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Adaptive evolution of cooperative genes using an experimental evolution model

Research Project

Project/Area Number 15J05092
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Evolutionary biology
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

水内 良  大阪大学, 情報科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2017: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2016: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords生命の起源 / 生命の初期進化 / 協力の進化 / 共進化 / 複雑化 / RNA / NDK / 翻訳システム / 実験進化 / ハイパーサイクル / 遺伝子数の増加 / 自己複製 / RNA複製 / 人工細胞
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、複製酵素をコードしたRNA (RNA1) と無細胞翻訳系、区画を用いて構築された人工RNA複製システムに、新たな遺伝子をもつRNA2を導入し、遺伝情報の増加がシステムの安定性や進化にどのような影響をもたらすかを調べた。昨年度までに、NDK合成酵素をコードしたRNA2を用いて、2種類のRNAが共働して複製するシステムが完成し、またそれは複製に合わせて希釈率を調節した特定の濃度領域で持続的複製が可能であるとわかった。このとき、変異により複製が過度に速くなった利己的分子の出現、共働するRNAの区画内での非共存を回避していると考えられる。

本年度は主に持続複製の詳細なメカニズムの解明、および長期複製における協働するRNAの進化について調べた。まず実験を模擬したシミュレーションから、(1) 持続的な複製は、複製開始時のRNA濃度が必須な二種類の分子の共存が達成される領域にあり、その後利己的分子がほとんど出現しない低濃度領域へ遷移することで達成される可能性、(2) 不均一な区画の融合分裂により、一度複製を開始すると、二種類のRNAが共存できず複製を開始できない低濃度領域でも共存が可能となり、複製が持続可能であると示唆された。

また長期継代を経た二種類のRNAは変異を蓄積し、進化が起きていた。このとき多くのRNA1およびRNA2クローン配列が遺伝子の機能を失っていたが、それにも関わらず集団全体は安定的に複製を続けており、変異に対するシステム全体の頑強性が示された。さらに集団で最も濃縮された変異について調べたところ、その変異だけを持つ二種類のRNAは、「セット」としてより自己複製するようになった一方で、パートナーが元のRNAの場合はその複製を阻害した。つまり複雑化システムは、両方のRNAが良く複製するよう共進化することで、システム全体としても進化できるという新たな知見が示された。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2018 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] NASA Ames Research Center/University of California, San Francisco(米国)

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Journal Article] Adaptation and diversification of an RNA replication system under initiation- or termination-impaired translational conditions2016

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi, Tetsuya Yomo
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 印刷中 Issue: 13 Pages: 1229-1232

    • DOI

      10.1002/cbic.201600100

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] プロト細胞モデルでの協力的な RNA 複製体の安定化と共進化2018

    • Author(s)
      水内良、市橋伯一
    • Organizer
      第43回 生命の起源および進化学会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 生命の初期進化を実験で追体験する2017

    • Author(s)
      水内良
    • Organizer
      Keio Astrobiology Camp 2017
    • Place of Presentation
      鶴岡
    • Year and Date
      2017-03-26
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Construction and evolution of an RNA replication system with two distinct replicators linked in a hypercyclic network2017

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • Organizer
      ELSI 5th international symposium
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2017-01-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 異なる遺伝子をもつ二種類の協力的RNA複製子の安定化と共進化2017

    • Author(s)
      水内良、市橋伯一
    • Organizer
      細胞を創る」研究会 10.0
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 異なる遺伝子をもつ二種類の協力的RNA複製子のダーヴィン進化2017

    • Author(s)
      水内良、市橋伯一
    • Organizer
      日本進化学会 第19回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Darwinian evolution of mutualistic RNA replicators with different genes2017

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • Organizer
      The XVIIIth International Conference on the Origin of Life
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Darwinian evolution of two distinct cooperative RNA replicators2017

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • Organizer
      Astrobiology Science Conference 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Darwinian evolution of two distinct cooperative RNA replicators2017

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • Organizer
      Humanware International symposium
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 二種類のRNAを用いたハイパーサイクルの構築と実験進化2016

    • Author(s)
      水内良、市橋伯一
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会 9.0
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2016-11-21
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Adaptation, diversification, and evolution of complexity of a simple artificial RNA self-replication system2016

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • Organizer
      3rd NoR HGT & LUCA conference
    • Place of Presentation
      Milton Keynes, UK
    • Year and Date
      2016-11-03
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 人工RNA自己複製システムの複数の翻訳阻害環境への適応進化と多様化2016

    • Author(s)
      水内良、市橋伯一
    • Organizer
      日本進化学会 第18回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2016-08-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] シンセティック・アストロバイオロジー -単純生命のモデルや部品を実験的に創る-2016

    • Author(s)
      水内良
    • Organizer
      Keio Spring Science Camp 2016
    • Place of Presentation
      山形県鶴岡市 慶應義塾大学先端生命科学研究所
    • Year and Date
      2016-03-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Adaptive Evolution and Diversity of an Artificial RNA Self-Replication System2015

    • Author(s)
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi, Tetsuya Yomo
    • Organizer
      Astrobiology Science Conference 2015
    • Place of Presentation
      Chicago, Illinois, United States
    • Year and Date
      2015-06-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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