| Project/Area Number | 04J61616 |
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Biophysics
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| Research Institution | Nagoya University |
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| Research Fellow |
朝川 直行 名古屋大学, 工学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2004
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| Project Status |
Completed(Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥1,000,000 (Direct Cost : ¥1,000,000)
Fiscal Year 2004 : ¥1,000,000 (Direct Cost : ¥1,000,000)
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| Keywords | バイオインフオマティクス / DMマイクロアレイ / 膜タンパク質 |
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| Research Abstract |
現在のゲノム情報は不完全であり、遺伝子の機能が分かっていないものも多い。特に膜タンパク質と呼ばれる細胞内外の情報伝達や物質輸送などに中心的な役割を果たしているタンパク質については、精製や結晶化が難しく未知遺伝子からの機能や構造の決定が遅れている。これに対し、膜タンパク質予測ツールSOSUIは高精度に膜タンパク質を判別し、その構造をある程度の精度で予測する事ができるため、タンパク質の構造-機能相関から粗い機能予測を行うことが可能である。
一方で、生物ゲノムのうちどの遺伝子が発現あるいは抑制されているかを調べたマイクロアレイデータが多く得られてきている。発現パターンの解析による遺伝子の機能予測もいくつか報告されているが、大量のデータに対する新しい解析法の開発も望まれている。
そこで本研究では、ゲノム中の膜タンパク質のより詳細な機能予測や、膜タンパク質全体としての発現解析などを行うための解析法の開発を行った。
まずは酵母ゲノムについて、SOSUIによる構造分類と既知遺伝子のアノテーション、そして公開されている大量のマイクロアレイデータを統合したデータベースを構築した。そしてこのデータベースを利用して解析を行うためのシステムSOSUIarrayとして、計算やその結果を保持するサーバと、グラフ描画やインタフェイスをもつクライアントを作成することができた。
今後はこのSOSUIarrayシステムを利用して、酵母ゲノムの持つ膜タンパク質の詳細な解析を行っていく予定である。
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