ＲＮＡ－ｓｅｑから得られる多群間比較トランスクリプトーム解析手法の開発
| Project/Area Number |
15J10504
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
孫 建強 東京大学, 農学生命科学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2015-04-24 – 2017-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2016)
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| Budget Amount *help |
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2016: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | RNA-Seq / トランスクリプトーム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、RNA-seqから得られる三群間以上の比較トランスクリプトーム解析を行うための手法開発および TCCパッケージへの実装を目的とした。今年度は、昨年度に機能拡張したTCCパッケージを利用して、植物から取得したトランスクリプトーム（RNA-Seq）データを解析し、TCCパッケージの有効性を評価した。
RNA-Seqデータは、共同研究者らが提供したものを利用した。このデータは、3種の植物（C. amara、C. rivularisおよびC. insueta）に、冠水ストレスを与えて、冠水後0時間から96時間までの植物葉細胞のトランスクリプトームを定量したデータである。本研究では、TCCパッケージを用いて、3種それぞれに対して、冠水後に発現量が変化した遺伝子（DEG）を検出した。検出されたDEGに対して、遺伝子オントロジーなどのエンリッチメント解析などを行い、DEGの機能を見積もった。その結果、3種のともエチレン応答に関わる遺伝子や低酸素ストレス応答に関わる遺伝子の発現量が増加していたことがわかった。冠水後に、エチレン応答や低酸素ストレス応答に関わる遺伝子の発現量が増加することは、植物一般に見られる生理現象であることから、TCCパッケージを利用した本解析が正しく行われたことを裏付けている。以上のことから、DEGESに基づく正規化法を実装したTCCパッケージは、シミュレーションデータに対してのみでなく、実際の生物から取得した実データに対しても有効であることが確認された。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(6 results)
