リアルタイムPCRを用いた水媒伝染性植物病原菌の定量的検出
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04F04464
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 外国 |
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| Research Field |
Plant pathology
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| Research Institution | Gifu University |
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| Host Researcher |
景山 幸二 岐阜大学, 流域圏科学研究センター, 教授
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| Foreign Research Fellow |
AHONSI Monday O. 岐阜大学, 流域圏科学研究センター, 外国人特別研究員
AHONSI O Monday 岐阜大学, 流域圏科学研究センター, 外国人特別研究員
AHONSI O.Monday 岐阜大学, 流域圏科学研究センター, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2004 – 2006
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
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| Budget Amount *help |
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2006: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2005: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2004: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | 水媒伝染性植物病原菌 / 水耕栽培 / 定量 / Pythium属菌 / PCR / 検出 / Pythium族菌 |
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| Research Abstract |
昨年度作成したPythium helicoidesおよびPhytophthora nicotianaeの種特異的プライマーとすでに当研究室でrDNA ITS領域から設計したプライマーについて、遺伝子のコピー数の種内変異を調べた。その結果、本研究で設計したプライマーはrDNA ITS領域由来のプライマーを用いた場合より変異の程度は低く、検出感度の菌株間差が少ないことから、定量に適していることが明らかになった。次に、このプライマーを用いた定量検出のため、サイバーグリーンによるリアルタイムPCRの条件設定を行った。サイバーグリーンを用いたリアルタイムPCRでは、非特異的な増幅が大きな問題となるため、非特異反応を抑制することが重要である。しかし、プライマーを通常の濃度でPCRしたところ、非特異的な増幅が認められた。そこで、感度が失われず、非特異的な増幅が見られない至適プライマー濃度とPCRの温度条件を明らかにした。また、環境サンプルからの菌の検出で最も重要であるDNAの抽出法について当研究室の方法と市販の抽出キットを比較し、至適抽出条件を明らかにした。これらの実験で明らかになったDNA抽出法およびPCR条件で、両菌の遊走子で汚染した水からDNAを抽出し、両菌に汚染された水耕溶液中の菌由来のDNA量を調べたところ、リアルタイムPCRにより菌量を推定することが可能となった。
両菌の種特異的プライマーの設計、マルチプレックスPCRによる両菌の同時検出について、2006年9月にニュージーランドで開催された国際学会で発表し、Proceedingsとして3報にまとめた。
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Report
(3 results)
Research Products
(3 results)
