次世代シーケンサーを用いた倍数性シダ類複合体の進化史解明
| Project/Area Number |
16F16391
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 外国 |
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| Research Field |
Biodiversity/Systematics
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| Research Institution | National Museum of Nature and Science, Tokyo |
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Principal Investigator |
海老原 淳 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究主幹 (20435738)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
NITTA JOEL 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2016-11-07 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2018: ¥200,000 (Direct Cost: ¥200,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | シダ植物 / MiSeq / 高次倍数体 / 系統樹 / 次世代シーケンサー / 雑種 / シーケンスキャプチャー / トランスクリプトーム / ハシゴシダ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度の研究では、194のシングルコピー遺伝子を次世代シーケンサーMiSeqを用いて46サンプルの塩基配列を決定した。シーケンスキャプチャーの効率（全リードの中に目的の遺伝子がどれくらい含まれているか）は、標本からのサンプルでは4-8％、標本ではない最近のサンプルでは10－14％となって、過去に報告されたシダ植物を扱った研究（Wolf et al. 2018 Applications in Plant Sciences 6）のおける効率(１-2%)を大幅に上回った。
本手法の導入によって、今まで系統解析に含められていなかった重要な種の標本からDNA解析が可能になり、それらの系統樹での位置が初めて明らかになった。たとえば、２種のみから成るとされていたデスモフレビウム科のDesmophlebium longisorum (Baker) Mynssen, A. Vasco, Sylvestre, R.C. Moran & Rouhanは、本研究の結果では Diplazium（ノコギリシダ属）に所属することが明らかになったことや、東南アジアに分布するDiplazium flavoviride Alstonがアメリカ大陸の東部に分布する Homalosorus pycnocarpus Smallに極めて近縁であるという新知見が得られた。
また、ヒメシダ科ハシゴシダ近縁種群の研究においては、標本からのDNA解析に成功したことによって、日本産個体とは別系統に属する中国・韓国産種から成るクレードが発見された。さらに、フィリピンに分布するParathelypteris grammitoides (Christ) Chingがハシゴシダ近縁種群に含まれ、その分布の南限になっていることが明らかになった。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(3 results)
