Understanding of PCB-degrading soil bacterium and development of experimental methods for applied microbiology

• Project/Area Number: 15H04471
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Applied microbiology
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: Ohtsubo Yoshiyuki 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (40342761)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2017)
• Budget Amount: ¥15,340,000 (Direct Cost: ¥11,800,000、Indirect Cost: ¥3,540,000); Fiscal Year 2017: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2016: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2015: ¥7,280,000 (Direct Cost: ¥5,600,000、Indirect Cost: ¥1,680,000)
• Keywords: MMLV-RT / tailing activity / tailing enhancers / adaptor ligation / catabolite control / protein acetylation / TCRS / CIS法 / アダプター連結 / qTnSeq / タンパク質アセチル化 / 制御因子 / 水平伝達 / 土壌細菌 / TSS解析 / カタボライト調節 / Tnライブラリー / 接合伝達 / tailing活性 / PCBs / イルミナシーケンサー / qTSS / 二成分調節系

Outline of Final Research Achievements

To investigate a PCB degrader Acidovorax sp. KKS102, a method named qTnSeq was developed. We revealed strong 3' tailing activity of a reverse transcriptase, and a series of tailing enhancers. We also optimized an unique reaction named CIS reaction. In the CIS reaction, a single strand DNA with 3' end sequence complementary to the tail is incorporated with concomitant DNA polymerization starting from the 3' tail. We designed and created transposon cassette for qTnSeq, and constructed a Tn mutant library consisting of about 60,000 clones, and we demonstrated the usefulness of the qTnSeq method. In addition, we investigated Acidovorax sp. KKS102 with respect to its catabolite control mechanism and a mobile genetic element that carries PCB-degrading genes.

Research Products

• [Journal Article] Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon. (2018)
  • Author(s): Kishida K, Ogawa N, Ichihashi E, Kato H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
  • Journal Title: Bioscience, biotechnology, and biochemistry Volume: 82 Issue: 7 Pages: 1-3
  • DOI: 10.1080/09168451.2018.1445522
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase (2017)
  • Author(s): Ohtsubo Yoshiyuki、Nagata Yuji、Tsuda Masataka
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 7 Issue: 1 Pages: 6520-6520
  • DOI: 10.1038/s41598-017-04765-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The Small Protein HemP Is a Transcriptional Activator for the Hemin Uptake Operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2017)
  • Author(s): Sato T, Nonoyama S, Kimura A, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
  • Journal Title: Appl Environ Microbiol. Volume: 83 Issue: 16
  • DOI: 10.1128/aem.00479-17
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122,a nitrogen-fixing soybean symbiont (2017)
  • Author(s): Masayuki Sugawara, Takahiro Tsukui, Takakazu Kaneko, Yoshiyuki Ohtsubo, Shusei Sato, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa.
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 5(9) Issue: 9
  • DOI: 10.1128/genomea.01743-16
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Efficient N-tailing of blunt DNA ends by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase. (2017)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 7 Issue: 1 Pages: 41769-41769
  • DOI: 10.1038/srep41769
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI1205 (2016)
  • Author(s): Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00246-16
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete Genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. Strain TKS, which was isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community (2016)
  • Author(s): Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00247-16
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete Genome Sequence of Algoriphagus sp. Strain M8-2, Isolated from a Brackish Lake (2016)
  • Author(s): Muraguchi Y, Kushimoto K, Ohtsubo Y, Suzuki T, Dohra H, Kimbara K, Shintani M.
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 4 Issue: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00347-16
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete Genome Sequence of Sphingopyxis macrogoltabida Strain 203N (NBRC 111659), a Polyethylene Glycol Degrader. (2016)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nonoyama S, Nagata Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F.
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00529-16
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete Genome Sequence of Sphingopyxis terrae Strain 203-1 (NBRC 111660), a Polyethylene Glycol Degrader (2016)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nonoyama S, Nagata Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F.
  • Journal Title: Genome Announc Volume: 4 Issue: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00530-16
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of Burkholderia caribensis Bcrs1W (NBRC110739), a strain co-residing with phenanthrene degrader Mycobacterium sp. EPa45. (2016)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nonoyama S, Ogawa N, Kato H, Nagata Y, Tsuda M.
  • Journal Title: J Biotechnol Volume: 228 Pages: 67-68
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2016.04.042
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Comparison of the complete genome sequences of four γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains: insights into the evolution of bacteria able to degrade a recalcitrant man-made pesticide. (2016)
  • Author(s): Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Kawasumi T, Kato H, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y.
  • Journal Title: DNA Res. Volume: 6 Issue: 6 Pages: 581-599
  • DOI: 10.1093/dnares/dsw041
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Host Range of the Conjugative Transfer System of IncP-9 Naphthalene-Catabolic Plasmid NAH7 and Characterization of Its oriT Region and Relaxase. (2016)
  • Author(s): Kishida K, Inoue K, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
  • Journal Title: Appl Environ Microbiol Volume: 83 Issue: 1
  • DOI: 10.1128/aem.02359-16
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of cyanobacterium Nostoc sp. NIES-3756, a potentially useful strain for phytochrome-based bioengineering. (2016)
  • Author(s): Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • Journal Title: Journal of Biotechnology Volume: 220 Pages: 51-52
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2015.12.002
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Complete genome sequence of cyanobacterium Fischerella sp. NIES-3754, providing thermoresistant optogenetic tools. (2016)
  • Author(s): Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • Journal Title: Journal of Biotechnology Volume: 220 Pages: 45-46
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2016.01.011
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Complete genome sequencing of cyanobacterium Leptolyngbya sp. NIES-3755 Journal of Biotechnology. (2016)
  • Author(s): Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00090-16
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem (2016)
  • Author(s): Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 4(2) Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00144-16
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of cyanobacterium Geminocystis sp. NIES-3709 that harbors phycoerythrin-rich phycobilisome (2015)
  • Author(s): Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, and Masahira Hattori
  • Journal Title: Genome Announcement Volume: 3 Issue: 2 Pages: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00385-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete Genome Sequence of Rhodovulum sulfidophilum DSM 2351, an Extracellular Nucleic Acid-Producing Bacterium (2015)
  • Author(s): Nagao N, Hirose Y, Misawa N, Ohtsubo Y, Umekage S, Kikuchi Y.
  • Journal Title: Genome Annoucements Volume: 3(2) e00388-15 Issue: 2 Pages: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00388-15
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of cyanobacterium Geminocystis sp. NIES-3708, which performs type II complementary chromatic acclimation (2015)
  • Author(s): Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, and Masahira Hattori
  • Journal Title: Genome Announcement Volume: 3 Issue: 3 Pages: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00357-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium. (2015)
  • Author(s): Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00782-15
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehagoneases (2015)
  • Author(s): Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • Journal Title: Applied Microbiology and Biotechnology Volume: 99 Issue: 23 Pages: 9865-9881
  • DOI: 10.1007/s00253-015-6954-x
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. (2015)
  • Author(s): Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
  • Journal Title: DNA Research Volume: 22 Issue: 6 Pages: 413-424
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv023
  • NAID: 120005850199
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507) (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y. Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 5
  • DOI: 10.1128/genomea.01169-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome (2015)
  • Author(s): Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, and Hisayuki Mitsui
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A. Volume: 112(46) Issue: 46 Pages: 14343-14347
  • DOI: 10.1073/pnas.1514326112
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC:110738) (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01283-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1 (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01399-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.7 (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01400-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of Sphingompyxis macrogoltabidus type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01401-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 逆転写酵素を用いたトランスポゾン変異株ライブラリーの定量的解析法の確立 (2018)
  • Author(s): 大坪嘉行、佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] PCB/ビフェニル分解菌Acidovorax sp. KKS102株が有するICEの接合伝達域規定因子の同定 (2018)
  • Author(s): 川原 昌太郎, 岸田 康平, 永田 裕二, 大坪 嘉行, 津田 雅孝
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に必須な遺伝子セットの同定 (2018)
  • Author(s): 岸田 康平, Tim Lucas, 野々山 翔太 ,永田 裕二, 大坪 嘉行, 津田 雅孝
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] Furで制御されるBurkholderia属細菌ヘム獲得系活性化因子HemPの解析 (2018)
  • Author(s): 野々山翔太、佐藤拓哉、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] フェナントレン分解Mycobacterium株の遺伝子破壊系構築とビフェニル分解への転写応答 (2018)
  • Author(s): 市橋永吉、小川なつみ、岸田康平、加藤広海、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] Carriage modalities of the carbazole-degrading gene clusters among nine bacterial strains (2018)
  • Author(s): Vejarano Felipe、水口千穂、新谷政己、大坪嘉行、津田雅孝、岡田憲典、野尻秀昭
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] 好気性従属栄養細菌における極貧栄養環境適応変異株の解析 (2018)
  • Author(s): 稲葉慎之介、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] In vivo evolution system for haloalkane dehalogenases toward degradation of a man-made pesticide (2018)
  • Author(s): 陳 楠楠, 大坪嘉行, 津田雅孝, 永田裕二
  • Organizer: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [Presentation] Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群における転写制御因子IscRの解析 (2018)
  • Author(s): 野々山翔太、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 土壌難培養性細菌の単離及び易培養性細菌との共存関係 (2018)
  • Author(s): 高橋紳八、加藤広海、永田裕二、大塚重人、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 難分解性芳香族化合物分解コンソーシアム由来の分解細菌Mycobacteirum sp. EPa45株における生育阻害機構 (2018)
  • Author(s): 小川なつみ、加藤広海、岸田康平、市橋永吉、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] IncP-9群プラスミドNAH7の新規な接合伝達必須遺伝子の機能解明 (2018)
  • Author(s): 岸田康平、Tim Lucas、野々山翔太、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] トランスクリプトーム解析を用いた環境細菌Burkholderia multivoransの土壌環境適応戦略の解明 (2018)
  • Author(s): 田上諒、西山依里、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] PCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株のカタボライト調節に関わる二成分調節系因子BphPQの解析 (2018)
  • Author(s): 佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝、大坪嘉行
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 好気性従属栄養細菌株由来の極貧栄養環境での生育能を獲得した突然変異株の解析 (2018)
  • Author(s): 稲葉慎之介、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 細菌の有機塩素系殺虫剤資化に必須なABCトランスポーターホモログの機能解析 (2018)
  • Author(s): 佐藤緋奈子、中鉢千尋、佐藤優花里、矢野大和、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] デアミナーゼと融合した新規デハロゲナーゼの特徴 (2018)
  • Author(s): 中鉢千尋、佐藤優花里、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 代謝酵素遺伝子群の人工クラスターを利用した有機塩素系殺虫剤資化細菌の育種 (2018)
  • Author(s): 蘇立俊、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 環境汚染物質の分解細菌コミュニティにおける非分解菌コロニーの分解菌コロニーへの接近現象 (2018)
  • Author(s): 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] 逆転写酵素のtailing活性と新規TSLR反応を用いたトランスポゾン変異株ライブラリーの定量的解析 (2018)
  • Author(s): 大坪嘉行、佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会
• [Presentation] マウス白血病ウィルス由来逆転写酵素のN-tailing活性と解析ツールTraceViewer (2017)
  • Author(s): 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] IncP-9群プラスミドの接合伝達に関わる全遺伝子の同定 (2017)
  • Author(s): 岸田 康平、ルーカス ティム、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 細菌由来のデアミナーゼ―デハロゲナーゼ融合タンパク質の機能解析 (2017)
  • Author(s): 佐藤 あや華、加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 環境常在細菌に見出された新規低栄養環境適応機構に関する研究 (2017)
  • Author(s): 稲葉 慎之介、加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター生合成系の転写制御機構の解析 (2017)
  • Author(s): 野々山 翔太、佐藤 拓哉、岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransの土壌における適応機構の解明 (2017)
  • Author(s): 田上諒、西山 依里、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] フェナントレン分解細菌の生育阻害の緩和に対する非分解細菌の生細胞の重要性 (2017)
  • Author(s): 小川 なつみ、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 難分解性有機塩素系殺虫剤の分解細菌コミュニティにおける非分解菌の役割 (2017)
  • Author(s): 加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2017年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大(京都府・京都市)
  • Year and Date: 2017-03-17
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane分解コミュニティのメタゲノム解析 (2017)
  • Author(s): 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] 逆転写酵素の強いtailing活性と解析ソフトTraceViewer (2017)
  • Author(s): 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群に対する転写因子Fur及びIscRの作用機序 (2017)
  • Author(s): 野々山 翔太、佐藤 拓哉、岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] フェナントレン分解細菌Mycobacterium sp. EPa45株のフェナントレンに対する転写応答 (2017)
  • Author(s): 小川 なつみ、石毛 太一郎、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、吉川 博文、津田 雅孝
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] フェナントレン分解細菌の基質耐性突然変異株の取得と解析 (2017)
  • Author(s): 池内 倫子、小川 なつみ、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] 金属イオンコファクターの違いによる接合伝達の鍵酵素relaxaseのnick導入塩基配列特異性の変化 (2017)
  • Author(s): 岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • Year and Date: 2017-03-02
• [Presentation] シンポ・微生物のサバイバルゲーム「利用する：汚染物質分解コンソーシアムにおける非分解菌の役割」 (2017)
  • Author(s): 加藤広海，小川なつみ，大坪嘉行，永田裕二, 津田雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] 微生物のサバイバルゲーム「利用する：汚染物質分解コンソーシアムにおける非分解菌の役割」 (2017)
  • Author(s): 加藤広海，小川なつみ，大坪嘉行，永田裕二, 津田雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] 難分解性有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティに関する研究 (2017)
  • Author(s): 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] 定量的TnSeq解析法の構築とPCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株の全必須遺伝子の同定 (2017)
  • Author(s): 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] IncP-9群プラスミドNAH7の新規接合伝達必須遺伝子の機能解析 (2017)
  • Author(s): 岸田 康平、Tim Lukas, 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] 極貧栄養環境での生育能を獲得した好気性従属栄養細菌突然変異株の解析 (2017)
  • Author(s): 稲葉 慎之介, 加藤 広海, 大坪 嘉行, 津田 雅孝, 永田 裕二
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群の転写因子IscRの解析 (2017)
  • Author(s): 野々山 翔太、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransの土壌環境適応メカニズムの経時的解析 (2017)
  • Author(s): 田上諒、西山依里、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] Complete genome analysis of diverse carbazole-degrading bacteria (2017)
  • Author(s): Vejarano Felipe, Suzuki-Minakuchi Chiho, Ohtsubo Yoshiyuki, Tsuda Masataka, Okada Kazunori & Nojiri Hideaki
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] フェナントレン分解細菌の生育阻害に対する非分解細菌の役割：RNA-seq解析による検討 (2017)
  • Author(s): 小川なつみ、石毛太一郎、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、吉川博文、津田雅孝
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] PCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株のカタボライト調節に関わる二成分調節系制御因子についての解析 (2017)
  • Author(s): 佐々木 春菜, 永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行
  • Organizer: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [Presentation] Expression of an alcohol dehydrogenase gene in a heterotrophic bacterium induces the oligotrophic growth with carbon dioxide fixation (2017)
  • Author(s): Shinnosuke Inaba, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Yuji Nagata
  • Organizer: The 7th Congress of European Microbiologists (FEMS 2017)
• [Presentation] Strong N-tailing activity and specific enhancers of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase toward blunt DNA ends (2017)
  • Author(s): Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda
  • Organizer: 15th International Union of Microbiological Societies (IUMS2017)
• [Presentation] 再構築された土壌微生物群集の超長期培養 (2016)
  • Author(s): 加藤広海、渡来直生、森宙史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • Organizer: 日本微生物生態学会第31回大会
  • Place of Presentation: 横須賀市文化会館(神奈川県・横須賀市)
  • Year and Date: 2016-10-22
• [Presentation] 土壌環境におけるBurkholderia属細菌の生育段階と土壌高発現遺伝子の転写変動パターンの関係性 (2016)
  • Author(s): 田上 諒、西山 依里、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • Organizer: 日本微生物生態学会第31回大会
  • Place of Presentation: 横須賀市文化会館(神奈川県・横須賀市)
  • Year and Date: 2016-10-22
• [Presentation] リボソームRNAオペロンが染色体に存在しない細菌の発見 (2016)
  • Author(s): 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤究、三井久幸
  • Organizer: 日本RNA学会-第4回 RIBOSOME MEETING
  • Place of Presentation: 大阪医科大学、(大阪府・高槻市)
  • Year and Date: 2016-09-17
• [Presentation] Plant-associated Aureimonas with the sole rRNA operon on a tiny plasmid (2016)
  • Author(s): Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Seishi Ikeda, Shima Eda, Hisayuki Mitsui and Kiwamu Minamisawa
  • Organizer: 16th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Montreal, Canada
  • Year and Date: 2016-08-21
• [Presentation] Construction of in vivo evolution system for haloalkane dehalgenases (2016)
  • Author(s): Y. Nagata, R. Moriuchi, A. Koyama, Y. Ohtsubo, L. Chrast, J. Damborsky, and M. Tsuda
  • Organizer: 2nd ASM Conference on Experimental Microbial Evolution
  • Place of Presentation: Washington DC, USA
  • Year and Date: 2016-08-04
• [Presentation] 環境常在細菌に見出された新規低栄養環境適応機構 (2016)
  • Author(s): 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 広島県民文化センター(広島県・広島市)
  • Year and Date: 2016-06-13
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子の解析 (2016)
  • Author(s): 岸田康平、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 広島県民文化センター(広島県・広島市)
  • Year and Date: 2016-06-13
• [Presentation] 土壌微生物のノトバイオロジー (2016)
  • Author(s): 加藤 広海、森 宙史、永山 浩史、大坪 嘉行、永田 裕二、黒川 顕、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
  • Invited
• [Presentation] フェナントレン分解コンソーシアムに存在する非分解菌の分解菌に対する効果 (2016)
  • Author(s): 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] フェナントレン分解コンソーシアムMixEPa4における構成細菌間の相互作用 (2016)
  • Author(s): 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur制御下の機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析 (2016)
  • Author(s): 野々山 翔太, 佐藤 拓哉, 岸田 康平, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 環境常在細菌におけるアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhX関与の普遍的低栄養環境適応戦略 (2016)
  • Author(s): 稲葉 慎之介, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] PCB/biphenyl分解細菌株が有する新規haloalkane dehalogenase遺伝子の解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤 あや華, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築 (2016)
  • Author(s): 小山 旺, 森内 良太, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] DNA配列表示ツールSeqView (2016)
  • Author(s): 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子traDEFの解析 (2016)
  • Author(s): 岸田 康平, 井上 慧, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] プラスミドpCAR1を保持した3宿主における転写開始点の網羅的決定と宿主間比較 (2016)
  • Author(s): 舘はる香, 水口千穂, 高橋裕里香, 大坪嘉行, 津田雅孝, 岡田憲典, 野尻秀昭
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 土壌細菌叢変動とレジームシフト (2016)
  • Author(s): 大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第89回日本細菌学会総会シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪交流センター（大阪府・大阪市）
  • Year and Date: 2016-03-23
  • Invited
• [Presentation] SeqView: DNA 配列/アミノ酸配列の表示ツール (2016)
  • Author(s): 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析 (2016)
  • Author(s): 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明 (2016)
  • Author(s): 小川なつみ 加藤広海 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築 (2016)
  • Author(s): 渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 鉄濃度依存的に発現変動する機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤拓哉 湯原悟志 野々山翔太 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作 (2016)
  • Author(s): 野々山翔太 佐藤拓哉 岸田康平 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析 (2016)
  • Author(s): 岸田康平 井上慧 大坪嘉行 永田裕二 津田 雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 環境常在細菌が有する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子関与の新規極貧栄養環境適応機構 (2016)
  • Author(s): 稲葉慎之介 平野丈 宇井博紀 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築 (2016)
  • Author(s): 阿部史歩 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] プラスミドpCAR1上の転写開始点の網羅的決定と宿主間比較 (2016)
  • Author(s): 舘 はる香, 水口 千穂, 高橋 裕里香, 大坪 嘉行, 津田 雅孝, 岡田 憲典, 野尻 秀昭
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析 (2016)
  • Author(s): 加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
• [Presentation] Haloalkane dehalogenases in bacteria (2015)
  • Author(s): Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
  • Organizer: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2015)
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2015-12-15
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播 (2015)
  • Author(s): 永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • Place of Presentation: 土浦亀城プラザ（茨城県・土浦市）
  • Year and Date: 2015-10-17
• [Presentation] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究 (2015)
  • Author(s): 加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • Place of Presentation: 土浦亀城プラザ（茨城県・土浦市）
  • Year and Date: 2015-10-17
• [Presentation] リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行 (2015)
  • Author(s): 按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
  • Organizer: 日本遺伝学会第87回大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス（宮城県・仙台市）
  • Year and Date: 2015-09-24
• [Presentation] 有機塩素系農薬分解細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの機能解析 (2015)
  • Author(s): 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2015年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学弥生キャンパス（東京都・文京区）
  • Year and Date: 2015-06-29
• [Book] Biodegradation of Organochlorine Pesticides (2015)
  • Author(s): Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo Y, Tsuda M
  • Total Pages: 30
  • Publisher: ASM Press, Washington, DC
• [Patent(Industrial Property Rights)] 二本鎖DＮＡ末端の加工方法 (2017)
  • Inventor(s): 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Industrial Property Rights Holder: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Filing Date: 2017
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] 二本鎖ＤＮＡ末端の加工方法 (2016)
  • Inventor(s): 大坪嘉行
  • Industrial Property Rights Holder: 大坪嘉行
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Filing Date: 2016-06-14