ゲノム解析のための情報ツールの開発

• Project/Area Number: 04F04656
• Research Category: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 外国
• Research Field: 基礎ゲノム科学
• Research Institution: Osaka University
• Host Researcher: 近藤 寿人 大阪大学, 大学院・生命機能研究科, 教授
• Foreign Research Fellow: SU FENG 大阪大学, 大学院・生命機能研究科, 外国人特別研究員 ; SU F.
• Project Period (FY): 2004
• Project Status: Completed(Fiscal Year 2004)
• Budget Amount: ¥1,200,000 (Direct Cost : ¥1,200,000); Fiscal Year 2004 : ¥1,200,000 (Direct Cost : ¥1,200,000)
• Keywords: ラディエーションハイブリッド / 小型魚 / 物理地図 / 突然変異体 / マッピング / 変異体データベース / 近似計算 / メダカゲノム

Research Abstract

小型魚で効率良く得られる、発生に異常を生ずる突然変異体、ヒトの疾患モデルともなりうる突然変異体は、その原因遺伝子の同定によってその生物学的な価値を高める。変異遺伝子同定の第1歩は、その突然変異体を染色体上の座標に位置づけることである。さまざまの突然変異体座とマーカー遺伝子座との遺伝的組換え頻度は、染色体上の距離を反映せず、遺伝的データから直接、遺伝子のpositional cloningに向かうことは大きな危険を伴う。そのため、一度Radiation hybridをもとに構築された物理地図データを併用して、実際の遺伝子座間の距離を予測することが望まれた。
メダカのRadiation hybrid dataを例として用いて、遺伝子座間の物理的距離と順序を高精度で予想することによって遺伝的組換えデータを補う、モデルシステムを検討した。迅速近似計算に汎用されるsoftware packageであるCONCORDEを活用して、メダカの各radiation hybrid cellがもつメダカのPCRマーカーの保持状況から、まずおおまかな染色体ごとの分別を行った。いくつかのPCR反応の不確定性、あるいは雑種細胞におけるメダカ染色体領域の断片化の効果から、遺伝子組換えによる地図との矛盾を生ずるケースがあった。これは、ゼブラフィッシュの過去の例でも経験されており、計算値の補正に必要な経験則を導入する必要を生じた。実際のBACの配列データがある程度利用できるメダカ染色体21番と22番を具体例として、補正則を検討した。