単一異種染色体添加系統の利用によるタマネギ高密度連鎖地図と染色体の対応関係の解明

Research Project

Project/Area Number	15780026
Research Category	Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Allocation Type	Single-year Grants
Research Field	Horticulture/Landscape architecture
Research Institution	Yamaguchi University
Principal Investigator	執行正義山口大学, 農学部, 助教授 (40314827)
Project Period (FY)	2003 – 2004
Project Status	Completed (Fiscal Year 2004)
Budget Amount *help	¥3,800,000 (Direct Cost: ¥3,800,000) Fiscal Year 2004: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000) Fiscal Year 2003: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Keywords	タマネギ / シャロット / ネギ / 単一異種染色体添加系統 / DNAマーカー / EST / ゲノム解析 / 染色体地図
Research Abstract	[目的]高密度連鎖地図作成によるタマネギゲノム解析が日米蘭NZの研究グループにより進行中である.蘭AFLP連鎖地図はネギ-シャロット単一異種染色体添加系統シリーズを利用し,いち早く染色体への振り分けを完了した.また,米RFLP連鎖地図は,新たに約100個のESTマーカーが書き加えられ,その飽和度を増す作業を完了した.さらに,これらの連鎖地図の統合・高密度化を目指す取組みがNZチームにより開始されており,共通の新規ESTマーカーが両地図へ書き込まれた.また,両地図を同じ添加系統を利用して染色体に振り分けることも統合を円滑に行う為に必要である.そこで,本研究では,我が方(日本)の添加系統シリーズを用いて新RFLP連鎖地図が対応する染色体を解明したので報告する. [材料および方法]添加系統シリーズ及びその両親の葉身から前報と同様に全DNAを抽出した.次に,108種類のEST配列から設計したプライマーセットを用いてnested-PCRを行い,AGEによる増幅確認を行った.また,得られたPCR産物は銀染色を伴う変性PAGE分析及びSSCP分析に用いられた. [結果および考察]108種類のプライマーセットについてnested-PCRを行った結果,72種類でシャロットにおける増幅が確認された.ネギと併せて分析を行ったところ,異なる電気泳動法により,61種類で種間多型が検出された.その内訳は,AGEで6種類,変性PAGEで51種類,また,SSCPで4種類であった.添加系統シリーズの分析により,47個のESTマーカーの座乗染色体を決めることができた.このうち29個は,RFLP連鎖地図上のマーカーであり,14連鎖群のうち12が染色体にそれぞれ振り分けられた.