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Population history of Japan

Research Project

Project/Area Number 18H02514
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 45050:Physical anthropology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Ohashi Jun  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2018: ¥7,280,000 (Direct Cost: ¥5,600,000、Indirect Cost: ¥1,680,000)
Keywords縄文人 / 渡来人 / 日本列島人 / 遺伝的多様性 / 現代日本人の形成モデル / SNP / 特異的変異 / ハプロタイプ / 集団サイズ / 縄文人特異的変異 / 大陸系渡来人 / 本土日本人 / 混血 / 自然選択 / 全ゲノム配列解析 / 日本人 / 核ゲノム / シミュレーション / 弥生人 / 集団ゲノム学
Outline of Final Research Achievements

A phylogenetic analysis for the entire Y chromosome of 345 Japanese males identified a clade that is observed at a frequency of 35.4% in mainland Japanese males, but not in other East Asians. The genealogical analysis indicated a sharp decline in population size of Japanese males from the late Jomon to the Yayoi period.
The analysis of genome-wide SNP allele frequency data of 47 Japanese prefectures revealed that genetic differences among prefectures can be explained by the extent of genomic components derived from the Jomon people and their geographic location. Of particular interest, it was found the modern Japanese people living in the Kinki and Shikoku regions were genetically closer to Han Chinese than people in the other regions were.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

Y染色体の解析結果は、遺跡数や規模をもとに、縄文時代後期・晩期に縄文人の人口が減少したと推定した先行研究と符合するものであった。縄文時代晩期は世界的に寒冷化した時期であり、気温が下がったことで食料供給量が減ったことが、急激な人口減少の主な要因と思われる。47都道府県の遺伝的多様性解析の結果は、弥生時代以降に大陸から日本列島に移住してきた渡来人の中に、近畿地方と四国地方に進出・増加した人々が相対的に多かったことを示唆している。
本研究の成果は、縄文時代から弥生時代への移行期における日本列島人の進化史の理解に役立つと期待される。

Report

(4 results)
  • 2021 Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2021 2019

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period2019

    • Author(s)
      Watanabe Yusuke、Naka Izumi、Khor Seik-Soon、Sawai Hiromi、Hitomi Yuki、Tokunaga Katsushi、Ohashi Jun
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 8556-8556

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44473-z

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Human Biology of Japan2019

    • Author(s)
      Cameron, N., Yamauchi, T., & Ohashi, J.
    • Journal Title

      Annals of Human Biology

      Volume: 46 Issue: 4 Pages: 285-286

    • DOI

      10.1080/03014460.2019.1671675

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 現代人のゲノムデータから過去の人口変動を推定する : 縄文人が経験した急激な人口減少2019

    • Author(s)
      大橋 順、渡部裕介
    • Journal Title

      遺伝 : 生物の科学

      Volume: 73 Pages: 424-428

    • NAID

      40022041155

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 現代日本人の集団ゲノムデータに基づく縄文人の全ゲノムSNPのアリル頻度の推定2021

    • Author(s)
      渡部裕介,河合洋介,大前陽輔,宮原麗子,Seik-Soon Khor,野入英世,大橋順,徳永勝士
    • Organizer
      第75回日本人類学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 理論集団遺伝学的視点からみた縄文人と渡来人の混血が日本人ゲノムに与えた影響2021

    • Author(s)
      大橋順,渡部裕介,中伊津美
    • Organizer
      第66回日本人類遺伝学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 旧人由来候補変異密度を用いた非アフリカ人集団の集団史に関する検討2021

    • Author(s)
      三輪華子,大橋順
    • Organizer
      第75回日本人類学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 旧人由来候補変異密度を用いた非アフリカ人集団の集団史に関する検討2021

    • Author(s)
      三輪華子,大橋順
    • Organizer
      第66回日本人類遺伝学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 古代縄文人ゲノムおよび現代日本人集団ゲノムに基づく縄文人のHLA型の推定2019

    • Author(s)
      渡部裕介、覚張隆史、中伊津美、Khor Seik Soon、澤井裕美、人見祐樹、西田奈央、徳永勝士、太田博樹、大橋順
    • Organizer
      第28回日本組織適合性学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 現代日本人ゲノム中の縄文人由来候補SNPの検出2019

    • Author(s)
      渡部 裕介、大橋 順
    • Organizer
      日本人類学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 主成分分析を用いた混血率の推定2019

    • Author(s)
      久我 明穂、太田 博樹、大橋 順
    • Organizer
      日本人類学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2018-04-23   Modified: 2023-01-30  

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