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キラル低分子による長鎖DNAの折り畳み

Research Project

Project/Area Number 04F04154
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Research Field Biofunction/Bioprocess
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

吉川 研一  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) ZINCHENKO Anatoly A.  京都大学, 大学院・理学研究科, 外国人特別研究員
ZINCHENKO Anatoly Alexandrovich  京都大学, 大学院・理学研究科, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2004 – 2005
Project Status Completed (Fiscal Year 2005)
Budget Amount *help
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2004: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
KeywordsDNA凝縮転移 / キラリティ / 荷電高分子鎖 / 単分子観測 / クロマチン / DNA凝縮 / DNA-低分子相互作用 / 単分子観察 / エナンチオマー / 光学異性体 / 分子認識 / 蛍光顕微鏡 / 電子顕微鏡
Research Abstract

生物はキラルなアミノ酸を骨格にもつようなたんぱく質を活用することにより、キラリティを持つDNA分子と相互作用し、DNA分子の活性を制御していると考えられている。従来、DNAのキラリティの認識は、特異的な三次元構造を持つ高分子でなければ不可能であるとされてきたが、申請者らの研究により、3個程度の塩基性アミノ酸のオリゴマーを用いるだけでも、DNAの折り畳み構造についてほぼ100%のキラリティの認識を示すことを明らかにしてきた。このような成果をさらに発展させ、キラリティを認識するためには、何が必要となってくるのかについて、オリゴマーにかわる新たなキラリティをもつ物質を合成し、実験を積み重ねた。また、それの実験結果が、遺伝子発現についてどのように影響しているのかについて、化学的な立場からの考察を進めた。
また、真核細胞の中では、DNAはヒストンと結合しクロマチンと呼ばれる複合体を形成して存在している。DNAは二重らせん構造をとることが良く知られているが、ヒストンと複合体を形成する際に、DNAのねじれが重要な役割を果たしていることが示唆されている。そこで、正電荷を帯びたナノ粒子をヒストンに見立てて、DNAとナノ粒子との複合体の形成に関して実験を行った。その結果、ナノ粒子を加えることによって、DNAはより凝縮しやすくなることを明らかにした。また、ヒストンと同じオーダーのナノ粒子を用いた時にもっともDNAが凝縮しやすくなることも明らかにした。この結果はクロマチン形成のメカニズムを議論する際に重要な役割を果たすことが期待される。

Report

(2 results)
  • 2005 Annual Research Report
  • 2004 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2006 2005 2004

All Journal Article (8 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Specific Formation of Beads-on-a-Chain Structures on Giant DNA Using a Designed Polyamine Derivative2006

    • Author(s)
      N.Chen, A.A.Zinchenko, S.Murata, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society 127

      Pages: 10910-10916

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] How Dose DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic Charge2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, N.Chen, S.Murata, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      ChemBioChem 6

      Pages: 1419-1422

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Na^+ Shows a Markedly Higher Potential than K^+ in DNA Compaction in a Crowded Environment2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Biophysical Journal 88

      Pages: 4118-4123

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] DNA-Templated Silver Nanorings2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, D.Baigl
    • Journal Title

      Advanced Materials 17

      Pages: 2820-2823

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Compaction of Single-Chain DNA by Histone-Inspired Nanoparticles2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, D.Baigl
    • Journal Title

      Physical Review Letters 95

      Pages: 228101-228101

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] How Does DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic Charge2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, N.Chen, S.Murata, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      ChemBioChem (未定)(掲載予定)

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Na^+ Shows a Markedly Higher Potential than K^+ in DNA Compaction in a Crowded Environment.2005

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Biophys.J. 88(6)(掲載予定)

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Stereoisomeric Discrimination in DNA Compaction.2004

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, et al.
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed. 43(18)

      Pages: 2378-2381

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Book] Nano Structures and Organization of Compacted Single Chains of Polyelectrolytes2006

    • Author(s)
      A.A.Zinchenko, B.Damien, K.Yoshikawa
    • Total Pages
      38
    • Publisher
      American Scientific Publishers
    • Related Report
      2005 Annual Research Report

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Published: 2004-04-01   Modified: 2024-03-26  

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