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ゲノム情報解析のためのUNIXシェルの開発

Research Project

Project/Area Number 05254201
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

陶山 明  東京大学, 教養学部, 助教授 (90163063)

Project Period (FY) 1993
Project Status Completed (Fiscal Year 1993)
Budget Amount *help
¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 1993: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Keywordsゲノム / 情報 / コンピュータ / UNIX / 塩基配列
Research Abstract

柔軟性・拡張性に富むユーザ志向型のゲノム情報解析の環境をUNIX上で構築するひとつの方法は、ゲノム情報解析のためのツール群をディスク上のコマンドファイルとして作成することである。しかし、このような方法で構築された環境では、柔軟性を実現するために解析ツール・コマンドの再利用性・汎用性を高めると、プロセス間通信によるツール・プロセス間のデータの受渡しが増加するために、解析の処理速度が大幅に低下する問題がある。さらに、ネットワークへの対応も困難である。本研究で開発を行なったgshでは、これらの問題を解決するためにクライアント/サーバ・モデルを採用し、データの受渡しの多い解析ツールをひとつのサーバプロセスのサービスとして提供するようにした。さらに、サーバ上にUNIX型のファイルシステムを構築し、解析にもちいるデータの管理も同時にできるようにした。サーバ上に実現した、標準入出力機能、リダイレクション機能、パイプライン機能、ファイルシステムを利用すれば、サーバがサポートする解析ツール間のデータの受渡しを同一のプロセス内で行なうことができる。したがって、単純な解析ツールを組み合わせて複雑な解析を行なう場合でも、プロセス間通信により繰り返しデータの受渡しを行なうことがないので、高速な処理が可能である。本年度は、ゲノムのマッピング解析の研究の中でこの環境を実際に使用し、ゲノムの情報解析で広く利用できるシステムとして完成させた。

Report

(1 results)
  • 1993 Annual Research Report

Research Products

(2 results)

All Other

All Publications (2 results)

  • [Publications] Akira Suyama et al.: "Contig Maker:Softwave to DI forcontig snap constraction" Proc.Genome Informatics WorkshopIV. 376-384 (1993)

    • Related Report
      1993 Annual Research Report
  • [Publications] 陶山 明: "ゲノムマッピング" 数理科学. 359. 74-81 (1993)

    • Related Report
      1993 Annual Research Report

URL: 

Published: 1993-03-31   Modified: 2016-04-21  

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