がん細胞パネルと計算機による3次元ファーマコフォアの抽出
| Project/Area Number |
15659028
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Drug development chemistry
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| Research Institution | Japanese Foundation For Cancer Research |
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Principal Investigator |
矢守 隆夫 財団法人癌研究会, 癌化学療法センター・分子薬理部, 部長 (60200854)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
広野 修一 北里大学, 薬学部, 教授 (30146328)
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| Project Period (FY) |
2003 – 2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Fiscal Year 2004: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2003: ¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
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| Keywords | 3次元ファーマコフォア / がん細胞パネル / 計算機 / 構造活性 / リガンドドッキング / 結合配座 |
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| Research Abstract |
本研究ではトポイソメラーゼ-・阻害作用をもつことがわかっている化合物の情報を用いたligand-based Drug Design手法を用いて、トポイソメラーゼ-・阻害化合物に関するリガンドの三次元ファーマコフォアの同定と基質認識に重要なアミノ酸の推定を行うことにより、創薬に有用な情報を提案することを目的とした。
トポイソメラーゼ-Iとtopotecan(トポイソメラーゼ-I阻害薬)の複合体X線構造(pdbcode:1k4t)を用いて解析を行った。また、解析にはtopotecanに加えて5つのトポイソメラーゼ-・阻害化合物(LGZK69, PDC, acetomycin, Mel-1020, FM-02)を用いた。その結果、ligand-based Drug Design手法に基づくトポ-・阻害化合物の三次元ファーマコフォアの同定を成功裏に完了した。トポイソメラーゼ-I阻害作用をもつためには、分子中の官能基がメインファーマコフォアの種類や空間的配置を持ち、さらにそれらが平面的に配置していることが重要であると思われる。また、同時にサブファーマコフォアも持っていることがより好ましいと考えられる。さらに、トポイソメラーゼ-・阻害化合物のトポイソメラーゼ-Iとの複合体生成と構造最適化および相互作用アミノ酸の同定を行った。その結果、トポイソメラーゼ-I阻害作用を持つためには分子中のアニオン性官能基がLys532と水素結合することが重要であることが示唆された。
以上、6つのトポイソメラーゼ-I阻害化合物を用いることで、トポイソメラーゼ-I阻害作用を持つために重要な特性を推定することができた。この情報はin silicoスクリーニングなど新規薬物の合理的な開発に有用であると思われる
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Report
(2 results)
Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Chemosensitivity profile of cancer cell lines and identification of genes determining chemosensitivity by an integrated bioinformatical approach using cDNA arrays.2005
Author(s)
Nakatsu, N., Yoshida, Y., Yamazaki, K., Nakamura, T., Dan, S., Fukui, Y., Yamori, T.
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Journal Title
Related Report
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[Journal Article] YM-216391, a Novel Cytotoxic Cyclic Peptide from Streptomyces nobilis. Fermentation, Isolation and Biological Activities. I.2005
Author(s)
Sohda, K., Nagai, K., Yamori, T., Suzuki, K., Tanaka, A.
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Journal Title
J.Antibiot. 58
Pages: 27-31
Related Report
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[Journal Article] Synthesis of functional proteins by mixing peptide motifs.2004
Author(s)
Saito, H., Honma, T., Minamisawa, T., Yamazaki, K., Noda, T., Yamori, T., Shiba, K.
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Journal Title
Chem.Biol. 11
Pages: 765-773
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[Publications] Shiwa, M, Nishimura, Y., Wakatabe, R, Fukawa, A., Arikuni, H., Ota, H, Kato, Y., Yamori, T.: "Rapid discovery and identification of a tissue-specific tumor biomarker from 3 human cancer cell lines using the SELDI ProteinChip platform"Biochem Biophys Res Commun.. 309. 18-25 (2003)
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[Publications] Dan, S., Shirakawa, M, Mukai, Y., Yoshida, Y., Yamazaki, K Kawaguchi, T., Matsuura, M, Nakamura, Y., Yamori, T: "Identification of candidate predictive markers of anticancer drug sensitivity using a panel of human cancer cell lines."Cancer Sci.. 94. 1074-1082 (2003)
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[Publications] Bando, T., Iida, H., Tao, Z.F., Narita, A., Fukuda, N., Yamori, T., Sugiyama, H.: "Sequence specificity, reactivity, and antitumor activity of DNA-alkylating pyrrole-imidazole diamides"Chem Biol. 10. 751-758 (2003)
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