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次世代シーケンサを活用した微生物検査室の分子疫学ネットワーク構築による耐性菌制御

Research Project

Project/Area Number 18H00486
Research Category

Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section 3210:General internal medicine, organ-based internal medicine, internal medicine of the bio-information integration, and related fields
Research InstitutionAkita University

Principal Investigator

髙橋 智映  秋田大学, 医学部附属病院, 主任臨床検査技師

Project Period (FY) 2018
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥530,000 (Direct Cost: ¥530,000)
Fiscal Year 2018: ¥530,000 (Direct Cost: ¥530,000)
Keywords耐性菌 / ESBL産生大腸菌 / 地域微生物検査室ネットワーク
Outline of Annual Research Achievements

○研究目的 : 臨床上問題となる耐性菌の中には、世界規模での伝播が示唆されている世界流行系統の存在が明らかにされつつある。耐性大腸菌においてはST(sequence type)131-fimH30が注目されている。耐性菌の地域内伝播の制御には微生物検査室ネットワークが重要な役割を果たす可能性があるが、耐性菌の地域内伝播の実態は十分解明されていない。本研究では、秋田県の地域微生物検査室ネットワークAkita-ReNICSを活用し、ネットワーク内の二施設間の菌株を分子疫学的手法で比較することで、耐性菌の地域内伝播の実態を明らかにすることを目的として実施された。
○研究方法 : (A)秋田大学医学部附属病院(秋田県秋田市)と(B)由利組合総合病院(秋田県由利本荘市)で臨床分離されたESBL(基質特異性拡張型βラクタマーゼ)産生大腸菌を対象として、fumC、fimHの両遺伝子の塩基配列解析による型決定およびESBL遺伝子の同定を行った。(A)は2017年4月から9月に分離された22菌株、(B)は2017年1月から2018年5月に分離された70菌株を対象とした。
○研究成果 : fumC40(ST131と推定される型)-fimH30系統は(A)で12菌株(55%)、(B)で38菌株(54%)とほぼ同程度存在した。一方、この系統が保有するESBL遺伝子は、CTX-M-9群が(A)で10菌株(83%)、(B)で22菌株(58%)、CTX-M-1群が(A)で1菌株(8%)、(B)では13菌株(34%)と、傾向の相違がみられた。現在、両施設の菌株同士のドラフト全ゲノム解析の準備を進めており、ゲノムデータベース上の菌株情報との比較も含めた、解像度の高い系統解析による地域内の伝播経路の推定を計画している。

Report

(1 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 臨床微生物検査室における次世代シークエンサ活用の展望と課題2018

    • Author(s)
      嵯峨知生, 安保康太郎, 鎌田尚未, 岩谷麻由, 達子瑠美, 高橋智映, 小林則子, 面川 歩, 植木重治, 廣川 誠
    • Journal Title

      日本臨床化学会東北支部会誌

      Volume: 27 Pages: 42-45

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 市中病院の臨床分離ESBL産生大腸菌におけるST131-fimH30の検出2019

    • Author(s)
      谷岡(佐賀)友則、加藤 純、嵯峨 知生
    • Organizer
      第67回日本化学療法学会総会
    • Place of Presentation
      東京ドームホテル(東京)
    • Year and Date
      2019-05-10
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] NGS(次世代シークエンサ)が感染症診療にもたらす変化と課題(シンポジウム)2019

    • Author(s)
      嵯峨 知生
    • Organizer
      第67回日本化学療法学会総会
    • Place of Presentation
      東京ドームホテル(東京)
    • Year and Date
      2019-05-10
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノムから読み解く微生物検査とサーベイランス2019

    • Author(s)
      嵯峨 知生
    • Organizer
      第30回日本臨床微生物学会総会・学術総会
    • Place of Presentation
      ヒルトン東京お台(東京)
    • Year and Date
      2019-02-02
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 自施設およびゲノムデータベース上のST131大腸菌におけるキノロン標的酵素遺伝子多型とfimH亜系統との関連2018

    • Author(s)
      嵯峨 知生、長谷川 諒、面川 歩、竹田 正秀、守時 由起、植木 重治、廣川 誠
    • Organizer
      第65回日本臨床検査医学会学術集会
    • Place of Presentation
      京王プラザホテル(東京)
    • Year and Date
      2018-11-16
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 当院の臨床分離大腸菌における世界流行系統ST131-fimH30の検出2018

    • Author(s)
      長谷川 諒、嵯峨 知生、面川 歩、植木 重治、竹田 正秀、奥山 慎、石井 良和、廣川 誠
    • Organizer
      第92回日本感染症学会学術講演会・第66回日本化学療法学会総会合同学会
    • Place of Presentation
      岡山コンベンションセンター(岡山市)
    • Year and Date
      2018-05-31
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.med.akita-u.ac.jp/~gimclm/index.html

    • Related Report
      2018 Annual Research Report

URL: 

Published: 2018-04-23   Modified: 2020-03-17  

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