比較ゲノム解析による植物寄生性線虫の寄生性関連遺伝子の解明
| Project/Area Number |
13F02511
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 外国 |
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| Research Field |
Plant pathology
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| Research Institution | University of Miyazaki |
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Principal Investigator |
菊地 泰生 宮崎大学
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
PALOMARES-RIUS,
PALOMARES-RIUS Juan Emilio 宮崎大学, 医学部, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2013 – 2015-03-31
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| Project Status |
Declined (Fiscal Year 2014)
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| Budget Amount *help |
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | ゲノム / 一塩基多型 / 病原性 / ポピュレーション |
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| Research Abstract |
本プロジェクトでは、寄生性線虫Bursaphelnchus xylophilusと①寄生性、②宿主、③ベクターとなる昆虫種の異なる近縁なBursaphelenchus属線虫のゲノムを解読し、B. xylophilusのゲノムと比較することによって、線虫の寄生性および昆虫とのインタラクション機構を比較ゲノム的に明らかにすることを目的とする。また、B. xylophilus種内の病原力の異なる株を用いたゲノム比較により病原力に関わるゲノム領域の同定にも取り組む。本年度は、寄生性線虫B. xylophilusの近縁種5種、B. mucronatus、B. conicaudatus、B. luxuriosae、B. doui、B. okinawaensisの線虫株を確立し、これらの培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。また、B. xylophilus種内で病原力の異なる線虫株を準備し、同様に培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。今年度の解析は種内ポピュレーションの比較を中心に行った。得られたシーケンスリードをB. xylophilusのレフェレンスゲノムにマッピングし、SNVおよびインデルのコーリングを行った。得られたバリアント部位は、PCRとサンガーシーケンシングで確認をおこなった。その結果、B. xylophilusは種内での多様性が非常に高く、SNVの領域はゲノムの3%以上に及ぶことが明らかとなった。このバリアントに基づき系統解析を行い、国内のB, xylophilusポピュレーション間の関係性を明らかにした。また病原力・その他の表現系とゲノムバリアントとの関連について解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究はほぼ計画通りに進捗している。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでの研究成果を見直し再検討したうえで、研究を継続する。
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Report
(1 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] The genome and life-stage specific transcriptomes of Globodera pallida elucidate key aspects of plant parasitism by a cyst nematode.2014
Author(s)
Cotton J, Lilley C, Jones L, Kikuchi T, Reid A, Thorpe P, Tsai I, Beasley H, Blok V, Cock P, et al :
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Journal Title
Genome Biol
Volume: 15(3)
Issue: 3
Pages: R43-R43
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Top 10 plant-parasitic nematodes in molecular plant pathology.2013
Author(s)
Jones JT, Haegeman A, Danchin EGJ, Gaur HS, Helder J, Jone s MGK, Kikuchi T, Manzanilla-Lopez R, Palomares-Rius JE, Wesemael WML, et al :
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Journal Title
Mol Plant Pathol
Volume: 14(9)
Issue: 9
Pages: 946-961
DOI
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