ヒトゲノム構造解析ツールとしての高密度genomic DNAマイクロアレイの開発
| Project/Area Number |
15012217
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
井本 逸勢 (橘 逸勢) 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
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| Project Period (FY) |
2003
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2003)
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| Budget Amount *help |
¥7,400,000 (Direct Cost: ¥7,400,000)
Fiscal Year 2003: ¥7,400,000 (Direct Cost: ¥7,400,000)
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| Keywords | ゲノム / アレイ / コピー数異常 |
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| Research Abstract |
現在の豊富なゲノム情報と資源のもとで、ヒト疾患のゲノム一次構造のhigh-throughputな検出ツールとして重要となる、高精度・高感度のゲノムDNAマイクロアレイの開発研究ならびに、これを用いたヒト疾患のゲノム一次構造解析を推進し、以下の結果を得た。
1.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイの作製と解析技術開発
これまでに収集・単離したBAC・PACなどのゲノムDNAをもとに、アダプターPCR法を利用してスポット用のDNA断片を大量に作製し、これらをスライドグラス上にインクジェット方式のスポッターによりアレイ化した実用レベルの高密度ゲノムDNAマイクロアレイの作製を引き続き進めた。これまで、(1)癌関連遺伝子を主とする800種類のクローンからなるアレイ、(2)1p36のコンティグを含む特定の染色体領域の詳細な解析を行う高密度アレイ、(3)4500種類のクローンで300Mbのヒトゲノムをカバーするゲノムワイドなコピー数の異常のスクリーニング用アレイの作製と改良(バージョンアップ)を行うとともに、これらを用いた解析技術・分析方法などの整備をおこなった。
さらにX染色体専用あるいは遺伝疾患診断用など、他の用途のアレイ作製のためのクローン収集・単離などのリソース準備やゲノム情報解析などを進めた。
2.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイの精度管理、ならびにヒト疾患におけるゲノム異常解析
作製した実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイは、実際の検体を用いた解析によりアレイの精度・分解能・定量性・再現性などの評価を行っている。
さらに、ヒト癌細胞株やヒト臨床検体(癌ならびに遺伝疾患)を対象にコピー数異常の検出を行った。従来のCGH解析や試作レベルのDNAマイクロアレイでは検出できなかったホモ欠失や増幅あるいは微細なヘミ欠失や重複などを検出し、どのアレイにおいても1コピーの変化の検出が可能であることを確認するとともに、これまで知られていなかった異常を検出した領域については、個別に解析を行い病態に関連する遺伝子の同定を進めている。
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Report
(1 results)
Research Products
(6 results)
