ミトコンドリアゲノムの比較解析に基づくハクロビア生物群の系統進化の解明
| Project/Area Number |
13J00789
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Biodiversity/Systematics
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
西村 祐貴 筑波大学, 生命環境科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | ミトコンドリアゲノム / ハクロビア / アライメントデータベース / ハクロビア生物群 / 次世代シーケンサー / ミトコンドリアDNA / バクロビア生物群 / イントロン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
光合成性真核微生物であるクリプト藻類とハプト藻類、従属栄養性生物であるカタブレファリス類、テロネマ類、ピコゾア類、ゴニオモナス類、有中心粒太陽虫類、パルピトモナス類など多様な生物群が、ハクロビアと呼ばれる一つの系統群にまとめられるかどうかは議論が分かれている。本研究ではハクロビアに属するとされる系統群からそれぞれ複数種についてミトコンドリアゲノム(mtDNA)を解読し、系統解析や比較ゲノム解析を行うことにより、ハクロビア仮説を検証することを目的としている。
平成27年度は有中心粒太陽虫の未記載種SRT127について次世代シーケンサーから得られたデータの解析を行い、mtDNAの解読に成功した。SRT127 mtDNAの遺伝子組成は既に解読されているどの種のmtDNAとも異なっており、遺伝子組成を手がかりに近縁種を予測することが出来なかった。この他にも本mtDNAは高いGC含量、変異遺伝暗号、複数の転移性因子を有するなど、典型的なmtDNAには見られない特徴を備えていたが、いずれも近縁種を予想するための有力な手がかりとはならなかった。
本研究や共同研究者らの研究によりハクロビアに含まれるとされる生物のmtDNAデータが蓄積されてきたと言える。そこで真核生物内で共通してmtDNAにコードされる遺伝子を連結した遺伝子系統解析を行い、ハクロビア仮説の検証を試みた。この際、アライメントを管理するための新規データベースを設計し、これを利用して既存のデータと本研究で得られたデータを組み合わせて系統解析に供するアライメントを作成した。残念ながら得られた系統樹の解像度は全体的に低く、ハクロビアの単系統性が妥当かどうか議論することは出来なかった。一方で、設計したアライメントデータベースについては有用性が確かめられたので、プロシーディングという形で国際学会へ投稿し、査読を経て受理された。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Parallel re-modeling of EF-la function in eukaryotic evolution : Divergent, low-expressed EF-1α genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes.2013
Author(s)
Kamikawa R, Brown MW, Nishimura Y, Sako Y, Heiss AA, Yubuki N, Gawryluk R, Simpson AGB, Roger AJ, Hashimoto T, Inagaki Y
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Journal Title
BMC Evolutionary Biology
Volume: 13
Issue: 1
Pages: 131-131
DOI
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Peer Reviewed
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