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高速AFMによるタンパク質の動態機能解明

Research Project

Project/Area Number 07J09305
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

山下 隼人  Kanazawa University, 自然科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2007 – 2009
Project Status Completed (Fiscal Year 2009)
Budget Amount *help
¥2,700,000 (Direct Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2009: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2008: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2007: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords原子間力顕微鏡 / 高速AFM / バイオイメージング / ナノ動態 / 膜タンパク質 / バクテリオロドプシン / ロドプシン / AFM
Research Abstract

本研究は、高速原子間力顕微鏡(高速AFM)を用いて生体膜中における膜タンパク質の動態を高時空間分解能で直接可視化する事で、それらの機能発現過程及び構造変化を捉え、その動態機能を解明する事が目的である。本年度の研究実績を以下に記述する。
1.紫膜中でのバクテリオロドプシン(bR)の集合メカニズム及び構造ダイナミクスを明らかにするため、変異体bRを用いた以下の実験を行った。
(1)bRが2次元結晶格子に集合する際の構成単位である三量体間での相互作用部位を詳細に明らかにするため、アミノ酸部位特異的変異体bRの作成に取り組んだ。その結果、芳香族残基を持たないアミノ酸に置換した変異体W12Iでは、野生型と比べbRの発現量がかなり低くなる事が分かった。一方、芳香族残基を持つアミノ酸に置換した変異体W12Fでは、野生型と同量の発現に成功し、高速AFM観察により野生型と同じ格子構造を形成する事が分かった。(2)bRの光サイクル時の構造ダイナミクスを明らかにするため、野生型bRと比べて光サイクルが100~1000倍遅い変異体D96Nの高速AFM観察を行い、詳細な動的構造変化を捉える事に成功した。また、その成果を本年度原著論文として報告した。
2.脊椎動物視細胞の円盤膜におけるロドプシンとトランスデューシン(Gt)の相互作用を捉えるため以下の実験を行った。
円盤膜中で共に拡散するロドプシンとGt分子を区別するため、ロドプシンのみを基盤へ特異的固定化する事に取り組んだ。具体的には、マイカ基盤上にストレプトアビジンの2次元結晶を作成し、ビオチン化したロドプシン抗体を結合させ、その上に円盤膜をのせることで、ロドプシンの固定化を試みた。その結果、ロドプシンC末端抗体を用いた基盤で円盤膜の結合が確認できたが、N末端抗体では、確認できなかった。この事から2重層膜構造である円盤膜の1層化が必要であると考えられる。

Report

(3 results)
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2010 2009 2008 2007

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy shows dynamic molecular processesin photoactivated bacterirhodopsin2010

    • Author(s)
      Shibata Mikihiro
    • Journal Title

      Nature nanotechnology 5

      Pages: 208-212

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy techniques for observing dynamic biomolecular processes.2010

    • Author(s)
      Daisuke Yamamoto
    • Journal Title

      Methods in Enzymology (In press)

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of bacteriorhodopsin 2D crystal observed by high-speed atomic force microscopy2009

    • Author(s)
      Hayato Yamashita
    • Journal Title

      Journal of structural biology 167

      Pages: 153-158

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed AFM and nano-visualization of biomolecular processes2008

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Journal Title

      Pflugers Arch-Eur J Physiol 456

      Pages: 211-225

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tip-sample distance control using photo-thermal actuation of a small cantilever for high-speed atomic force microscopy2007

    • Author(s)
      Hayato Yamashita
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments 78

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High speed atomic force microscopy for observing dynamic biomolecular processes2007

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Journal Title

      Journal of Molecular Recognition 20

      Pages: 448-458

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるロドプシンの動態観察2009

    • Author(s)
      山下隼下
    • Organizer
      日本生物物理学会第47回年会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島(徳島県)
    • Year and Date
      2009-10-31
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Direct observation of bacteriorhodopsin molecular interaction in purple membrane by high-speed AFM2008

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      Biochemistry and Molecular Biology 2008
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2008-12-12
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 高速AFMによる紫膜中のバクテリオロドプシン分子間相互作用の直接観察2008

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-05
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] High-resolution dynamic imaging of bacteriorhodopsin in purple membrane by high-speed AFM2008

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      13th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      バルセロナ
    • Year and Date
      2008-06-19
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamic imaging of disassembling and recrystallization processes of bR2D crystals by high speed AFM2007

    • Author(s)
      Hayato Yamashita
    • Organizer
      45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • Year and Date
      2007-12-21
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] レーザー照射によるカンチレバーの直接駆動を用いた高速AFMの距離制御2007

    • Author(s)
      山下 隼人
    • Organizer
      応用物理学会
    • Place of Presentation
      北海道工業大学
    • Year and Date
      2007-09-04
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      2007 Annual Research Report
  • [Book] Single Molecule Dynamics in Life Science2008

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Total Pages
      19
    • Publisher
      Vch Verlagsgesellschaft Mbh
    • Related Report
      2008 Annual Research Report

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Published: 2007-04-01   Modified: 2024-03-26  

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