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ホヤゲノムから転写される翻訳されない機能性RNAの解析

Research Project

Project/Area Number 18016022
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokushima

Principal Investigator

真壁 和裕  The University of Tokushima, 総合科学部, 教授 (60222288)

Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥7,600,000 (Direct Cost: ¥7,600,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,800,000 (Direct Cost: ¥3,800,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,800,000 (Direct Cost: ¥3,800,000)
Keywordsホヤ / miRNA / ncRNA / ESTデータベース / 翻訳制御
Research Abstract

まず、我々が構築してきたマボヤのESTデータベースMAGESTを根本から改良し、受精卵EST約54,000配列に加えて卵割期EST約14,000配列・原腸胚EST約25,000配列・神経胚EST約8,000配列を載せたMAGEST2.0βを構築した。これによって、コンティグ約11,000とシングレット約6,000の合計約17,000配列が得られ、変態期までの必要なデータがほぼ入手できた。そこでここから各種データベースに対してexonerateによるサーチをかけ、高い閾値でヒットした約10,000の配列を除去した。残った約7,000の配列をJGIのCionaプロテインver.1&2に対してblastxによるサーチをかけ、低い閾値でヒットした約400の配列を除去し、残った約6,600の配列からCionaゲノムに相同配列がないと思われるものを除去して、最後にマボヤミトコンドリアゲノム由来の配列を除去し、22の配列を得た。このなかには、これまで解析の対象となってこなかったORFをもたないpoly(A)RNA、(RNA-likeなnon-coding RNA)が含まれると期待される。
一方、実際の細胞から短いRNAたけを選択的に抽出するプロトコールを確立し、約40nt以下のRNAを精製した。これらをコンカテマイズしてクローニングしたところ、そのうち29ntのものがマボヤのさまざまなmRNAに100%マッチすることを見いだした。しかも相同性のあったmRNAはコードするタンパク質その他には何も共通性がなかった一方で、ほぼすべて原腸胚期に発現するという点で一致していた。このことから、小分子RNAによる新奇の遺伝子発現制御機構があることが考えられる。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (2 results)

All 2007 2006

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Cenome duplications of early vertebrates as a possible chronicle of the evolutionary history of the neural crest.2007

    • Author(s)
      H. Wada
    • Journal Title

      Int. J. Biol. Sci. 2

      Pages: 133-141

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Book] 超実践バイオ実験イラストレイテッド レッスン22006

    • Author(s)
      西方敬人, 真壁和裕
    • Total Pages
      201
    • Publisher
      秀潤社
    • Related Report
      2006 Annual Research Report

URL: 

Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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