ポジショナルクローニング法によるニジマス優性アルビノ遺伝子の単離に関する研究

• Project/Area Number: 00J07552
• Research Category: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 国内
• Research Field: General fisheries
• Research Institution: 東京水産大学
• Principal Investigator: 中村 佳代 東京水産大学, 大学院・水産学研究科, 特別研究員(DC1)
• Project Period (FY): 2000 – 2002
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2002)
• Budget Amount: ¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000); Fiscal Year 2002: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000); Fiscal Year 2001: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000); Fiscal Year 2000: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
• Keywords: 優性アルビノ / ニジマス / BAC / 染色体歩行 / 連鎖解析

Research Abstract

ニジマス優性アルビノ形質と連鎖するOmyD-AlbnTUFマーカー(5塩基の繰り返し配列を含み、AFLPマーカーからマイクロサテライトマーカーに変換したもの)を用いて、前年度作成したニジマスBACライブラリーのHDR(high density replica)フィルターをコロニーハイブリダイゼーションによってスクリーニングし、陽性と思われる12個のBACクローンを得た。このHDRフィルターにはBACクローン1つにつき1つのspotのみが配列してある(duplicateではない)ため、得られたクローンが真の陽性であるかをPCR及びサザンハイブリダイゼーションにより確認後、各BACクローンの両末端をシークエンスした。得られたシークエンスをもとに各BACクローンの両末端部分にプライマーを設計し、各BACクローンのDNAを鋳型にしてそれぞれPCRを行い、PCR産物の増幅の有無から12個のBACクローンの並びを決定することができた。この情報をもとに、BACライブラリーの部分contigを作製し、今後の研究展開への足場を確かなものにした。具体的には、整列化したクローンの中でOmyD-AlbnTUFマーカーから最も遠位にあるクローンの末端配列を次のスクリーニングにおけるプローブとし、新たにBACライブラリーをスクリーニングし、陽性クローンの整列化と連鎖解析による進行方向の決定による染色体歩行を行えば、優性アルビノ遺伝子座の特定や同遺伝子の単離ができるものと確信している。

Research Products

• [Publications] O.Iitsuka, K.Nakamura, A.Ozaki, N.Okamoto, N.Saga: "Genetic information of three pure lines of Porphyra yezoensis (Bangiales, Rhodophyta) obtained by AFLP analysis"Fisheries Science. 68. 1113-1117 (2002)