長鎖ｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡを介した遺伝子発現制御を支える分子機構の解析
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12J07847
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Molecular biology
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
木村 優子 (2014) 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 特別研究員(PD)
長谷川 優子 (2012-2013) 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 特別研究員(PD)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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| Budget Amount *help |
¥3,960,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | ncRNA / hnRNP U / Genome imprinting / Non-coding RNA / RNA結合タンパク質 / ゲノムインプリンティング / non-coding RNA / 核マトリックス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は次世代シーケンサーを用い、RNA結合タンパク質hnRNP Uのノックダウンによるゲノムワイドな遺伝子発現解析を行った。遺伝子発現変動を調べたところ、hnRNP Uノックダウン細胞では常染色体にコードされている遺伝子に比べ、X染色体上の遺伝子について発現が上昇する遺伝子の割合が高いことが分かった。この一因として、hnRNP UノックダウンによるX染色体不活性化の阻害が可能性として考えられ、以前に当研究室で発表した論文(Hasegawa et al., Developmental cell, 2010)の結果と整合性がとれた。また、前年度まにhnRNP Uによる制御を見出したKcnq1クラスター内のインプリンティング遺伝子に関しても、有意な発現上昇が観察された。一方で、アリル特異的な遺伝子発現解析やサンガーシーケンス法による確認実験から、hnRNP UはKcnq1クラスター以外のインプリンティング遺伝子のアリル特異的な発現制御には関与していないことも明らかになった。更に詳細な解析が必要ではあるものの、hnRNP UがKcnq1クラスターを特異的に制御するメカニズムとして、Kcnq1ot1 non-coding RNAへの強い結合が可能性として考えられるだろう。また、アリル特異的な遺伝子発現解析により、既知のインプリンティング遺伝子には該当しない複数の遺伝子において、hnRNP Uノックダウンによりアリル間の発現比に影響が生じることが明らかになった。このような遺伝子がどのようにしてhnRNP Uに制御されているかは、長鎖ncRNAとの関連性も含めて未解明であり、更なる解析が今後の課題として挙げられる。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(3 results)
