SNPs探索分子素子(ミスマッチ結合分子リガンド)の開発

• Project/Area Number: 13204045
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 中谷 和彦 京都大学, 工学研究科, 助教授 (70237303)
• Project Period (FY): 2001
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2001)
• Budget Amount: ¥7,000,000 (Direct Cost: ¥7,000,000); Fiscal Year 2001: ¥7,000,000 (Direct Cost: ¥7,000,000)
• Keywords: ミスマッチ / DNA / ナフチリジン / SNP

Research Abstract

1)核磁気共鳴スペクトル(NMR)によるナフチリジンダイマーとG-GミスマッチDNA複合体構造の解析を行った。
ゲノムサイエンスセンターの菊地淳博士の協力を得て、ナフチリジンダイマーとG-GミスマッチDNAのNMRによる構造解析を行った。その結果、ナフチリジンダイマーによるG-Gミスマッチの認識には、ナフチリジンとグアニンとの水素結合形成、ナフチリジン環のインターカレーション、二つのナフチリジン-グアニンペアがジグザグにスタックしている事が明らかとなった。この結果から、ナフチリジンダイマーによるG-Gミスマッチの認識は、当初我々が予想したモデルに極めて近い事が明らかとなり、他のミスマッチ認識にこのモデルが適用できる可能性が強く示唆された。
2)G-Aミスマッチ認識分子開発に向けたA認識化合物のスクリーニングを行った。
アデニンと水素結合様式がマッチする化合物をスクリーニングして、ナフチリジンとのハイブリッドを作成した結果、G-Aミスマッチに強く結合する化合物を得た。現在この化合物をリードとする詳細な構造活性相関を実施中であり、G-Aミスマッチ認識については目途が立った。
3)ナフチリジンダイマーによるG-G、G-A、G-Tミスマッチ認識。
SPRチップ表面へナフチリジンダイマーを固定化する際、チップ表面(デキストランでコートされている)からナフチリジンダイマーが十分水溶液中に曝露されていることが必要となる。そのために、ナフチリジンダイマーとSPR表面のリンカー長を伸ばすことを検討した。その結果、ポリエチレングリコールリンカーを用いることにより、感度が2倍上昇した。今後、リンカー長をさらに長くすることによる感度上昇を試みる。