生態ゲノミクスで豪州ヒノキにおける環境適応プロセスを復元する
Project/Area Number |
13J06059
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Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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Allocation Type | Single-year Grants |
Section | 国内 |
Research Field |
森林科学
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
阪口 翔太 東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(PD)
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Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
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Keywords | RNA-seq解析 / アウトライヤー遺伝子座 / ヒノキ / オーストラリア / 針葉樹 / 高密度連鎖地図 / RAD-seq / 豪州ヒノキ / 適応進化 / 共通圃場実験 |
Outline of Annual Research Achievements |
豪州ヒノキ複合種はオーストラリア大陸全域に分布を拡大した系統群であり,砂漠・温帯・熱帯サバンナという多様な気候下で生育している.本研究では,この豪州ヒノキを対象にした生態ゲノミクスを展開することで,本種群における環境適応の遺伝的基盤を解明するとともに,遺伝的適応がその後の集団サイズや生態ニッチの拡大にどのように寄与したのかを解明することを目的としている. 平成27年度は前年度までに得られたRNA-seq解析から,同義置換率に対する非同義置換率が高いアウトライヤー遺伝子座について集団リシークエンスを行い,本複合種の適応進化に関与した遺伝子座を抽出することを目的にした.解析の対象としたのは39座のアウトライヤー遺伝子座と9座のコントロール遺伝子座で,これらについてプライマーを設計してBioanalyzerを用いてPCR増幅の確認を行った.PCR増幅を行った後,Fluidigm社のAccess Array Systemを用いることにより,オーストラリア大陸全域から採取した96個体の豪州ヒノキDNAを48座について同時にPCR増幅を行った.得られたPCR産物はデスクトップ型次世代シークエンサーIonPGMを利用し,アンプリコンシークエンスに供した.シークエンスの結果,解析対象とした48遺伝子座のうち26遺伝子座でデータ欠損率の低い多型データを得ることができたが,22遺伝子座については一部の地域に由来する個体でデータが得られず,遺伝的多型の豊富な野生植物で安定して増幅できるプライマーの設計が課題となっている.研究員の所属変更に伴って,本研究は本年度途中で中断することになったが,これまでに多型データを取得できた候補遺伝子群に関する分子進化的解析を進めて,本複合種の適応進化の分子的背景を検証していく予定である.
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Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(23 results)
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[Journal Article] Transient hybridization, not homoploid hybrid speciation, between ancient and deeply divergent conifers2016
Author(s)
Worth, J.R.P, Larcombe, M.J., Sakaguchi, S., Marthick, J.R., Bowman, D.M.J.S., Ito, M. and Jordan, G.J.
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Journal Title
American Journal of Botany
Volume: 103
Issue: 2
Pages: 246-259
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] High-throughput linkage mapping of Australian white cypress pine (Callitris glaucophylla) and map transferability to related species2015
Author(s)
Sakaguchi, S., Sugino, T., Tsumura, Y., Ito, M., Crisp, M.D., Bowman, D.M.J.S., Nagano, A.J., Honjo, M.N., Yasugi, M., Kudoh, H., Matsuki, Y., Suyama, Y. and Isagi, Y.
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Journal Title
Tree Genetics & Genomes
Volume: 11
Issue: 6
Pages: 1-12
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Development of nuclear and chloroplast microsatellite markers for the endangered conifer Callitris sulcata (Cupressaceae)2015
Author(s)
Sakaguchi, S., Lannuzel, G., Fogliani, B., Wulff, A. S., L’Huillier, L., Kurata, S., Ueno, S., Isagi, Y., Tsumura, Y., Ito, M.
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Journal Title
Applications in Plant Sciences
Volume: 3
Issue: 8
Pages: 1-3
DOI
NAID
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Environmental niche modelling fails to predict Last Glacial Maximum refugia: niche shifts, microrefugia or incorrect palaeoclimate estimates?2014
Author(s)
Worth, J., Williamson, G., Sakaguchi, S., Nevill, P., Jordan, G.
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Journal Title
Global Ecology and Biogeography
Volume: 23
Pages: 1186-1197
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Climate, not Aboriginal landscape burning, controlled the historical demography and distribution of fire-sensitive conifer populations across Australia2013
Author(s)
Sakaguchi, S., Bowman, D. M. J. S., Prior, L. D., Crisp, M. D., Linde, C. C., Tsumura, Y., and Isagi, Y.
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Journal Title
Proceedings of the Royal Society B
Volume: 280
Issue: 1773
Pages: 1-9
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Presentation] 豪州ヒノキの候補遺伝子解析2015
Author(s)
阪口翔太, 上野真義, 津村義彦, 伊藤元己, David Bowman, Lynda Prior, Michael Crisp, 井鷺裕司
Organizer
第126回日本森林学会
Place of Presentation
北海道大学(北海道札幌市)
Year and Date
2015-03-27
Related Report
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[Presentation] 歴史的な景観変化が地域集団の分布・デモグラフィに及ぼす影響2015
Author(s)
阪口翔太, David Bowman, Lynda Prior, Michael Crisp, Linde Celeste, 津村義彦, 伊藤元己, 井鷺裕司
Organizer
第62回日本生態学会大会
Place of Presentation
鹿児島大学(鹿児島県鹿児島市)
Year and Date
2015-03-19
Related Report
Invited
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[Presentation] 生態ゲノミクスによる豪州ヒノキ種群の環境適応の検証2014
Author(s)
阪口翔太, 上野真義, 津村義彦, 永野惇, 伊藤元己, David Bowman, Lynda Prior, Michael Crisp, 井鷺裕司
Organizer
第125回日本森林学会
Place of Presentation
大宮ソニックシティ(埼玉県さいたま市)
Year and Date
2014-03-28
Related Report
Invited
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[Presentation] 豪州ヒノキにおける適応形質の遺伝的変異2014
Author(s)
阪口翔太, 津村義彦, 上野真義, 伊藤元己, 永野惇, David Bowman, Lynda Prior, Michael Crisp, 井鷺裕司
Organizer
第61回日本生態学会大会
Place of Presentation
広島国際会議場(広島県広島市)
Year and Date
2014-03-15
Related Report
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[Presentation] カリトリスのトランスクリプトーム解析2013
Author(s)
上野真義, 阪口翔太, Mike Crisp, Lynda Prior, David Bowman, 津村義彦, 井鷺裕司
Organizer
森林遺伝育種学会第2回大会
Place of Presentation
東京大学(東京都文京区)
Year and Date
2013-11-08
Related Report
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