ゲノムBAC-DNAマイクロアレイによる疾患関連遺伝子の網羅的・高精度な解析

• Project/Area Number: 15012248
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: 村山 裕治 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (40327656)
• Project Period (FY): 2003
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2003)
• Budget Amount: ¥6,400,000 (Direct Cost: ¥6,400,000); Fiscal Year 2003: ¥6,400,000 (Direct Cost: ¥6,400,000)
• Keywords: 遺伝子 / 癌 / ゲノム / マイクロアレイ / CGH / LOH / 染色体 / BAC

Research Abstract

染色体の(部分)増幅・欠失による癌や遺伝病、各種症候群などの原因関連領域を迅速かつ網羅的に解明するBAC-DNAマイクロアレイを作製することを目指して、所属研究室では慶應BACライブラリーよりランダムにクローンの末端シーケンスを決定し、ヒトゲノム完成シーケンス上へのマッピングを行っている。現在までに、8500クローンのマッピングが完了し、全ゲノムの約3分の1がカバーされている。本研究ではWilliam症候群(7q11.23;約1.6Mb欠失)の約3Mbにおける領域中で、このマッピングされたクローンの配置を解析したところ、14クローン(平均長150kb)が確認され、クローン同士の重なりを考慮しても約2分の1の領域をカバーしていた。現在、Smith-Magenis症候群(17p11.2;欠失)、Prader-Willi症候群(15q11-13;欠失)、DiGeorge症候群(22q11.2;欠失)の各領域においてもクローンの配置を詳細に解析している。
一方、独自に設計したアダプターを用いてBACクローンDNAをPCRで均一に増幅する方法を確立し、21番染色体をカバーする258個のBACクローンの増幅を終え、現在マイクロアレイを作製中である。また、シグナル検出上の課題として感度やダイナミックレンジの改善を目指した。ニトロセルロース膜固定化スライドガラス上にBAC-DNAを固定したところ、高いS/N比で検出する方法を確立することができた。さらに、金属粒子を用いた標識法を導入することにより、蛍光色素を使う方法と比べ高感度の検出を可能にした。その結果一桁低いプローブ濃度でも同等のS/N比のシグナルを得ることができた。