遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定

Research Project

Project/Area Number	14011234
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Biological Sciences
Research Institution	Okayama University
Principal Investigator	佐藤和広岡山大学, 資源生物科学研究所, 助教授 (60215770)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	笹沼恒男横浜市立大学, 木原生物学研究所, 助手 (70347350) 最相大輔岡山大学, 資源生物科学研究所, 助手 (90325126)
Project Period (FY)	2002
Project Status	Completed (Fiscal Year 2002)
Budget Amount *help	¥6,100,000 (Direct Cost: ¥6,100,000) Fiscal Year 2002: ¥6,100,000 (Direct Cost: ¥6,100,000)
Keywords	オオムギ / ゲノム解析 / cDNA / EST / SNP / DNAアレイ / 遺伝地図
Research Abstract	・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた. ・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/). ・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である. ・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した. ・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.