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トランスクリプトーム解析のためのDNA/RNA/タンパク質分子アレイプラットフォーム構築

Research Project

Project/Area Number 04F04404
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Research Field Chemistry related to living body
Research InstitutionKyoto University
Host Researcher 牧野 圭祐  京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授
Foreign Research Fellow PACK S.P.  京都大学, エネルギー理工学研究所, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2004 – 2006
Project Status Completed (Fiscal Year 2006)
Budget Amount *help
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywords生体高分子間相互作用 / デオキシオキザノシン / アミダイトモノマー / DNAオリゴマー化学合成 / 分子間架橋形成 / DNA認識酵素 / 複合体解析
Research Abstract

DNA/RNA/タンパク質系の相互作用解明法開発のために、以下の研究を行った。
1.任意の位置にデオキシオキザノシン(dOxo、塩基部オキザニン、Oxa)をもった20量体程度のDNAオリゴマー数種類を高い収率で化学合成した。
2.合成したDNAオリゴマーのTmおよびNMR測定を行い、dOxoの全二重鎖構造への影響を検討した。Tmは減少し局所的二重鎖の緩みが観察されたが、NMRの結果からは緩みは全構造にはほとんど影響なく、B型を維持することを明らかにした。
3.DNAポリメラーゼ鎖仲長反応おいては局所構造の緩みが影響し、dOxo向かい側にCおよびTが導入された。他のDNA鎖に関連する酵素によるdOxo含有DNAオリゴマーの認識について検討を行った。制限酵素(Bam HI,EcoRI,Bgl II,Hind III,EcoRV,Xba I and Xho I)はすべてOxaをGuaと認識し、特異的塩基配列で切断を行った(論文作成中)。T4DNAリガーゼもOxaをGuaと認識して鎖結合反応を行った。一本鎖の場合、T4DNAkinase、Nuclease S1、Exonuclease Iも酵素活性への影響を受けなかった。この結果は、Oxa含有DNAオリゴマーを釣り針にすることは生命現象に影響しないことを示している。
4.DNA認識酵素の例としての既知修復酵素との相互作用を解析し、認識過程でDNAオリゴマー中のOxaと酵素間に架橋が生じることを確認した。修復機構としては、塩基除去よりもヌクレオシド除去機構が働くことが示唆された。
6.釣り針を固定化するプラットフォームを作成し、新規アミノ基導入プラットフォームの構築とOxaの反応によるDNAオリゴマー固定化法を開発した(論文発表)。
以上、dOxo含有DNAオリゴマーはDNA、RNA、タンパク質相互作用研究の釣り針として優れた可能性をもつことを明らかにした。

Report

(2 results)
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report

Research Products

(6 results)

All 2006 2005

All Journal Article (3 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Development of an efficient amine-functionalized glass platform by additional silanization treatment with alkylsilane.2006

    • Author(s)
      N.K.Kamisetty, S.P.Pack, M.Nonogawa, T.Kodaki, K.Makino
    • Journal Title

      Analytical and Bioanalytical Chemistry 386(印刷中)

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Novel 6-formylpterin derivatives : chemical synthesis and O_2 to ROS conversion activities.2006

    • Author(s)
      M.Nonogawa, T.Arai, N.Endo, S.P.Pack, T.Kodaki, K.Makino
    • Journal Title

      Organic and Biomolecular Chemistry 4

      Pages: 1811-1816

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Chemical synthesis and thermodynamic characterization of oxanine-containing oligodeoxynucleotides2005

    • Author(s)
      S.-P.Pack, M.Nonogawa, T.Kodaki, K.Makino
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 33

      Pages: 5771-5780

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Book] Reaction of NO with Nucleic Asid Bases and Its Biological Implication in "Genomic Chemistry"2005

    • Author(s)
      S.P.Pack, T.Suzuki, H.Ide, T.Kodaki, K.Makino
    • Total Pages
      30
    • Publisher
      Bentham Science Publisher Ltd., USA
    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] リンカー化合物、プローブ及びプローブ固定化担体2006

    • Inventor(s)
      牧野圭祐, 小瀧務, 渡邊誠也, スンピル パック, 野々川満, 和田啓男, 吉田安子, 山田和成
    • Industrial Property Rights Holder
      京都大学, 日本碍子, 信和化工
    • Filing Date
      2006-03-09
    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] リンカー化合物、プローブ及びプローブ固定化担体2005

    • Inventor(s)
      牧野圭祐, 小瀧務, 渡邊誠也, スンピル パック, 野々川満, 和田啓男, 吉田安子, 山田和成
    • Industrial Property Rights Holder
      京都大学, 日本碍子, 信和化工
    • Industrial Property Number
      2005-065948
    • Filing Date
      2005-03-09
    • Related Report
      2005 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-03-31   Modified: 2016-04-21  

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