ハイブリッドペトリネットによる多細胞動物形態形成の遺伝子発現制御ネットワーク表現
| Project/Area Number |
14015225
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Yamaguchi University |
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Principal Investigator |
松野 浩嗣 山口大学, 理学部, 助教授 (10181744)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
村上 柳太郎 山口大学, 理学部, 助教授 (40182109)
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| Project Period (FY) |
2002
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2002)
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| Budget Amount *help |
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2002: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
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| Keywords | ハイブリッドペトリネット / ショウジョウバエの形態形成 / バイオシミュレーション / XML / 遺伝子制御ネットワーク |
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| Research Abstract |
1.Delta-Notchシグナルシステムは、さまざまな多細胞動物の形態形成に大きな役割を果たしている。今回我々は、ショウジョウバエの後腸での境界セル形成におけるNotchの働きを実験的にDelta発現量を操作して調べ、さらに生命シミュレーションツールGenomic Object Netによるモデル化とシミュレーションも行った。Deltaの操作によって、境界セル形成が無秩序になる現象を何通りか観察し、同様な現象をシミュレーションによっても生成した。さらに、パラメータを変更してシミュレーションを行い、Delta-Notchシグナルシステムによる別の良く知られた現象である側方抑制も実現できた。このシミュレーションによって、2つの異なる形態形成の現象が、同一も遺伝子制御ネットワークによって作り出されることが説明できた。
2.分裂酵母の細胞周期のハイブリッド関数ペトリネットモデルを作成し、GON ver.1.0(試用版)を用いてシミュレーションを行った。分裂酵母では、DNAの障害を検出するためのチェックポイント機構を持っているが、この機構が有効に働いていることをシミュレーションによって検証した。
3.GONのHFPNモデルはXML形式で定義されている。一方、生命システムをXML形式で記述する言語してよく知られているものにSystems Biology Mark-up Language(SBML)が知られているが、GONのHFPNモデルをSBMLに変換するプログラムを作成した。この逆の変換プログラムを作成すれば、SBMLとGONのパスウエイファイルの相互乗り入れが可能になる。
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Report
(1 results)
Research Products
(3 results)
