SNPの数理解析とSNP利用研究のための新規統計解析手法の開発
| Project/Area Number |
14013016
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
大橋 順 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (80301141)
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| Project Period (FY) |
2002
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2002)
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| Budget Amount *help |
¥7,200,000 (Direct Cost: ¥7,200,000)
Fiscal Year 2002: ¥7,200,000 (Direct Cost: ¥7,200,000)
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| Keywords | SNP / 連鎖不平衡 / 関連解析 / 統計検定 / ゲノムワイド連鎖不平衡検定 / サンプルサイズ / 検出力 / 感受性変異マッピング |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、SNPマーカーを用いたgenome-wide screeningおよびcandidate gene approachにおける統計学上の問題点を分析し、common diseaseの感受性遺伝子を効率的に探索するためのガイドラインの作成(マーカーの選択や配置も含む)および統計解析手法の開発を行なうことであった。さらに、歴史的背景の異なる複数のアジア人集団およびオセアニア集団を対象にDNAタイピングを行い、連鎖不平衡の理論予測と現実のデータとを比較し、理論予測の妥当性についても評価することを計画した。
SNPマーカーを用いて疾患感受性変異の同定を目的とするgenome-wide screeningにおいて、感受性変異を同定する検出力の計算を行った。世代の経過とともに減衰する連鎖不平衡強度を考慮することで、SNPマーカー配置の最適戦略を立てることが可能となった(成果は国際誌に報告した)。2遺伝子座2対立遺伝子モデルの理論的な考察を行ない、連鎖の強い2SNP間で期待される連鎖不平衡の期待強度の計算を行なった。その結果をコンピュータシミュレーションによって確認したが、理論予測値に比して大きな標準誤差を伴うことが明らかとなった(成果は平成14年度日本人類遺伝学会大会において報告した)。さらに、連鎖不平衡の程度を実在集団において検討すべく、11番染色体単腕テロメア近傍の170kbにおよぶ領域のSNP探索を行い、115SNPを検出し、64人に対して検出された全てのSNPタイピングを行った。また、IL13遺伝子約7kbのスクリーニングを行ったところ、-1055C>T多型を見出し、当該SNPと重症マラリア抵抗性との間に関連が見出された(成果は国際誌に報告した)。
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Report
(1 results)
Research Products
(6 results)
