高次元離散空間上の分布形状解析手法の開発、及びその情報生命科学における応用
| Project/Area Number |
13J06668
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
森 遼太 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥2,700,000 (Direct Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2013: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / RNA / アルゴリズム / RNA二次構造 / 二次構造 / 熱力学的ゆらぎ / 準最適構造 / 5´-3´距離 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
元々の研究計画に従えば、本年度については大きく分けて、1.開発したソフトウェアによるこれまでの分析によって特に面白い知見が得られたものについてより詳細な解析手法を開発2.開発したアルゴリズムの新しい課題への適用
3.分布形状を理解するための更なる理論を開発の三点を行う計画であった。より具体的には、1. RNA二次構造に特に注目し、解の信頼度を定量的に評価する指標を提案する(よく知られている各種RNA を用いて性能評価及び手法の洗練を行う)2. これまでに実装～評価を行う事を通じて得た経験を生かし、情報生命科学の他の重要問題へ展開してゆく3. ウェブサーバーの構築を行い広く利用可能な環境を整える としていた。
このうち１．に関してはRNA二次構造のCredibility Limitという概念を提案し、それに基いてRNAの推定二次構造を評価する手法を開発・分析を行った。(現在論文投稿準備中) ２．に関しては当初は情報生命科学の諸問題への適用ということを考えていたが、RNA二次構造について、解の信頼性推定以外の課題についても同様の枠組みで解けるということに気づき、それらの実装を優先した。具体的には、RNA二次構造に割り当てられる整数スコアについて、ある一定の条件下でその確率分布を正確に計算することができるという手法を考案した。更に、それをより拡張し、整数スコアのみならず実数スコアについてもその確率分布を計算する手法を考案した。(現在論文投稿準備中) ３．に関しては、RNA二次構造の様々な解析を一括で行うことができるウェブサーバーを構築した。（論文採択済み）今年度以降については、２．で新しく開発した一般的枠組みを様々な具体的未解決問題へ適用していき、生物系の幅広い研究者の役に立ち、また使いやすいと思ってもらえるようなソフトウェアの提供を行っていきたい。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(10 results)
