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Detection of Low frequent mosaism in autoinflammatory diseases using molecular barcode method

Research Project

Project/Area Number 16K19640
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Pediatrics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Izawa Kazushi  京都大学, 医学研究科, 助教 (90634931)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords自己炎症性疾患 / 遺伝子変異 / モザイク変異 / 分子バーコード / 遺伝子欠失 / 遺伝子重複 / 遺伝子 / 遺伝子診断 / 医療
Outline of Final Research Achievements

Autoinflammatory diseases are classified as one of primary immune disorders, and are inherited diseases mainly caused by genetic abnormalities of innate immune molecules. Some autoinflammatory diseases are caused by somatic mosaicism. Although it is difficult with Sanger sequencing, detection of a mosaic mutations is often performed using a next-generation sequencer, but accurate detection is essential for use at a clinical level.
Using molecular barcode methods, we could accurately detect mosaic mutations. In addition, methods to detect deletions and copy number abnormalities are under investigation.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

臨床の現場では、幼少期から自己炎症性疾患と類似の症状を呈するが、遺伝子変異が検出されない例を多数経験する。これらの疾患の中には、新規責任遺伝子を同定するために全エクソーム検査が行われることが増えてきているが、それでも原因遺伝子が同定されないことが多い。その中には低頻度モザイク変異や遺伝子の欠失・コピー数異常により発症している疾患がまぎれている可能性がある。
本研究において低頻度モザイク変異や遺伝子の欠失・コピー数異常を高い精度で検出可能な系を確立させることで、これまで未診断となっていた患者の診断・治療に寄与できると考えられる。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (6 results)

  • [Journal Article] Rescue of recurrent deep intronic mutation underlying cell type-dependent quantitative NEMO deficiency.2019

    • Author(s)
      Boisson B, Honda Y, Ajiro M, Bustamante J, Bendavid M, Gennery AR, Kawasaki Y, Ichishima J, Osawa M, Nihira H, Shiba T, Tanaka T, Chrabieh M, Bigio B, Hur H, Itan Y, Liang Y, Okada S, Izawa K, Nishikomori R, Ohara O, Heike T, et al.
    • Journal Title

      J Clin Invest.

      Volume: 1;129(2) Pages: 583-597

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expanding clinical spectrum of autosomal dominant pyrin-associated autoinflammatory disorder caused by the heterozygous MEFV p.Thr577Asn variant.2019

    • Author(s)
      Nakaseko H, Iwata N, Izawa K, Shibata H, Yasuoka R, Kohagura T, Abe N, Kawabe S, Nishikomori R.
    • Journal Title

      Rheumatology (Oxford).

      Volume: 1;58(1) Pages: 182-184

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comprehensive molecular diagnosis of Epstein-Barr virus-associated lymphoproliferative diseases using next-generation sequencing.2018

    • Author(s)
      Ono S, Nakayama M, Kanegane H, Hoshino A, Shimodera S, Shibata H, Fujino H, Fujino T, Yunomae Y, Okano T, Yamashita M, Yasumi T, Izawa K, Takagi M, Imai K, Zhang K, Marsh R, Picard C, Latour S, Ohara O, Morio T.
    • Journal Title

      Int J Hematol.

      Volume: 108(3) Pages: 319-328

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of a large UNC13D gene duplication in a patient with familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3.2018

    • Author(s)
      Hiejima E, Shibata H, Yasumi T, Shimodera S, Hori M, Izawa K, Kawai T, Matsuoka M, Kojima Y, Ohara A, Nishikomori R, Ohara O, Heike T.
    • Journal Title

      Clin Immunol.

      Volume: 191 Pages: 63-66

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human CTL-based functional analysis shows the reliability of a munc13-4 protein expression assay for FHL3 diagnosis.2018

    • Author(s)
      Shibata H, Yasumi T, Shimodera S, Hiejima E, Izawa K, Kawai T, Shirakawa R, Wada T, Nishikomori R, Horiuchi H, Ohara O, Ishii E, Heike T.
    • Journal Title

      Blood.

      Volume: 3;131(18) Pages: 2016-2025

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  • [Journal Article] Fever of unknown origin with rashes in early infancy is indicative of adenosine deaminase type 2 deficiency2017

    • Author(s)
      Nihira H、Nakagawa K、Izawa K、Kawai T、Yasumi T、Nishikomori R、Nambu M、Miyagawa-Hayashino A、Nomura T、Kabashima K、Ito M、Iwaki-Egawa S、Sasahara Y、Nakayama M、Heike T
    • Journal Title

      Scandinavian Journal of Rheumatology

      Volume: 47 Issue: 2 Pages: 170-172

    • DOI

      10.1080/03009742.2017.1324912

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Accurate clinical genetic testing for autoinflammatory diseases using the next-generation sequencing platform MiSeq2017

    • Author(s)
      Nakayama Manabu、Oda Hirotsugu、Nakagawa Kenji、Yasumi Takahiro、Kawai Tomoki、Izawa Kazushi、Nishikomori Ryuta、Heike Toshio、Ohara Osamu
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 9 Pages: 146-152

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2016.12.002

    • NAID

      120006355733

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  • [Presentation] 意義不明なMEFV遺伝子の変異/SNPが疾患発症に関連するかの評価系の検討2018

    • Author(s)
      田中 孝之, 芝 剛, 西小森 隆太, 井田 弘明, 柴田 洋史, 井澤 和司, 八角 高裕, 齋藤 潤, 平家 俊男
    • Organizer
      日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page86(2018.10)
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  • [Presentation] 反復性高サイトカイン血症、慢性炎症を呈したKARS遺伝子異常症の1例2018

    • Author(s)
      仁平 寛士, 井澤 和司, 伊佐 真彦, 芝 剛, 本田 吉孝, 下寺 佐栄子, 柴田 洋史, 田中 孝之, 八角 高裕, 矢野 直子, 舞鶴 賀奈子, 吉田 健司, 横山 淳史, 村山 圭, 小原 収, 西小森 隆太
    • Organizer
      日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page73(2018.10)
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  • [Presentation] Self-limitedであったNLRC4の新規SNP変異を持つ女児例2018

    • Author(s)
      楠田 政輝, 井澤 和司, 山崎 雄一, 久保田 知洋, 野中 由希子, 嶽崎 智子, 今中 啓之, 武井 修治, 山遠 剛, 芝 剛, 西小森 隆太, 平家 俊男, 河野 嘉文
    • Organizer
      日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page71(2018.10)
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 自己炎症症候群 インフリキシマブが二次無効となったADA2欠損症の乳児例2018

    • Author(s)
      山田 早紀, 井澤 和司, 西谷 真彦, 仁平 寛士, 柴田 洋史, 田中 孝之, 河合 朋樹, 八角 高裕, 西小森 隆太
    • Organizer
      日本リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集62回 Page461(2018.03)
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 患者由来iPS細胞を用いた家族性地中海熱の病態解明2018

    • Author(s)
      田中 孝之, 西小森 隆太, 井田 弘明, 柴田 洋史, 井澤 和司, 河合 朋樹, 八角 高裕, 齋藤 潤, 平家 俊男
    • Organizer
      日本小児科学会雑誌(0001-6543)122巻2号 Page255(2018.02)
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 本邦におけるAdenosine Deaminase 2欠損症の臨床的および遺伝学的解析2018

    • Author(s)
      笹原 洋二, 井澤 和司, 梅林 宏明, 中野 直子, 金兼 弘和, 森尾 友宏, 平家 俊男, 呉 繁夫
    • Organizer
      日本小児科学会雑誌(0001-6543)122巻2号 Page255(2018.02)
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Early Diagnosis of an Infant with DADA2-Japanese Cohort2018

    • Author(s)
      Kazushi Izawa, Hiroshi Nihira, Takahiro Yasumi, Ryuta Nishikomori
    • Organizer
      The Second International Conference on Deficiency of ADA2
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 【自己炎症性疾患における最近の展開】 自己炎症性疾患の診療ガイドライン2019

    • Author(s)
      井澤 和司(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 西小森 隆太
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      先端医学社
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  • [Book] 【小児疾患の診断治療基準】 (第2部)疾患 アレルギー性疾患、自己免疫・リウマチ性疾患(膠原病) 自己炎症症候群2018

    • Author(s)
      西小森 隆太(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 井澤 和司
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      東京医学社
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  • [Book] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 アデノシンデアミナーゼ-2(ADA2)欠損症2018

    • Author(s)
      井澤 和司(京都大学医学部附属病院 小児科), 仁平 寛士, 西小森 隆太
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      日本臨床社
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  • [Book] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 蕁麻疹様皮疹を伴う自己炎症性疾患 ホスホリパーゼCγ2関連抗体欠損・免疫異常症(PLAID)、Schnitzler症候群など2018

    • Author(s)
      本田 吉孝(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 井澤 和司, 西小森 隆太
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      日本臨床社
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  • [Book] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 インターロイキンI受容体拮抗分子欠損症、NLRP12関連周期熱症候群、H症候群2018

    • Author(s)
      柴田 洋史(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学講座), 井澤 和司, 西小森 隆太
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      日本臨床社
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  • [Book] 【自己炎症性疾患-病態解明から診療体制の確立まで】 病態解明・治療法確立にむけての新展開 アデノシンデアミナーゼ-2(ADA2)欠損症2018

    • Author(s)
      井澤 和司(京都大学医学部附属病院 小児科), 仁平 寛士, 西小森 隆太
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      医歯薬出版
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      2018 Annual Research Report

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Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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