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Linkage disequilibrium mapping using closely related species -Toward the identification of sex-determining gene in genus Seriola-

Research Project

Project/Area Number 16K18741
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Aquatic bioproduction science
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Koyama Takashi  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (40749701)

Research Collaborator NAKAMOTO Masatoshi  東京海洋大学, 学術研究院, 博士研究員
YAMASHIT Takefumi  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授
MIZUNO Naoki  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 技術専門職員
TASUMI Satoshi  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教
HOSOYA Sho  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教
UNO Seiichi  鹿児島大学, 水産学部, 准教授
TOYODA Atsushi  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任教授
SAKAMOTO Takashi  東京海洋大学, 学術研究院, 教授
KIKUCHI Kiyoshi  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywordsブリ属 / 性決定遺伝子 / ステロイド
Outline of Final Research Achievements

In this study, using genomic, genetic, biochemical, computational, and histological approaches, we found that a single-nucleotide polymorphism (SNP) in one of the steroidogenic enzyme genes, 17β-hydroxysteroid dehydrogenase 1 (Hsd17b1), is a genetic sex determiner in a ZZ/ZW sex determination system of two Seriola fishes. This sex-determining SNP causes a non-synonymous change from glycine on the W chromosome to glutamic acid on the Z near the catalytic center of Hsd17b1, which disrupts the hydrogen-bond network among steroids and the catalytic residues of the enzyme. Consequently, inter-conversion between 17-keto and 17β-hydroxy steroids is attenuated in the Z. Based on these results, we conclude that homozygosity for the Z allele results in testis formation due to the reduced enzymatic activity of its gene product and the resultant shortage of estradiol, whereas Z/W heterozygosity promotes the development of ovaries due to active W.

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2018 2017 2016

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] Identification of the sex-determining locus in grass puffer (Takifugu niphobles) provides evidence for sex-chromosome turnover in a subset of Takifugu species2018

    • Author(s)
      Risa Ieda, Sho Hosoya, Shota Tajima, Kazufumi Atsumi, Takashi Kamiya, Aoi Nozawa, Yuma Aoki, Satoshi Tasumi, Takashi Koyama, Osamu Nakamura, Yuzuru Suzuki, Kiyoshi Kikuchi
    • Journal Title

      PLOSONE

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: e0190635-e0190635

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0190635

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A novel C-type lectin gene is a strong candidate gene for Benedenia disease resistance in Japanese yellowtail, Seriola quinqueradiata2017

    • Author(s)
      Nakamoto Masatoshi、Takeuchi Yusuke、Akita Kazuki、Kumagai Ryo、Suzuki Junpei、Koyama Takashi、Noda Tsutomu、Yoshida Kazunori、Ozaki Akiyuki、Araki Kazuo、Sakamoto Takashi
    • Journal Title

      Developmental & Comparative Immunology

      Volume: 76 Pages: 361-369

    • DOI

      10.1016/j.dci.2017.07.010

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ブリ属の性決定遺伝子はステロイド代謝酵素である2018

    • Author(s)
      小山喬、森島輝、山下量平、豊田敦、内野翼、坂本崇、鈴木萌、細谷将、菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ブリ属性決定遺伝子の機能解析2018

    • Author(s)
      小山喬、山下雄史、佐々木皓平、宇野誠一、小山次朗、田角聡志、菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ブリ属性決定遺伝子の発現解析2018

    • Author(s)
      中本正俊、小山喬、水野直樹、菊池潔、坂本崇
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ゼブラフィッシュを用いたブリ属性決定遺伝子の機能解析2018

    • Author(s)
      車遥介、小山喬、岡田恵治、 家田梨櫻、朝比奈潔、菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] クサフグ性決定遺伝子の探索 ―少数個体を用いたGWAS の発見的利用―2018

    • Author(s)
      家田梨櫻、小山喬、細谷将、大木駿、水野直樹、藤田真志、菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ショウサイフグ性決定遺伝子の探索 ―Pool-seq による表現型原因遺伝子の特定―2018

    • Author(s)
      家田梨櫻、細谷将、小山喬、城夕香、菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ターゲットキャプチャー法によるブリW染色体塩基配列決定の試み2017

    • Author(s)
      小山喬・森島輝・鈴木穣・内野翼・坂本崇・菊池潔
    • Organizer
      平成29年度日本水産学会春季大会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学(東京都港区)
    • Year and Date
      2017-03-26
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] ターゲットエンリッチメント法と長鎖シーケンサーによる領域特異的塩基配列決定の試み2017

    • Author(s)
      小山喬、森島輝、鈴木穣、内野翼、坂本崇、菊池潔
    • Organizer
      NGS現場の会第五回研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ブリ属性決定遺伝子の同定と性染色体進化2017

    • Author(s)
      菊池潔、小山喬、車遥介
    • Organizer
      DMY研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] NGSを用いたフグ類の性決定遺伝子の探索2016

    • Author(s)
      家田梨櫻・細谷将・小山喬・田角聡志・鈴木重則・小林久人・菊池潔
    • Organizer
      生物資源ゲノム解析拠点シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京農業大学(東京都世田谷区)
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 遡河回遊の進化に伴う淡水適応能獲得の遺伝基盤2016

    • Author(s)
      佐藤耕平・伊藤洸太朗・小山喬・城夕香・細谷将・菊池潔
    • Organizer
      浜名湖をめぐる研究者の会
    • Place of Presentation
      東京大学大学院農学生命科学研究科附属水産実験所(静岡県浜松市)
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 浜名湖を中心とした日本近海のフグにおける性決定遺伝子の進化2016

    • Author(s)
      浜名湖を中心とした日本近海のフグにおける性決定遺伝子の進化
    • Organizer
      浜名湖をめぐる研究者の会
    • Place of Presentation
      東京大学大学院農学生命科学研究科附属水産実験所(静岡県浜松市)
    • Related Report
      2016 Research-status Report

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Published: 2016-04-21   Modified: 2021-01-27  

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