文献情報からの多体相互作用パスウェイ・ネットワーク抽出および協調作用に関する研究

Research Project

Project/Area Number	15014210
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Biological Sciences
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	井原茂男東京大学, 先端科学技術研究センター, 科学技術振興特任教員(常勤形態) (30345136)
Project Period (FY)	2003
Project Status	Completed (Fiscal Year 2003)
Budget Amount *help	¥6,500,000 (Direct Cost: ¥6,500,000) Fiscal Year 2003: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥6,500,000)
Keywords	文献情報 / パスウェイ / 多体相互作用に起因する協調作用 / 転写制御
Research Abstract	文献情報から集めた蛋白質の2項関係の情報から、多数の蛋白質の間での多体相互作用に起因するパスウェイ情報を抽出するための技術開発が本研究の目的である。多体の協調動作として、まず転写制御を取りあげることにした。例としては、Tセルレセプターα遺伝子エンハンサーがある。まずAML-1、Ets-1がDNAの転写開始領域に結合し、同様にATFがDNAに結合、LEF-1がDNAに作用することによってDNAを約130度折り曲げ、これによってATF、AML-1、Ets-1が結合してはじめて転写が開始される。ここでは、転写制御を行なう典型的な文型を選定して用語整備を進めた。一方、文献検索で用いるSVM法の改良の試みとして、マッチングを容易にし、アウトトライヤーを容易に抽出するためのSVMの手法を改良した。いくつかの例では従来法で見出しにくかったアウトライヤーを見出すことができるようになった。実際に解析した例を以下に示す。転写制御で最も重要な相互作用であるbindに対して、1970年から2003年までのMEDLINEに対して検索を行い、解析を試みた。様々な転写因子に関係する3体の関係性の情報抽出を行なったところ403件あった。専門家に検証を依頼した結果、そのうち正しい転写関連の関係性の文章は280件であり、正解率は70%であった。この中には、ADH1プロモーターとADH3プロモーターともに、C/EBPが結合するといった本来は2体の関係性の重ね合わせも正解に含めた。30%の不正解の要因は、以下の通り: 1)修飾が複雑な文体の場合での多体関係の同定の誤り、2)細胞名と蛋白質名との同一のシノニムによる誤認定、3)多体の関係ではあるが転写因子ではない蛋白質を転写因子と誤同定、転写因子の多体相互作用に関する文献情報からの結果は、関連研究関連データベースCOOPERIONとして公開準備中である。