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Adaptation of plants to nutrient deficiencies through the establishment of a plant-microbe holobiont

Planned Research

Project AreaCo-creation of plant adaptive traits via assembly of plant-microbe holobiont
Project/Area Number 21H05150
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Hiruma Kei  東京大学, 大学院総合文化研究科, 准教授 (20714504)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大森 良弘  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20398390)
田畑 亮  名古屋大学, 生命農学研究科, 特任講師 (30712294)
Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥49,400,000 (Direct Cost: ¥38,000,000、Indirect Cost: ¥11,400,000)
Fiscal Year 2023: ¥16,770,000 (Direct Cost: ¥12,900,000、Indirect Cost: ¥3,870,000)
Fiscal Year 2022: ¥16,380,000 (Direct Cost: ¥12,600,000、Indirect Cost: ¥3,780,000)
Fiscal Year 2021: ¥16,250,000 (Direct Cost: ¥12,500,000、Indirect Cost: ¥3,750,000)
Keywords植物超個体 / 根圏内生糸状菌 / 植物成長促進 / 窒素欠乏 / フィールド / シロイヌナズナ / 根圏細菌 / トリプトファン由来の二次代謝物 / 超個体 / 内生糸状菌 / 細菌群 / 窒素枯渇 / 安定同位体 / トリプトファン / 二次代謝物 / 根圏微生物 / 植物栄養 / 器官間コミュニケーション / トレードオフ突破 / 共生 / 病原 / イメージング / 窒素輸送 / 硝酸トランスポーター / Colletotrichum / トレードオフ打破 / 内生菌 / 病原菌 / 超個体化
Outline of Research at the Start

植物は葉圏・根圏に内包される多様な微生物と相互作用しており、それらの微生物と協働することにより、様々なストレス環境へと適応している。 本研究は、植物と糸状菌・細菌から構成される根圏微生物集団との間の協働(共生)を促すことにより植物の貧栄養環境適応能を飛躍的に向上させることを目指す。同時に、根圏微生物集団の根感染が植物の個体生長を促す分子基盤を根と地上部間での器官間コミュニケーションに着目することで明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

This study investigates the mechanisms by which the root endophyte Colletotrichum tofieldiae (Ct) promotes plant growth under nitrogen-limiting conditions across various fields. We demonstrate that Ct enhances host fitness under these conditions by transferring nitrogen to the host via hyphae and inducing host nitrate uptake pathways during root colonization, which leads to significant plant growth promotion, including increased seed production. Furthermore, we show that Ct recruits beneficial bacteria to the roots and promotes plant growth in conjunction with one of the tested bacteria attracted by Ct. These findings suggest that the robust plant growth promotion observed in the field may be attributed to the multifaceted beneficial activities mediated by Ct.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

環境が変動し周囲の微生物集団が存在する圃場環境で植物の成長を安定的に促す微生物を同定しそのメカニズムを解明し活用することは環境に負荷をかけない農業を達成するためには重要である。本研究においては、植物の成長を複数のメカニズムを駆使して複数の異なる圃場環境で促す共生糸状菌を発見した。また、本研究は特定の有用微生物だけでなくそれに誘引されるパートナー微生物を併せて活用することで植物の成長をさらに増強させられることを示唆しており、これまでの植物と微生物の1対1相互作用を超えた3者関係を分子遺伝学的に紐解く新たな学問領域の創出にもつながる成果となる。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (7 results)

  • [Journal Article] A fungal sesquiterpene biosynthesis gene cluster critical for mutualist-pathogen transition in Colletotrichum tofieldiae2023

    • Author(s)
      Hiruma Kei、Aoki Seishiro、Takino Junya、Higa Takeshi、Utami Yuniar Devi、Shiina Akito、Okamoto Masanori、Nakamura Masami、Kawamura Nanami、Ohmori Yoshihiro、Sugita Ryohei、Tanoi Keitaro、Sato Toyozo、Oikawa Hideaki、Minami Atsushi、Iwasaki Wataru、Saijo Yusuke
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 5288-5288

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40867-w

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring the roles of fungal-derived secondary metabolites in plant-fungal interactions2023

    • Author(s)
      Nguyen Tan Anh Nhi、Higa Takeshi、Shiina Akito、Utami Yuniar Devi、Hiruma Kei
    • Journal Title

      Physiological and Molecular Plant Pathology

      Volume: 125 Pages: 102021-102021

    • DOI

      10.1016/j.pmpp.2023.102021

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome Resource of <i>Colletotrichum spaethianum</i>, the Causal Agent of Leaf Anthracnose in <i>Polygonatum falcatum</i>2022

    • Author(s)
      Utami Yuniar Devi、Hiruma Kei
    • Journal Title

      PhytoFrontiers

      Volume: 2 Issue: 2 Pages: 152-155

    • DOI

      10.1094/phytofr-12-21-0082-a

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Investigating plant?microbe interactions within the root2022

    • Author(s)
      Utami Yuniar Devi、Nguyen Tan Anh Nhi、Hiruma Kei
    • Journal Title

      Archives of Microbiology

      Volume: 204 Issue: 10

    • DOI

      10.1007/s00203-022-03257-2

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dysbiosis of the rhizosphere microbiome caused by γ-irradiation alters the composition of root exudates and reduces phosphorus uptake by rice in flooded soils2022

    • Author(s)
      Mukai Mana、Hiruma Kei、Nishigaki Tomohiro、Utami Yuniar Devi、Otaka Junnosuke、Yoshihashi Tadashi、Sarr Papa Saliou、Oo Aung Zaw、Takai Toshiyuki、Tujimoto Yasuhiro
    • Journal Title

      Plant and Soil

      Volume: . Issue: 1-2 Pages: 1-17

    • DOI

      10.1007/s11104-022-05726-5

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  • [Presentation] Root Endophyte Colletotrichum tofieldiae Recruits Beneficial Bacteria to Roots and Promotes Plant Growth By Facilitating Plant Nitrogen Uptake Under Nitrogen-Limiting Conditions2024

    • Author(s)
      Tan Anh Nhi Nguyen, Masami Nakamura, Koji Tokunaga, Kei Hiruma
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      第65回日本植物生理学会年会
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      第65回日本植物生理学会年会
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      渡邊大祐,杉田亮平,奥村将樹,相馬愛,田野井慶太朗,晝間敬
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      第65回日本植物生理学会年会
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      徳永光治,Utami Yuniar Devi,Nhi Nguyen Tan Anh,晝間敬
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      第65回日本植物生理学会年会
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      晝間 敬
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    • Invited
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      高木 桃子,平田 梨佳子,相原 悠介,林 優紀,水谷 未耶,安藤 英伍,河野(吉村) 恵実,富山 将和,岡崎 まなみ,Liu Xinpeng,晝間 敬,大倉 史生,木下 俊則, 峯 彰,戸田 陽
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
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  • [Presentation] 共生糸状菌 Colletotrichum tofieldiae とシロイヌナズナのリン濃度依存的共生樹立基盤の探索2023

    • Author(s)
      岡﨑 まなみ,晝間 敬
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
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  • [Presentation] 糸状菌Colletotrichum tofieldiaeにおける病原/共生型株の宿主根植物の侵入様式の比較2023

    • Author(s)
      比嘉毅、中村雅美、晝間敬
    • Organizer
      5年度植物病理学会全国大会
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  • [Presentation] 寄生型のColletotrichum tofieldiaeにおける二次代謝物産生クラスターABA-Botrydialの機能解析2023

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      椎名昭斗、瀧野純矢、中村雅未、及川英秋、南篤志、晝間敬
    • Organizer
      5年度植物病理学会全国大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Plant tryptophan metabolism pathway is crucial for plant growth promotion by Colletotrichum tofieldiae under nitrogen deficiency2023

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      Tan Anh Nhi Nguyen, Masami Nakamura, Kei Hiruma
    • Organizer
      5年度植物病理学会全国大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 栄養をめぐる植物と微生物の超個体化現象を紐解く2022

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      晝間敬
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
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  • [Presentation] A comparative functional analysis of closely-related plant mutualistic and parasitic fungi2022

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      Kei Hiruma
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  • [Presentation] Root endophyte Colletotrichum tofieldiae promotes brassica plant growth and recruits beneficial bacteria to roots under nitrogen-limiting conditions2022

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      Tan Anh Nhi Nguyen, Masami Nakamura, Kei Hiruma
    • Organizer
      12th Japan-US Seminar in Plant Pathology
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  • [Presentation] リン欠乏土壌に自生するアブラナ科植物から単離されたColletotrichum属菌によるシロイヌナズナの生長促進作用2022

    • Author(s)
      岩附利英、橋本将、Yuniar Devi Utami, 田中健太、晝間敬
    • Organizer
      日本植物病理学会大会
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  • [Presentation] 寄生型のColletotrichum tofieldiaeは高温条件ではシロイヌナズナの植物生長を促す2022

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      晝間敬
    • Organizer
      日本植物病理学会大会
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  • [Presentation] Activation of fungal ABA biosynthetic cluster genes switches a beneficial plant fungus to a pathogen2021

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      Kei Hiruma
    • Organizer
      IPSR International Plant Web Forum 2021
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] メタオミクス解析を活用した植物有用微生物の単離同定2022

    • Author(s)
      Yuniar Devi Utami, 晝間敬
    • Total Pages
      500
    • Publisher
      株式会社エヌ・ティー・エス
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      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0109_00091.html

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Published: 2021-10-22   Modified: 2025-01-30  

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