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Mechanism of contraction and backflow prevention by check valves in ABC transporter pump

Research Project

Project/Area Number 17H03664
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Kato Hiroaki  京都大学, 薬学研究科, 教授 (90204487)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中津 亨  京都大学, 薬学研究科, 准教授 (50293949)
宮ノ入 洋平  大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (80547521)
山口 知宏  京都大学, 薬学研究科, 助教 (80346791)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2017: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Keywords多剤耐性 / 薬物動態 / 膜タンパク質 / 薬物トランスポーター / ATP / X線結晶解析 / 構造生物学 / トランスポーター / X線結晶学 / 薬理学 / 薬剤学 / 多剤排出ポンプ / X線
Outline of Final Research Achievements

Multidrug transporter P-glycoprotein extrudes a large variety of xenobiotics from cells. To understand the mechanism of the multidrug transport, we need reliable structural information of each conformational state of the pumping action. Although several crystal structures of P-glycoproteins have been determined in an inward-facing conformation, no outward-facing structure was previously available. In order to fill the gap, we discovered a new eukaryotic homolog, CmABCB1 from Cyanidioschyzon merolae, with similar ATPase kinetics and multidrug transport function to mammalian P-glycoproteins. To obtain the outward-facing conformation
of CmABCB1 in a crystalline state, we introduced mutations that shifted the conformational equilibrium toward the outward-facing state. We determined crystal structure of CmABCB1 in the outward-facing conformation at 1.9 A resolution.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

P糖タンパク質は、再発したガンがあらゆる抗がん剤に対して耐性を示して薬物治療を不可能にする原因分子であり、その制御は学術的にも社会的にも大きな意義を有している。今回の研究によって、P糖タンパク質の機能に必要な立体構造変化の詳細が明らかになったことから、どのようにして、この分子が多種多様な化合物を認識して排出することができるのかが解明された。すなわち、分子内部に大きな空洞を有しており、そこへ様々な大きさや化学構造の分子を捉え、排出の際には、その空洞を絞り出すように薬物を押し出していることが明らかになった。薬物分子設計の指針が得られたことは、将来の医薬品開発にとって大きな成果であるといえる。

Report

(4 results)
  • 2019 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB12019

    • Author(s)
      Kodan Atsushi、Yamaguchi Tomohiro、Nakatsu Toru、Matsuoka Keita、Kimura Yasuhisa、Ueda Kazumitsu、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-018-08007-x

    • NAID

      120006547405

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ATP binding cassette transporter, CmABCB1を含有したナノディスクの調製2019

    • Author(s)
      Chen, Yue、山口知宏、中津亨、加藤博章
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] P糖タンパク質CmABCB1特異的ペプチド阻害剤の作用に対するナノディスクの影響2019

    • Author(s)
      Chen, Yue、潘東青、筒井隼一、菅裕明、加藤博章
    • Organizer
      日本薬学会第140年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 親和性標識によるP糖タンパク質CmABCB1の基質結合部位の多様性の解析2019

    • Author(s)
      小田島 圭、潘 東青、三和 空知、水沼 諒、瀧川 紘、高須 清誠、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第140年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 好熱性P糖タンパク質CmABCB1における膜貫通第4ヘリックス(TM4)の役割2019

    • Author(s)
      水沼 諒、井上 善貴、松岡 敬太、潘 東青、中津 亨、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第140年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Synthesis and structure-ATPase activity relationship of rhodamine derivatives against Pglycoprotein CmABCB12019

    • Author(s)
      Hiroshi Takikawa, Sorachi Miwa, Rina Takeuchi, Yousuke Yamaoka, Tomohiro Yamaguchi, Toru Nakatsu, Hiroaki Kato and Kiyosei Takasu
    • Organizer
      27th International Society of Heterocyclic Chemistry Congress
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] P糖タンパク質CmABCB1の輸送基質としてのローダミン誘導体の構造活性相関研究2019

    • Author(s)
      瀧川紘、三和空知、山岡庸介、山口知宏、中津亨、加藤博章、高須清誠
    • Organizer
      日本薬学会第140年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Trp蛍光を利用したP糖タンパク質分子内の基質結合部位の解析2018

    • Author(s)
      井上善貴、山口知宏、大城悠暉、松岡敬太、加藤博章
    • Organizer
      日本薬学会第139年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] X-Ray Structures of CmABCB1 in outward- and inward-facing states reveal a conformational exchange allowing the efflux of multidrug, 7th FEBS Special Meeting on ATP-Binding Cassette (ABC) Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Diseases2018

    • Author(s)
      H. Kato
    • Organizer
      ABC2018, 2018年3月6日~3月12日(Innsbruck, Austria)
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] P糖タンパク質のメカニズムから薬物動態の分子構造基盤をさぐる2017

    • Author(s)
      加藤博章
    • Organizer
      フォーラム富山創薬第45回研究会、2017年5月18日、富山県民会館(富山市)
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] P糖タンパク質の基質排出ゲート開閉の構造基盤2017

    • Author(s)
      ○松岡敬太、山口知宏、中津亨、加藤博章
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会、2017年6月20日~22日、仙台国際センター(宮城県仙台市)ポスター発表
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] トリプトファンの蛍光を利用した ABC 多剤排出トランスポーターとリガンドとの相互作用解析2017

    • Author(s)
      ○大城悠暉、山口知宏、松岡敬太、宇都宮裕人、中津亨、加藤博章
    • Organizer
      第67回日本薬学会近畿支部総会・大会、2017年10月17日、兵庫医療大学(神戸市)ポスター発表
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      2017 Annual Research Report
  • [Remarks] 多剤排出ポンプが薬を輸送するメカニズムを解明 -世界初の結晶構造が示すどんな薬でも絞り出す仕組み-

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/190108_2.html

    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-02-19  

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