細胞内マグネシウム濃度変化によるG蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明
| Project/Area Number |
04J03636
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Section | 国内 |
|---|
| Research Field |
Physical pharmacy
|
|---|
| Research Institution | Chiba University |
|---|
| Research Fellow |
森 健一 千葉大学, 大学院医学薬学府, 特別研究員(DC1)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2004 – 2006
|
| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
|
| Budget Amount *help |
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2006: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2005: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2004: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
|
|---|
| Keywords | Gタンパク質 / マグネシウム / シミュレーション / 生体膜 / モデリング / データベース / Mgイオン / ラフト / 分子動力学 / 糖鎖 / 糖脂質 / G蛋白質 / 糖脂質膜 |
|---|
| Research Abstract |
Mg^<2+>イオンの局所的濃度変化によるG蛋白質の制御機構を解明すべく、以下のことを行った。
1.G蛋白質・生体膜・イオン複合体モデルの自動構築プログラムの開発
2.ラフトモデルの分子動力学シミュレーションによる生体膜界面の特性の検討
3.脂質二重膜モデルのライブラリー拡充とデータベースの構築
1.の結果、および、これまでの研究成果を博士論文としてまとめあげた。今後、同内容に追加計算の結果を加え、国際誌に投稿する予定である。
2.は、前年度に開発した生体膜構築プログラムGLYMMを用いて、ラフトモデルを構築し、その分子動力学シミュレーションを行い、生体膜界面の電気特性、および、イオン濃度を解析した。その結果を、アルツハイマー病の主因であるアミロイドβのラフト上凝集と絡め、論文としてまとめ、国際誌に投稿した。Reviewerからの意見を参考に再計算をし、再投稿を予定している。
脂質分子の違いによって、膜界面でのMg^<2+>イオンの局所的濃度変化が起こるかを明らかにするため、GLYMMを用いて、計90種類の異なる脂質分子から成る脂質二重膜モデルのシミュレーションを行い、3.の膜ライブラリーを構築した。結果をデータベースとして構築し、膜界面でのMg^<2+>イオンの挙動を追う基盤を構築した。データベースは学外の研究者にも使ってもらえるよう公開している。
http://bukka.p.chiba-u.jp/glvmm/database1/index.html
3.の内容も博士論文としてまとめた。今後、加筆修正し、国際誌に投稿する予定である。
|
Report
(3 results)
Research Products
(1 results)
