piRNAシステムズバイオロジー:人工産生系を用いた機械学習的アプローチ
Project/Area Number |
16KT0064
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 特設分野 |
Research Field |
Constructive Systems Biology
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
勝間 進 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20378863)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
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Project Period (FY) |
2016-07-19 – 2018-03-31
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Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2017)
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Budget Amount *help |
¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2017: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2016: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
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Keywords | piRNA / 小分子RNA / カイコ / BmN-4 / ピンポンサイクル / 機械学習 / 培養細胞 / カイコ培養細胞 |
Outline of Annual Research Achievements |
小分子RNAの一つであるPIWI-interacting RNA (piRNA)は、生殖細胞において利己的な配列から自身を守る役割を果たす。カイコ培養細胞BmN-4はpiRNAの生合成経路の一つであるピンポンサイクルを保持する細胞である。私たちは、前年度にBmN-4を用いた「人工piRNA産生系」を確立し、それを利用してpiRNA-PIWI複合体の認識に必要な塩基数を同定した(Shoji et al., RNA, 2017)。今年度は以下の知見を得た。 1.人工piRNA産生系にランダムなpiRNA前駆体配列を発現するライブラリーを導入し、piRNAの末端付近の規則性について検討した。そこで見出されたルールについて、現在生化学的な検証を行っている。 2.BmN-4細胞に持続感染しているカイコマキュラウイルスの量がRNAi及びpiRNA経路によって抑制されていることが明らかになった。現在、論文投稿中である。
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Report
(2 results)
Research Products
(6 results)