを用いた実験用マウス筋骨格モデルの開発2022

    • Author(s)
      太田聡史、吉木淳、森裕紀、平理一郎、姫野龍太郎、横田秀夫
    • Organizer
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] High-throughput mapping of multi-synaptic functional pathways from the cerebrum to the cerebellum and basal ganglia2022

    • Author(s)
      R. Hira, T. Yoshida, H. Sugino, Y. Isomura
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      4th UK-JPN neuroscience symposium
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] A neuronal basis underlying reward prediction based on hidden task rules2022

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      Yoshizawa. T., Miyamura Y., Ochi Y., Hira R., Funahashi M., Sakai Y., Cui Y., Isomura Y.
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] High-throughput mapping of multi-synaptic functional pathways from the cerebrum to the cerebellar nucleus studied by Neuropixels and scan-optogenetics2022

    • Author(s)
      Yoshida Y., Aoki S., Isomura Y., Hira R.
    • Organizer
      日本神経科学学会 Neuro 2022
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  • [Presentation] A neuronal basis underlying reward prediction based on hidden task rules2022

    • Author(s)
      Yoshizawa. T., Miyamura Y., Ochi Y., Hira R., Funahashi M., Sakai Y., Cui Y., Isomura Y
    • Organizer
      日本神経科学学会 Neuro 2022
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  • [Presentation] High-throughput mapping of multi-synaptic functional pathways from the cerebrum to the cerebellar nucleus studied by Neuropixels and scan-optogenetics2022

    • Author(s)
      Yoshida Y., Aoki S., Isomura Y., Hira R
    • Organizer
      日本神経科学学会 Neuro 2022
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      平 理一郎
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大規模神経活動記録と全体性の神経科学2021

    • Author(s)
      平 理一郎
    • Organizer
      神経回路学会シンポジウムⅡ
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      2021 Annual Research Report

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Published: 2021-10-22   Modified: 2025-01-30  

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