Genetic diagnosis of microcephaly

• Project/Area Number: 16K15526
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Pediatrics
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: OGI Tomoo 名古屋大学, 環境医学研究所, 教授 (80508317)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2018-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2017)
• Budget Amount: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000); Fiscal Year 2017: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2016: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: 遺伝・先天異常学 / 遺伝性小頭症

Outline of Final Research Achievements

Primary microcephaly is partially caused by deficiencies in DNA Damage Response system (DDR system). As prevalence of these genetic disorders are very rare and the patients usually display overlapping clinical features, we often face with difficulties in the clinical diagnosis.
In this project, we aimed to develop a system helpful in the differential diagnosis of microcephaly and similar conditions. The developed system comprises next generation DNA sequencing (NGS) as well as DDR activity assays for detecting deficiencies in double strand break (DSB) repair and nucleotide excision repair (NER).

Research Products

• [Journal Article] Cerebellar ataxia-dominant phenotype in patients with ERCC4 mutations (2018)
  • Author(s): Doi H、Koyano S、Miyatake S、Nakajima S、Nakazawa Y、Kunii M、Tomita-Katsumoto A、Oda K、Yamaguchi Y、Fukai R、Ikeda S、Kato R、Ogata K、Kubota S、Hayashi N、Takahashi K、Tada M、Tanaka K、Nakashima M、Tsurusaki Y et al.
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 63 Issue: 4 Pages: 417-423
  • DOI: 10.1038/s10038-017-0408-5
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Functional and clinical relevance of novel mutations in a large cohort of patients with Cockayne syndrome. (2018)
  • Author(s): Calmels N, Botta E, Jia N, Fawcett H, Nardo T, Nakazawa Y, Lanzafame M, Moriwaki S, Sugita K, Kubota M, Obringer C, Spitz MA, Stefanini M, Laugel V, Orioli D, Ogi T, Lehmann A.
  • Journal Title: Journal of Medical Genetics Volume: 55 Issue: 5 Pages: 329-343
  • DOI: 10.1136/jmedgenet-2017-104877
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Common TFIIH recruitment mechanism in global genome and transcription-coupled repair subpathways. (2017)
  • Author(s): Okuda M, Nakazawa Y, Guo C, Ogi T, Nishimura Y.
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 45 Issue: 22 Pages: 13043-13055
  • DOI: 10.1093/nar/gkx970
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] An XPA gene splicing mutation resulting in trace protein expression in an elderly xeroderma pigmentosum group A patient without neurological abnormalities. (2017)
  • Author(s): Takahashi Y, Endo Y, Kusaka A, Nakamaura S, Nakazawa Y, Ogi T, Uryu M, Tsuji M, Furue M, Moriwaki S.
  • Journal Title: British Journal of Dermatology Volume: 印刷中 Issue: 1 Pages: 253-257
  • DOI: 10.1111/bjd.15051
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Analysis of clinical symptoms and ABCC6 mutations in 76 Japanese patients with pseudoxanthoma elasticum. (2017)
  • Author(s): Iwanaga A, Okubo Y, Yozaki M, Koike Y, Kuwatsuka Y, Tomimura S, Yamamoto Y, Tamura H, Ikeda S, Maemura K, Tsuiki E, Kitaoka T, Endo Y, Mishima H, Yoshiura KI, Ogi T, Tanizaki H, Wataya-Kaneda M, Hattori T, Utani A.
  • Journal Title: Journal of Dermatology Volume: 印刷中 Issue: 6 Pages: 644-650
  • DOI: 10.1111/1346-8138.13727
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A ten-year follow up of a child with mild case of xeroderma pigmentosum complementation group D diagnosed by whole genome sequencing. (2016)
  • Author(s): Ono R, Masaki T, Mayca Pozo F, Nakazawa Y, Swagemakers SM, Nakano E, Sakai W, Takeuchi S, Kanda F, Ogi T, van der Spek PJ, Sugasawa K, Nishigori C.
  • Journal Title: Photodermatol Photoimmunol Photomed. Volume: 未定 Issue: 4 Pages: 174-180
  • DOI: 10.1111/phpp.12240
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] Very mild Japanese Cockayne syndrome (type-IV) cases with a N-terminal truncation mutation in the ERCC6 / CSB gene. (2018)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: 国際シンポジウム「早老症と関連疾患」
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Human genetic disorders associated with deficiencies in the DNA repair system. (2017)
  • Author(s): Ogi T
  • Organizer: International Symposium on Immune Diversity and Cancer Therapy Kobe 2017
  • Place of Presentation: 神戸ポートピアホテル（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2017-01-26
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Human genetic disorders associated with TC-NER deficiency. (2017)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: 第２回神戸大学バイオシグナル総合研究センター国際シンポジウム
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Very mild CS type-IV cases with mutation in the CSB gene. (2017)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: Cockayne Syndrome Meeting.
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Human genetics disorders associated with DNA repair deficiency. (2017)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: 6th US-Japan DNA Repair Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] DNA損傷依存的なRNAポリメラーゼの修飾とヒト疾患. (2017)
  • Author(s): 荻 朋男
  • Organizer: 国立遺伝学研究所・研究集会「染色体構築と安定化を担う分子機構」
  • Invited
• [Presentation] ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患の次世代マルチオミクス解析. (2017)
  • Author(s): 荻 朋男
  • Organizer: 第7回名古屋大学医学系研究科・生理学研究所合同シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] ミニレクチャー「ゲノム不安定性疾患群を中心とした希少疾患の次世代マルチオミクス病態解析」 (2017)
  • Author(s): 荻 朋男
  • Organizer: 第12回東海小児遺伝カンファレンス
  • Invited
• [Presentation] Molecular pathogenesis underlying Cockayne syndrome and UV-sensitive syndrome. (2017)
  • Author(s): Jia N, Guo C, Oka Y, Nakazawa Y, Shimada M, Miyazaki H, Ogi T.
  • Organizer: 第40回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Very mild CS type-IV cases with mutations in the CSB gene. (2017)
  • Author(s): Jia N, Guo C, Oka Y, Nakazawa Y, Shimada M, Miyazaki H, Ogi T.
  • Organizer: 第24回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
• [Presentation] DNA修復機構欠損性疾患の病態解明研究. (2017)
  • Author(s): 中沢由華、賈楠、嶋田繭子、宮崎仁美、千住千佳子、郭朝万、岡泰由、荻朋男
  • Organizer: 第２回放射線災害・医科学研究拠点カンファランス
• [Presentation] マルチオミクス解析による希少遺伝性疾患発症責任因子の同定. (2017)
  • Author(s): 岡泰由、中沢由華、荻朋男.
  • Organizer: 第40回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患群の疾患責任遺伝子変異の探索. (2017)
  • Author(s): 中沢由華、千住千佳子、岡泰由、嶋田繭子、宮崎仁美、郭朝万、賈楠、荻朋男.
  • Organizer: 第40回日本分子生物学会年会
• [Presentation] A Novel Gene Mutation Of Japanese Xeroderma Pigmentosum Complementation Group F Patients. (2017)
  • Author(s): Senju C, Nakazawa Y, Ogi T.
  • Organizer: 第40回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Identification of pathogenic mutations in patients with rare diseases using multi-omics analysis. (2017)
  • Author(s): Oka Y, Nakazawa Y, Ogi T.
  • Organizer: 日本プロテオーム学会2017年大会
• [Presentation] DNA修復機構の異常と疾患. (2017)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 太陽紫外線防御研究委員会第27回シンポジウム
  • Place of Presentation: 佐治敬三メモリアルホール（大阪府大阪市）
  • Invited
• [Presentation] DNA修復・損傷応答機構の異常により発症する疾患の病態解明. (2017)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 奈良先端科学技術大学院大学ワークショップ
  • Place of Presentation: 奈良先端科学技術大学院大学（奈良県生駒市）
  • Invited
• [Presentation] DNA修復システムの異常により発症するヒト疾患の分子病態. (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
  • Invited
• [Presentation] ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患群の病態解析と新規疾患責任遺伝子変異探索. (2016)
  • Author(s): 中沢由華、岡泰由、郭朝万、賈楠、唐田清伸、嶋田繭子、宮﨑仁美、千住千佳子、荻朋男.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] コケイン症候群と紫外線高感受性症候群の分子病態解析. (2016)
  • Author(s): 賈楠、中沢由華、郭朝万、唐田清伸、岡泰由、嶋田繭子、宮﨑仁美、千住千佳子、荻朋男.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] トランスオミクス解析を用いた希少遺伝性疾患原因因子の新規同定法の開発. (2016)
  • Author(s): 岡泰由、郭 朝万、賈楠、唐田清伸、中沢由華、荻朋男.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] 新規のDNA 修復因子WDR4の欠損により発症する小頭症症例の分子病態 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 国立遺伝学研究所・研究集会「生物ゲノム安定維持の分子機構」
  • Place of Presentation: 国立遺伝学研究所（静岡県三島市）
  • Year and Date: 2016-10-24
  • Invited
• [Presentation] ヒト WDR4 遺伝子の先天的な異常はゲノム不安定性に起因する発育異常を誘発する (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 第75回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2016-10-06
  • Invited
• [Presentation] ゲノム不安定性により先天性小頭症を示すヒト遺伝性疾患の症例解析と病態解明研究 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 日本遺伝学会第88回大会
  • Place of Presentation: 日本大学国際関係学部（静岡県三島市）
  • Year and Date: 2016-09-07
  • Invited
• [Presentation] DNA損傷応答と遺伝病疾患 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 平成28年度若手放射線生物学研究会専門研究会
  • Place of Presentation: 東京工業大学（東京都目黒区）
  • Year and Date: 2016-09-03
  • Invited
• [Presentation] 次世代ゲノム解析と精密質量分析を基盤としたマルチオミクスデータの臨床診断へ応用 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: サーモフィッシャーサイエンティフィック 質量分析フォーラム2016
  • Place of Presentation: ザ・リッツ・カールトン大阪（大阪府大阪市）、東京コンファレンスセンター・品川（東京都港区）
  • Year and Date: 2016-08-02
  • Invited
• [Presentation] New DNA-repair gene mutations associated with Cokayne syndrome like progeroid disorders. (2016)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: 2016 Spring International Conference of the Korean Society for Gerontology The 15th Korea-Japan Gerontologist Joint Meeting,
  • Place of Presentation: Daegu, （韓国）
  • Year and Date: 2016-06-15
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Genetics disorders associated with defects in transcription coupled nucleotide excision repair. (2016)
  • Author(s): Ogi T
  • Organizer: 10th Quinquennial Conference on Responses to DNA damage: from molecule to disease
  • Place of Presentation: Egmond aan Zee（オランダ）
  • Year and Date: 2016-04-17
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] TC-NER因子UVSSAによるRNAポリメラーゼIIのユビキチン化に関する分子機能解析. (2016)
  • Author(s): 郭朝万、中沢由華、嶋田繭子、唐田清伸、賈楠、岡泰由、宮﨑仁美、千住千佳子、荻朋男.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
• [Presentation] DNA修復システムの異常とゲノムDNAの不安定化により発症する疾患の分子病態 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 第42回北里医学学会総会
  • Place of Presentation: 小田急ホテルセンチュリー相模大野（神奈川県相模原市）
  • Invited
• [Presentation] Human genetic disorders associated with deficiencies in the DNA repair system. (2016)
  • Author(s): Ogi T.
  • Organizer: 上海交通大学医学院附属上海新華医院セミナー
  • Place of Presentation: Shanghai（中国）
  • Invited
• [Presentation] DNA修復の異常により発症するゲノム不安定性疾患の分子病態解明研究 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 東北大学学際科学フロンティア研究所 第1回ワークショップ「多様な核酸サイエンス」
  • Place of Presentation: 東北大学（宮城県仙台市）
  • Invited
• [Presentation] 次世代マルチオミクス解析を用いた希少性難治性遺伝性疾患原因因子の新規同定法の開発 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 第29回バイオメディカル分析化学シンポジウム ランチョンセミナー
  • Place of Presentation: 京都大学（京都府京都市）
  • Invited
• [Presentation] Human genetic disorders associated with deficiencies in the DNA repair system. (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 京都大学放射線生物研究センター第32回国際シンポジウム” Growing Edge of Radiation Biology, from principles to applications”
  • Place of Presentation: ホテルコープイン京都（京都府京都市）
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] コケイン症候群のゲノム診断 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: 日本コケイン症候群ネットワーク勉強会
  • Place of Presentation: 東京ビジネスアットセンター東京駅（東京都千代田区）
  • Invited
• [Presentation] ハイコンテントイメージングシステムを利用した難治性遺伝性疾患の臨床診断 (2016)
  • Author(s): 荻朋男
  • Organizer: サーモフィッシャーサイエンティフィック バイオサイエンス事業本部2016HCAユーザーミーティング
  • Place of Presentation: サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社三田オフィス（東京都港区）、サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社大阪営業所（大阪府大阪市）
  • Invited