アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発
| Project/Area Number |
15K00407
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology (2017)
Chuo University (2015-2016) |
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Principal Investigator |
内古閑 伸之 東京工業大学, 情報生命博士教育院, 特任助教 (20397483)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松崎 由理 東京工業大学, 情報生命博士教育院, 特任講師 (30572888)
大上 雅史 東京工業大学, 情報理工学院, 助教 (50743209)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2017)
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| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | タンパク質間相互作用ネットワーク予測 / 相互作用プロファイル / 網羅的ドッキング / 生体生命情報学 / タンパク質間相互作用 / プロファイル / 相互作用ネットワーク |
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| Outline of Annual Research Achievements |
「相互作用ネットワーク解析による検証」を昨年度に引き続き、細胞走化性に関するタンパク質群について解析を行った。常在菌であるE.coliについてはすで に、MEGADOCKをもちいた網羅的タンパク質間相互作用予測を行い、従来のドッキングソフトウェアによる結果を比較した。さらに、極地的な環境に生息する高度 好熱菌であるT.maritimaは、常在菌であるE.coliと異なるタンパク質群による細胞走化性ネットワークを形成している。これらのタンパク質相互作用部位の違い を相互作用プロファイル法を用いて解析した。この解析は「3.相互作用の探索空間の解析」の課題と関連していて、E.coliとT.maritimaの細菌走化性に関するタ ンパク質群における網羅的ドッキングによるタンパク質相互作用部位の探索結果を解析し、日本生物物理学会においてポスター発表を行い、インド工科大学マド ラス校におけるシンポジウムで講演を行った。 また、「相互作用プロファイルに基づいたドッキングツールの開発」について、昨年度にRe-dockingを実行するために必要な3つのステップ「1)初回ドッキン グ、2)相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析による相互作用部位の特定、3)再ドッキング」を一括実行するためのソフトウェアを開発した。引き続 き、ソースコードの公開と論文執筆の準備を行っている。 「配列データベースへのインターフェース開発」については、既知のタンパク質間相互作用プロファイルに関連するアミノ酸残基の部分配列についてデータベー スで関連配列を収集し、考察を行った。
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Report
(3 results)
Research Products
(26 results)
