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デング由来エンベロープ糖タンパク質におけるエピトープ領域の新規解析法の開発

Research Project

Project/Area Number 09F09096
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Research Field Living organism molecular science
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 大学院・工学研究院, 准教授

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) ISLAM MonirulMohammad  東京農工大学, 大学院・工学研究院, 外国人特別研究員
ISLAM Monirul Mohammad  東京農工大学, 大学院・工学研究院, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2009 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2011: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2010: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2009: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Keywords分子構造 / 分子認識 / 変異体解析 / 生物物理
Research Abstract

現在のところワクチンもないデング熱は、東南アジアの広い地域で公衆衛生上の問題となっている。デングウイルスは、DEN1~4の4種類の型に大別され、それらのエピトープ領域とウイルス型に対する抗体の特異性を解明する事は重要な研究課題である。本計画では、抗体認識の特異性に直接関わる可能性が高いデングウイルスのエンベロープ糖タンパク質(以下、Eタンパク質)の第3ドメイン(以下、E3D;96残基)に注目し、その変異体解析を行い、抗体認識機構(及び部位)を分子レベルで解明する。
平成23年度では、デングウイルス3型及び4型由来のE3Dを、pET発現系を用いて大腸菌で発現し、通常の精製法(ニッケルレジン、HPLC)で、高純度に精製した(培地1L当たり30mgの収量)。高純度に精製した3型E3D及び4型E3DのX線結晶構造をそれぞれ、1.8Åと2.2Åの分解能で決定し、座標をPDBに仮登録した。さらに、3型E3D、4型E3Dに対するポリクロナル抗体を作製した。また、3型E3D及び4型E3Dの抗体認識部位の数残基を互いに入れ替えた変異体(Epitope Grafted Mutant; EGM)を8種類構築し、大量発現し、精製した。現在、EGM変異体とE3Dを型特異的に識別する抗体の相互作用をElisa法で解析中である。これらの相互作用解析の結果を上記の高分解能X線結晶構造と比較することで、抗体のウイルス型特異性の物理化学的な解明が期待される。

Report

(3 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2012 2011 2010 2009

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Thermodynamic and structural analysis of highly stabilizing single and double mutations in BPTI variants2009

    • Author(s)
      Mohammad Monirul Islam, Shihori Sohya, Keiichi Noguchi, Shunich i Kidokoro, Masafumi Yohda, Yuta ka Kuroda
    • Journal Title

      PROTEINS 77

      Pages: 962-970

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 蛋白質の構造形成に必要な最小情報とは-単純化ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体構造と熱力学-2009

    • Author(s)
      加藤淳、イスラム M モハマド、黒田裕
    • Journal Title

      蛋白質 核酸 酵素 54(5)

      Pages: 643-648

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] High resolution Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III (ED3)2012

    • Author(s)
      Montasir Elahi, Mohammad M Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      生物物理関東地区研究会
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-03-05
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Host Guest Analysis of Amino Acids contribution to Protein Solubility Using Short SET-Tags Fused to a Simplified BPTI2012

    • Author(s)
      Mohammad M.Islam, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      揺らぎが機能を決める生命分子の科学第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東大寺文化センター(奈良県)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-01-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein's solubility, thermodynamics, structure and function2012

    • Author(s)
      Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      Conference of the Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology
    • Place of Presentation
      University of Rajshahi (Rajshahi, Bangladesh)
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III2011

    • Author(s)
      Montasir Elahi, Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-12-14
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 難結晶化タンパク質変異体に対するヘテロシーディング法2011

    • Author(s)
      小林慶、Mohammad Islam、野口恵一、養王田正文、黒田裕
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Amino Acids Contribution to Polypeptides Solubility Analyzed Using Short Poly-Amino Acid Tags2011

    • Author(s)
      黒田裕、加藤淳、Mohammad Islam
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein solubility, thermodynamics, structure and function2011

    • Author(s)
      Mohammad M Islam, Atsushi Kato, Shihori Sohya, Mohammed Khan, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Stabilization of BPTI-[5,55] through decrease of local backbone fluctuations and development of hetero-microseeding for crystallizing low-stability proteins2010

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda, Mohamed M Islam, Kei Kobayashi
    • Organizer
      揺らぎが機能を決める生命分子の科学第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      滋賀県立県民交流センターピアザ淡海(滋賀県)
    • Year and Date
      2010-11-30
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 1及び2残基置換によって熱安定化したBPTI変異体の実験的解析2010

    • Author(s)
      小林慶、イスラムモニルモハマド、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2010-09-22
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 短いペプチドの新しい溶解度測定法の開発2010

    • Author(s)
      島田広海、モハマドモニルイスラム、モンスルアラムカーン、辻良太郎、黒田裕
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2010-09-20
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of Short Peptide Tags On Protein Solubility, Function, Structure Studied in the context of BPTI2010

    • Author(s)
      Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Hasafumi Yohda, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • Year and Date
      2010-06-16
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of short tags on protein solubility, function and structure2010

    • Author(s)
      Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Hasafumi Yohda, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      The Role of Biochemists in Health and Environment, Graduate Biochemists Association
    • Place of Presentation
      University of Dhaka (Dhaka, Bangladesh)
    • Year and Date
      2010-05-21
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] X-Ray Crystal Structures of Extensively Simplified BPTI Variants Deter mined Using the KEK Photon Factory Facility2010

    • Author(s)
      Mohammad Monirul Islam, Shihori Sohya, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      First Asia-Europe Physics Summit
    • Place of Presentation
      エポカルつくば(茨城県)
    • Year and Date
      2010-03-24
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Further Simplification of the BPTI Sequence : Minimum Information for Specifying a Native Protein Structure2009

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda, Mohammad Monirul Islam, Shihori Sohya, Keiichi No guchi, Masafumi Yohda
    • Organizer
      第2回日韓生体分子科学セミナー「実験とシミュレーション」
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2009-12-22
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 超単純化BPTIに於ける揺らぎ~X線結晶構造解析を用いた分子レベルでの解明~(Molecular Fluctuations in Extensively Simplified BPTI Variants Examined by X-ray Crystallography)2009

    • Author(s)
      黒田裕、イスラム M モハマド
    • Organizer
      新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2009-12-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 点変異によって13度熱安定化したBPTI変異体の構造及び熱安定性の解析2009

    • Author(s)
      イスラム M モハマド、惣谷志保里、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アクティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-11-01
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] BPTI変異体の熱安定性とタンパク質間相互作用の共進化的視点からの解析シンポジウム2009

    • Author(s)
      黒田裕
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アクティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-10-30
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] アミノ酸配列単純化法を用いたBPTI蛋白質の構造形成及び熱安定性の解析2009

    • Author(s)
      黒田裕、イスラム M モハマド
    • Organizer
      第82回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      2009-10-24
    • Related Report
      2009 Annual Research Report

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Published: 2009-04-01   Modified: 2024-03-26  

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