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Biobjeによる遺伝子発現制御機構のシミュレーション

Research Project

Project/Area Number 13208005
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

萩原 正敏  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (10208423)

Project Period (FY) 2001
Project Status Completed (Fiscal Year 2001)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥6,500,000)
Fiscal Year 2001: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥6,500,000)
Keywordsシミュレーション工学 / 生体生命情報学 / バーチャルリアリティ / 発現制御
Research Abstract

本年度はBiobjeシミュレ-タ-をDrosophilaの概日周期の系に適応し、光に対しての感受性についての〓な研究を行い、シミュレーターの応用へのめどをつけるべく研究を計画した。具体的には、1)理論上、またグラム上の問題がないか、様々な条件の元で検証を行う;2)Drosophilaの概日周期の系に関しての遺伝子の理論実験を行う;3)光による周期のシフトのメカニズムを理論的に探る、などの研究を遂行した。その〓Biobjeシミュレーションにおいての、その方法、アルゴリズムの開発、検証については、完了した。そして、〓用を容易にする為の、条件ファイルの設置、結果ファイルのCSV化(Microsoft Ex. cel対応)も行った。当〓「光による周期のシフトのメカニズム」に注目した「理論実験」を、Biobjeシミュレーターを用いて行う予定で〓が、その前段階として試験的に行った、「機能分子の特性が周期に及ぼす影響」を見る理論実験の結果〓常に興味深く、また、その後行う予定であった「光による周期のシフトのメカニズム」に関わる理論実験に必要〓くの情報が得られる為、こちらを優先して先に行った。そして、その結果をまとめ、複数の学界にて発表した〓究のシミュレーターは、既存の細胞レベルでのシミュレーターとは大きく違った、理論のもとで作成された為、より生物学者にとって理解し易いタイプのシミュレーターとなっている。国内、国外においても、様々な〓の細胞レベルでのシミュレーターが開発されているが、その点において、本研究は注目されており、国内及〓外で特許の対象としての高い評価を得ている。

Report

(1 results)
  • 2001 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All Other

All Publications (5 results)

  • [Publications] Kamimoto, T., Zama, T., Aoki, R., M11.研究発表(発表予定を含む。但し、投稿中、投稿準備中を除く。)uro, Y., Hagiwara, M.: "Identification of a novel kinesin-related protein, KRMP1, as a target for mitotic peptidyl-prolyl isomerase Pin1"J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Kojima, T., Zama, T., Wada, K., Onogi, H., Hagiwara, M.: "Cloning of Human PRP4 Reveals Interaction with Clk1"J.Biol.Chem.. 276. 32247-32256 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Osada, M., Inaba, R., Shinohara, H., Hagiwara, M., Nakamura, M., Ikawa, Y.: "Regulatory Domain of Protein Stability of Human P51/TAP63, a P53 Homologue"Biochem.& Biophys.Res.Comm.. 283. 1135-1141 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Aratani, S., Fujii, R., Oishi, T., Fujita, H., Amano, T., Ohshima, T., Hagiwara, M., Fukamizu, A., Nakajima, T.: "1. Dual roles of RNA helicase A on CREB-dependent transcription"Mol.Cell.Biol.. 21. 4460-4469 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report
  • [Publications] Ueda, H.R., Hagiwara, M., Kitano, H.: "Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm"J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

    • Related Report
      2001 Annual Research Report

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Published: 2001-04-01   Modified: 2018-03-28  

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