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葉緑体置換に伴うクロロフィルa合成系進化:「1足す1は1」型ゲノム進化解明へ

Research Project

Project/Area Number 15J00821
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biodiversity/Systematics
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

松尾 恵梨子  筑波大学, 生命環境科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords葉緑体置換 / 遺伝子水平転移 / 進化 / 分子系統解析 / クロロフィルa / 細胞内共生
Outline of Annual Research Achievements

1.研究成果を学術誌に投稿
本研究課題で得られた成果をオンラインジャーナルPeerJ誌に英文論文として報告した。本論文「Trends in reconstruction of three nucleus-encoded, plastid-localized pathways for the heme, chlorophyll a and isopentenyl diphosphate biosynthesises in two separate dinoflagellate lineages bearing non-canonical plastids.」では葉緑体を置換した渦鞭毛藻Karenia/Karlodiniumおよび LepidodiniumにおけるChl a合成系遺伝子およびChl a合成に関与の深い他2代謝系(ヘム合成系、イソプレノイド合成系)遺伝子の起源を報告した。平成30年5月8日現在、本論文のプレプリント版が閲覧可能である(https://peerj.com/preprints/3488.pdf)。査読の結果主な追加解析としてベイズ法による系統解析の再試行をする必要が生じた。そこで系統解析ソフトウェアPhyloBayesを用いて再解析を実行した。
2.渦鞭毛藻Takayama tasmanicaにおける網羅的発現遺伝子解析
大量培養したT.tasmanica細胞よりRNAを抽出した。次世代シーケンサーIllumina Nextseq500による150 bpペアエンド解析を実施し約33.7 Gbpの塩基配列を決定した。所属研究室の計算機を使用して配列アセンブリソフトウェアTrinityによるmRNA配列再構築を実施した結果、396,830コンティグ配列を取得したことから本種の十分な網羅的発現遺伝子データ構築に成功したと判断した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2017 2016 2015 Other

All Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Presentation] 系統的に独立した緑色渦鞭毛藻3種間における代謝系進化パターンの類似性とその進化的背景2017

    • Author(s)
      松尾恵梨子、高橋和也、皿井千裕、岩滝光儀、稲垣祐司
    • Organizer
      日本藻類学会第41回大会
    • Place of Presentation
      高知大学(高知県・高知市)
    • Year and Date
      2017-03-23
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Contribution of chlorarachniophytes to the chlorophyll a synthesis in green-colored dinoflagellates.2017

    • Author(s)
      Matsuo E., Takahashi K., Sarai C., Iwataki M., Inagaki Y.
    • Organizer
      15th International Congress of Protistology
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Parallel genome reduction in pedinophyte-derived plastids in green-colored dinoflagellates.2017

    • Author(s)
      Matsuo E., Takahashi K., Sarai C., Iwataki M., Inagaki Y
    • Organizer
      15th International Congress of Protistology
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Differential impacts of plastid replacement on plastidal biosynthetic pathways in dinoflagellates with non-canonical plastids, Karlodinium veneficum and Lepidodinium chlorophorum2016

    • Author(s)
      Eriko Matsuo, Yuji Inagaki
    • Organizer
      International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis 13th (ICES 2016 Kyoto)
    • Place of Presentation
      京都府立大学(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2016-09-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Trends in endosymbiotic gene transfer on plastid metabolic pathways in dinoflagellates with non-canonical plastids2016

    • Author(s)
      Eriko Matsuo, Yuji Inagaki
    • Organizer
      Protist2016
    • Place of Presentation
      モスクワ(ロシア)
    • Year and Date
      2016-06-06
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 葉緑体を置換した渦鞭毛藻の葉緑体関連代謝系におけるEGTの傾向2016

    • Author(s)
      松尾 恵梨子, 稲垣 祐司
    • Organizer
      日本藻類学会 第40回大会
    • Place of Presentation
      日本歯科大学(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Impact of endosymbiotic gene transfer on plastid metabolic pathways in dinoflagellates with haptophyte-derived plastids.2015

    • Author(s)
      Eriko Matsuo, Yuki Nishimura, Yuji Inagaki
    • Organizer
      新学術領域研究「マトリョーシカ型進化原理」主催 第2回国際シンポジウムおよび第4回マトリョーシカ型生物学研究会
    • Place of Presentation
      筑波大学(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2015-09-30
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] Molecular Evolution of Microbes 微生物分子進化研究室ホームページ

    • URL

      https://sites.google.com/site/memicrobes/

    • Related Report
      2017 Annual Research Report 2016 Annual Research Report 2015 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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