細胞分化時系列発現データから遺伝子制御ネットワークを推定するシステムバイオロジー
| Project/Area Number |
13J07020
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Section | 国内 |
|---|
| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
|
|---|
| Research Institution | Osaka University |
|---|
Principal Investigator |
中山 智義 大阪大学, 特別研究員(DC2)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013 – 2015-03-31
|
| Project Status |
Declined (Fiscal Year 2014)
|
| Budget Amount *help |
¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2013: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
|
|---|
| Keywords | 遺伝子制御ネットワーク / 時系列発現データ / ダイナミックベイジアンネットワーク / 細胞分化 |
|---|
| Research Abstract |
本研究では細胞分化における時系列遺伝子発現データを用いて細胞分化全体の動的な遺伝子制御ネットワークの変化を解析することで, 細胞分化過程に寄与する遺伝子の推定や細胞分化の機構, 細胞分化過程のシミュレーション手法を作成することを目的としている. それにより, 動的な遺伝子制御ネットワークの変化及び, 生体内の遺伝子全体での遺伝子制御ネットワークの挙動が明らかになり, 細胞分化に寄与する遺伝子の推定とその挙動のシミュレーションが可能になると期待される. そのため、時系列発現データを生物学的な知見に従って分割, ダイナミックベイジアンネットワーク(DBN)推定ソフトウェアSiGNの拡張, 推定された遺伝子制御ネットワークの評価手法の決定を行う計画を実施した.
本年度では, 時系列発現データをスライディングウィンドウ法によって分割し, 得られた複数の時系列発現データからSiGNによって複数のDBNを推定することで, 時間の順序を持つ動的な遺伝子制御ネットワークの推定を行った. この手法によって細胞分化における遺伝子制御ネットワークの変遷を確認することができるようになった. また, ベイジアンネットワークの評価尺度としてBNRCを用いて, より入力データを表すネットワークとなる分割位置を求めることができるようになった. これらによって得られた, 時系列発現データを分割して複数の遺伝子制御ネットワークによって細胞分化過程における遺伝子制御ネットワークの変遷を確認する手法を成果としてBIOCOMP'13とJSBi2013にて研究発表を行った.
|
| Strategy for Future Research Activity |
(抄録なし)
|
Report
(1 results)
Research Products
(2 results)
