| Project/Area Number |
09F09745
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 外国 |
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| Research Field |
基礎ゲノム科学
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
CARNINCI Piero 独立行政法人理化学研究所, ゲノム機能研究チーム, チームリーダー
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
サクセナ アルカ 独立行政法人理化学研究所, ゲノム機能研究チーム, 外国人特別研究員
SAXENA Alka 独立行政法人理化学研究所, ゲノム機能研究チーム, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2009 – 2010
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2010)
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| Budget Amount *help |
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2010: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2009: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | 視覚野の可塑性 / Rett Syndrome / MeCP2 / Foxg1 / ヒストンデアセチラーゼ阻害剤 / シナプスの可塑性 / sRNA seq / ChIP-sequencing / visual cortex plasticity / Histone deacetylase inhibitors / Impaired synaptic plasticity / nanoCAGE |
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| Research Abstract |
本研究の主要な目的は、レット症候群にみられる重篤な症状の原因となっている異常を、ゲノムワイドに明らかにすることにある。具体的には、レット症候群関連遺伝子と考えられているmecp2遺伝子欠損マウスにおいて、可塑性に異常が認められた大脳視覚野のトランスクリプトームを正常マウスのそれと比較することと、MeCP2やFoxg1の標的と考えられるゲノム領域を特定することである。前者については、mecp2遺伝子欠損マウスを繁殖させることの難しさから、共同研究者からのサンプルの到着が遅れたものの、現在はすべてのサンプルがそろい、そこからヘリコスCAGEライブラリーを作製しているところである。これをシークエンスすることで、mecp2遺伝子欠損マウスがレット症候群を発症する前後のトランスクリプトームを比較する。後者に関しては、前年度に引き続き、ChiP-seq法を用いて、大脳視覚野におけるMeCP2やFoxg1の標的領域を調べた。ひとつのサンプル量が少量のため、ChiP-seqのプロトコールをそれに最適化する必要があり、時間がかかったが、最終的に900ヶ所以上のFoxg1ターゲットを特定できた。現在、これらのターゲット候補を定量PCRにて確認中である。その最終的な確認を待たなければならないが、Foxg1はゲノム中の繰り返し配列に結合する傾向を見出した。この少量のサンプルにChiP-seqを最適化したプロトコールは、現在投稿準備中である。さらに、共同研究としてFoxg1の発現量の確認を行い、その結果は現在投稿準備中である。これらに加えて、今期は共同研究としてsRNAライブラリーを作製し、sRNA依存的なDNAダメージ応答を明らかにした。
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