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配列情報に潜む規則性の発見

Research Project

Project/Area Number 12208002
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中井 謙太  東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60217643)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 丸山 修  九州大学, 大学院・数理学研究院, 助教授 (20282519)
宮野 悟  東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
Project Period (FY) 2000 – 2004
Project Status Completed (Fiscal Year 2002)
Budget Amount *help
¥32,400,000 (Direct Cost: ¥32,400,000)
Fiscal Year 2002: ¥15,400,000 (Direct Cost: ¥15,400,000)
Fiscal Year 2001: ¥17,000,000 (Direct Cost: ¥17,000,000)
Keywordsゲノム配列解析 / RNAスプライシング / 転写制御領域 / 転写開始点 / モチーフ / DNAモチーフ抽出 / 局在化シグナル / 完全長cDNA / レギュロン予測 / アミノ酸配列解析 / 知識発見科学 / 膜タンパク質 / トポロジー形成能 / 低疎水性貫通部位
Research Abstract

(1)RNAスプライシングでいかにして長大なイントロンが正確に認識されるのかを説明するIntrasplicingという仮説を提唱し、これを計算機実験によって検証を試みた。Intrasplicingとは、短いイントロンの切除を複数回繰り返すことによって、結果的に長大なイントロンを切断するという仮説である。
(2)原核生物転写制御領域を近縁種間で網羅的に比較することにより、種々の生物について、保存領域を抽出し、さらにそれらが微生物界でどこまで存在するかを現在網羅的に探素中であり、遠くない将来にデータベース化して公開する準備を進めている。また、異なる遺伝子間に同時に存在する保存領域を探索することにより、共制御遣伝子群(レギュロン)を配列から予測する試みも行っている。
(3)菅野研究室(東大医科研)との共同研究で、ヒトをはじめとする種々の生物種において、各遺伝子の転写開始点を詳細に解析した。その結果、転写開始点は非常にきっちり決められているもの、かなりゆらぎのあるもの、エキソン構造まで変わる選択的プロモーターに依存するものの3種がだいたい同じ程度の量比で存在することがわかった(投稿準備中)。
(4)その他、共通モチーフ抽出支援ツールMelinaの改良、ゲノムデータに基づく仮説モデル間の類似度に基づく構造的関係性の解析、文字列と数値のペアからなるデータを与えられた時に、「文字列中にパターンがある/ない」と「数値」との間の相関が最も高いパターンを求める、という問題の効率的なアルゴリズムの開発などを行った。

Report

(3 results)
  • 2002 Annual Research Report
  • 2001 Annual Research Report
  • 2000 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All Other

All Publications (16 results)

  • [Publications] Ott, S.: "Intrasplicing : analysis of long intron sequences"Proc. Pacific Symposium on Biocomputing. 8. 339-350 (2003)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] Poluliakh, N.: "MELINA : motif extraction from promoter regions of potentially co-regulated genes"Bioinformatics. 19(3). 423-424 (2003)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] Maruyama, O.: "Toward Drawing an Atlas of Hypothesis Classes : Approximating a Hypothesis via Another Hypothesis Model"Proc. 5th International Conference of Discovery Science. 220-232 (2002)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] Bannai, H.: "A String Pattern Regression Algorithm and Its Application to Pattern Discovery in Long Introns"Genome Informatics. 13. 3-11 (2002)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] Nakai, K.: "Langel (ed.) Cell-Penetrating Peptides Processes and Applications (Chapter 14)"CRC Press. 295-324 (2002)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] Hishigaki, H.: "Assessment of prediction accuracy of protein function from protein-protein interaction data"Yeast. 18・6. 523-531 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Yada, T.: "A novel bacterial gene-finding system with top-class accuracy in locating start codons"DNA Research. 8・3. 97-106 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Naoki, K.: "Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics"Journal of Structural Biology. 134・2/3. 106-116 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Terai, G.: "Prediction of co-regulated genes in Bacillus subtilis on the basis of upstream elements conserved across three closely related species"Genome Biology. 2・11. 0048-1-0048-12 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Suzuki, Y.: "DBTSS : database of human transcriptional start sites and full-length cDNAs"Nucleic Acids Research. 30・1. 328-331 (2002)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Bannai, H: "Extensive feature detection of N-terminal protein sorting signals"Bioinformatics. 18・2. 298-305 (2002)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Nakai,K.: "Protein sorting signals and prediction of subcellular localization"Advances in Protein Chemistry. 54. 277-344 (2000)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Ishii,T.: "DBTBS : a database of Bacillus subtilis promoters and transcription factors"Nucleic Acids Research. 29・1. 278-280 (2001)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Miyano,S.: "Polynomial-time learning of elementary formal systems"New Generation Computing. 18. 217-242 (2000)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Maruyama,O.: "Design aspects of discovery systems"IEICE Transactions on Information and Systems. E83-D・1. 61-70 (2000)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Bannai,H.: "Views : Fundamental building blocks in the process of knowledge discovery"Proceedings of the 14th International FLAIRS Conference. (印刷中). (2001)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report

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Published: 2001-04-01   Modified: 2018-03-28  

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